在circos軟件使用初探筆記中黍瞧，只畫(huà)了一個(gè)染色體的骨架。如果想要在上面添加其他的元素原杂，或者可視化一些文件印颤，還需要進(jìn)行更多的設(shè)置。這篇筆記就來(lái)探索一下如何畫(huà)個(gè)更復(fù)雜的圈圈圖~這一節(jié)的官網(wǎng)教程在這里：here

畫(huà)更加復(fù)雜的圖之前污尉，先一步一步的添加元素膀哲，首先我們添加刻度(ticks)，和刻度標(biāo)簽(ticks labels)被碗。既然要添加元素某宪，那么我們需要在原始的主配置文件里添加<ticks>block，并且要擴(kuò)展<ideogram> block锐朴。但是tick和ideogram將儲(chǔ)存在另外的文件里（不在主配置文件中）兴喂，并且要在主配置文件里用 <<include>>來(lái)導(dǎo)入這些參數(shù)。

主配置文件焚志，即circos.conf文件：

karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt #指定核型
chromosomes_units = 1000000 #染色體單位

<<include ideogram.conf>> #導(dǎo)入ideogram配置文件
<<include ticks.conf>> #導(dǎo)入ticks參數(shù)配置文件

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
<<include etc/housekeeping.conf>>

ideogram.conf文件內(nèi)容：

<ideogram>

<spacing>
default = 0.005r #文字與染色體骨架之間的距離
</spacing>

# Ideogram位置衣迷，填充，輪廓
radius           = 0.90r
thickness        = 20p
fill             = yes
stroke_color     = dgrey #輪廓顏色深灰色
stroke_thickness = 2p #輪廓粗細(xì)

# ideogram標(biāo)簽的定義
show_label       = yes
# 標(biāo)簽的字體
label_font       = default
label_radius     = dims(image,radius)-60p
label_size       = 30
label_parallel   = yes

</ideogram>

ticks.conf文件內(nèi)容（你可以在這個(gè)網(wǎng)址here查看完整的tick設(shè)置酱酬，這里只是一個(gè)最基本的ticks參數(shù)設(shè)置）：

show_ticks          = yes #顯示刻度
show_tick_labels    = yes #顯示刻度標(biāo)簽

<ticks>
radius           = 1r
color            = black
thickness        = 2p
multiplier       = 1e-6 #10的6次方

# %d   - 整數(shù)
# %f   - 浮點(diǎn)
# %.1f - 帶一位小數(shù)的浮點(diǎn)
# %.2f - 帶兩位小數(shù)的浮點(diǎn)
# for other formats, see http://perldoc.perl.org/functions/sprintf.html

format           = %d #printf的類型壶谒，%d代表是整數(shù)

<tick> #這里畫(huà)的是染色體上的小鋸齒一樣的單位刻度（見(jiàn)下圖）
spacing        = 5u #每個(gè)ticks之間的空間，一般用染色體的單位u來(lái)表示膳沽，也就是5Mb（5*10^6）處做一個(gè)標(biāo)記
size           = 10p #tick線的長(zhǎng)度汗菜，也就是“鋸齒”里短的那些是多長(zhǎng)
</tick>

<tick>
spacing        = 25u #（25Mb）#每5個(gè)小“鋸齒”，就有一個(gè)長(zhǎng)“鋸齒”
size           = 15p #“鋸齒”里較長(zhǎng)的那些刻度的長(zhǎng)度
show_label     = yes
label_size     = 20p #文字的大小
label_offset   = 10p #最外面一圈染色體的編號(hào)往外面偏移10p的距離挑社，避免和內(nèi)部一圈的數(shù)字重疊
format         = %d
</tick>

</ticks>

所有的配置文件準(zhǔn)備完成后陨界，就可以運(yùn)行腳本了：

##格式：circos -conf 主配置文件路徑 -outputdir 輸出文件夾 -outputfile 輸出文件名
$ circos -conf ./circos.conf -outputdir ./ -outputfile 11_15_run_practice.png

然后會(huì)彈出很多行信息：

debuggroup summary 0.36s welcome to circos v0.69-8 15 Jun 2019 on Perl 5.026002
debuggroup summary 0.40s current working directory /home/yanfang/circos/circos-tutorials-0.67/tutorials/1/2
debuggroup summary 0.40s command /home/yanfang/anaconda3/bin/circos -conf ./circos.conf -outputdir ./ -outputfile 11_15_run_practice.png
debuggroup summary 0.40s loading configuration from file ./circos.conf
debuggroup summary 0.40s found conf file ./circos.conf
debuggroup summary 0.53s debug will appear for these features: output,summary
debuggroup summary 0.53s bitmap output image ./11_15_run_practice.png
debuggroup summary 0.54s SVG output image ./11_15_run_practice.svg
debuggroup summary 0.54s parsing karyotype and organizing ideograms
debuggroup summary 0.62s karyotype has 24 chromosomes of total size 3,095,677,436
debuggroup summary 0.63s applying global and local scaling
debuggroup summary 0.64s allocating image, colors and brushes
debuggroup summary 2.26s drawing 24 ideograms of total size 3,095,677,436
debuggroup summary 2.26s drawing highlights and ideograms
debuggroup output 2.69s generating output
debuggroup output 3.09s created PNG image ./11_15_run_practice.png (272 kb)
debuggroup output 3.09s created SVG image ./11_15_run_practice.svg (122 kb)

然后，你可以打開(kāi)指定的輸出文件夾痛阻，或者直接在命令行里用xdg-open命令打開(kāi)圖片：

$ xdg-open 11_15_run_practice.png

image.png