Lecture 5: 真核細(xì)胞轉(zhuǎn)錄以及DNA組裝成核小體
Nucleosomes核小體
核小體和染色質(zhì)是真核轉(zhuǎn)錄的抑制劑哮伟。所以需要激活劑纵寝。
DNA Accessibility
- DNA結(jié)合在核小體上的位置決定了它的可及性
- 核小體的結(jié)構(gòu)降低DNA的可及性
Regulators of Nucleosome核小體 Function/Location
- 核小體改構(gòu)復(fù)合體(nucleosome remodeling complex)
組蛋白變體
除了標(biāo)準(zhǔn)組蛋白H2A萄凤、H2B躏升、H3溯革、H4之外骄蝇，還有一些變異體膳殷，尤其是H2A和H3的變異體，結(jié)合這些變異體的核小體被賦予了新的功能九火。
CENP-A 和H3.3是組蛋白H3的變異體
H2A.X出現(xiàn)在雙鏈斷裂的位置赚窃，因此一旦雙鏈斷裂 它就出現(xiàn)了
因此大家都用它來檢測(cè)細(xì)胞中雙鏈斷裂的位置。H2A.Z
Lecture 6: 通過組蛋白修飾調(diào)控轉(zhuǎn)錄
組蛋白修飾酶
這些修飾是動(dòng)態(tài)變化的
- 大分子修飾是泛素化修飾
- 小分子是乙醭约龋基或甲基修飾
以下是組蛋白修飾列表
修飾位點(diǎn)鹦倚、酶河质、實(shí)現(xiàn)的功能等詳細(xì)信息參加下述鏈接
https://www.cellsignal.com/contents/resources-reference-tables/histone-modification-table/science-tables-histone
組蛋白修飾的直接結(jié)果
- 乙酰化會(huì)讓DNA變得更可及
- 乙跽鹦穑化會(huì)抑制形成30nm纖維
組蛋白修飾的間接結(jié)果
將其他蛋白招募到修飾位點(diǎn)上掀鹅。比直接結(jié)果更加常見。
Proteins that Read Histone Modifications
例如組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶以及組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶媒楼，這些酶會(huì)與識(shí)別修飾的結(jié)構(gòu)域形成蛋白復(fù)合物乐尊。他們會(huì)與修飾的組蛋白相結(jié)合，從而發(fā)揮酶的作用划址。
The Histone Code Hypothesis組蛋白編碼假說
不同修飾的組合可以作為一種編碼限府。
表觀遺傳學(xué)：就是在不改變DNA序列的前提下改變DNA表達(dá)，所有的轉(zhuǎn)錄都屬于表觀遺傳學(xué)范疇痢缎；哪些基因表達(dá) 哪些不表達(dá)也是表觀遺傳學(xué)胁勺。
Nucleosome Positioning核小體定位
- DNA序列依賴性的定位：GC或者AT非常富集的地方不會(huì)有核小體，根據(jù)這個(gè)原理可以預(yù)測(cè)核小體不在什么位置独旷。
- 通過蛋白質(zhì)的定位：
Assay for Histone Modifying Enzymes
能特異性識(shí)別修飾（如組蛋白修飾酶）的抗體署穗。
用CHIP-seq確定抗體的位置。
比如 想知道半乳糖如何調(diào)控啟動(dòng)子嵌洼，就不加半乳糖做個(gè)染色質(zhì)共沉淀測(cè)序?qū)嶒?yàn)案疲，再加半乳糖做個(gè)染色質(zhì)共沉淀測(cè)序?qū)嶒?yàn)，然后比較這兩種狀態(tài)麻养，如果在一個(gè)半乳糖依賴的啟動(dòng)子上修飾出現(xiàn)了顯著上調(diào)褐啡，你就能說 我認(rèn)為那個(gè)修飾參與了啟動(dòng)子調(diào)控。你并沒有證實(shí)這一點(diǎn)回溺，你還需要其他的證據(jù)來證實(shí)春贸。
Assay for Nucleosome Positioning
- 微球菌核酸酶測(cè)序 (MNase-seq)
