? ? ? ? 轉(zhuǎn)錄因子也稱反式作用因子此洲，在動植物的生長發(fā)育及其對外界環(huán)境的反應(yīng)中起著重要的調(diào)控作用辉浦，已成為現(xiàn)在生物學(xué)研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)饭寺，其功能分析是重要的研究內(nèi)容之一胡控。因此我們可以通過轉(zhuǎn)錄因子注釋扳剿，或者可通過表達(dá)量聚類分析，篩選出關(guān)注生物學(xué)問題過程中起主要調(diào)控作用的一些轉(zhuǎn)錄因子昼激。并且可以結(jié)合WGCNA鑒定的基因模塊庇绽，篩選關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子在基因模塊中是否為hub gene，并通過預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子的靶基因（MEME）橙困，篩選出基因模塊中的靶基因瞧掺，建立以轉(zhuǎn)錄因子為hub gene的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
? ? ? ?本篇文章給大家推薦2個網(wǎng)站凡傅，用于對動物辟狈、植物轉(zhuǎn)錄組因子（TF）、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TFBS）的預(yù)測夏跷。簡單易學(xué)哼转，任何你感興趣的基因集，都可以用來預(yù)測 TF槽华，也可以去預(yù)測它們的 TFBS壹蔓。
? ? ? ?什么是TF、TFBS猫态？?轉(zhuǎn)錄因子（Transcription factor佣蓉，TF）是在轉(zhuǎn)錄水平上參與基因表達(dá)調(diào)控的蛋白質(zhì)。它們通過特異性的 DNA 結(jié)合結(jié)構(gòu)域（DNA-binding domain亲雪，DBD）與 DNA 相互作用勇凭，根據(jù) DBD 的結(jié)構(gòu)特征可將轉(zhuǎn)錄因子分成不同的家族。與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的 DNA 序列位點(diǎn)被稱為轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TFBS）匆光，TFBS 通常很短（6-20bp）套像，并表現(xiàn)出一定的序列變異性。TFBS 的鑒定是理解轉(zhuǎn)錄調(diào)控的關(guān)鍵终息。
1-動物篇
? ? ? ?可使用數(shù)據(jù)庫 AnimalTFDB(3.0)對動物轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行分析夺巩，數(shù)據(jù)庫鏈接如下：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/
? ? ? ?進(jìn)入后，根據(jù)需求點(diǎn)擊工具欄對應(yīng)的位置周崭，進(jìn)入分析頁面柳譬。
1.1 TF預(yù)測
? ? ? ?點(diǎn)擊導(dǎo)航欄的Predict TF按鈕，即可打開TF預(yù)測頁面续镇。輸入需要進(jìn)行TF預(yù)測的蛋白序列文件（FASTA格式）美澳，點(diǎn)擊submit，即可運(yùn)行分析摸航，分析結(jié)果可點(diǎn)擊下載按鈕進(jìn)行下載制跟。此處分析結(jié)果主要判斷哪些基因可能是轉(zhuǎn)錄因子，整體運(yùn)行時間較長酱虎。
1.2 TFBS預(yù)測
點(diǎn)擊導(dǎo)航欄的Predict TFBS按鈕雨膨，即可打開預(yù)測頁面。輸入需要進(jìn)行TF預(yù)測的序列（基因序列读串，fasta格式）文件聊记，點(diǎn)擊submit，即可運(yùn)行分析恢暖。運(yùn)行結(jié)束后排监，右側(cè)結(jié)果欄展示分析結(jié)果，可點(diǎn)擊右下角Download下載結(jié)果杰捂。
2-植物篇
? ? ? ?可使用數(shù)據(jù)庫 PlantTFDB(5.0)對植物轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行分析舆床，數(shù)據(jù)庫鏈接如下：http://plantregmap.gao-lab.org/index.php
? ? ? ?進(jìn)入頁面后，根據(jù)需求點(diǎn)擊工具欄對應(yīng)的位置嫁佳，進(jìn)入需求頁面峭弟。
2.1 TF預(yù)測
2.2 TFBS預(yù)測
? ? ? ?PlantTFDB 數(shù)據(jù)庫功能相對更齊全，除了可以進(jìn)行TF脱拼、TFBS預(yù)測外瞒瘸，還具有Regulation prediction、GO enrichment熄浓、TF enrichment等功能情臭，大家可以進(jìn)入對應(yīng)頁面進(jìn)行在線分析。?
