今天的重點在于：
（1）設(shè)置鏡像易茬，以便下載各種包時更加快速。設(shè)置后一勞永逸是目標(biāo)及老，但是失敗也是常事抽莱；
（2）數(shù)據(jù)框初級操作，篩選數(shù)據(jù)骄恶，表格合并等食铐。
設(shè)置鏡像
高級模式
（1）首先使用R的配置文件 .Rprofile
命令為 file.edit('~/.Rprofile')
（2）在Rscript中運行后，會產(chǎn)生一個新的.Rprofile 界面
在這個界面中輸入鏡像命令重點命令
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #對應(yīng)清華源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #對應(yīng)中科大源
（3）最后保存僧鲁，重啟Rstudio虐呻，這時你再運行一下如下兩行代碼，即可看到是否鏡像設(shè)置成功：
options()BioC_mirror
看起來都設(shè)置成功了
如果每次新建的project中悔捶，用file.edit('~/.Rprofile')打開的Rprofile中都已經(jīng)有這些代碼铃慷，則可認(rèn)定為長期設(shè)置，不必每次下載包之前再次設(shè)置蜕该。例如
這是我再次新建的project 犁柜，但是運行Rprofile后仍有這兩行鏡像代碼，則說明不必再次輸入鏡像堂淡，可直接使用馋缅。如果沒有這些扒腕，則需要重新輸入鏡像命令。
安裝R包
命令為 install.packages(“包”)
BiocManager::install(“包”)
取決于你要安裝的包存在于CRAN網(wǎng)站還是Biocductor萤悴，前者用于CRAN網(wǎng)站的包獲取瘾腰，后者用于Biocductor，包在哪里覆履，需要谷歌搜索
加載包
兩個命令均可蹋盆，使用時二選一，命令中的包在實際使用時為包的名稱
library(包)
require(包)
例如硝全，鏡像命令后輸入加載 dplyr 包
dplyr 包中的基本函數(shù)使用范例
（1）**mutate() #新增數(shù)據(jù)框中的列栖雾，格式為mutate(矩陣名, 新增列名 = 值) **
例如 mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)，
（2）select() #按列篩選伟众，select(矩陣名,列數(shù))或者select(矩陣名,列名稱)
例如 select(test,1)
select(test,c(1,4))
select(test,Sepal.Width)
（3）filter() #篩選行
格式為 filter(矩陣名, 列名 == "值")
filter(矩陣名, 列名 %in% c( "值1"析藕， "值2"， "值3"))
例如 filter(test, Species == "versicolor")
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 3 )
filter(test, Species %in% c("versicolor","virginica")) #在數(shù)據(jù)框中篩選帶有這兩個名稱的行
（4）arrange() #按某1列或某幾列對整個表格進行排序
格式為 arrange(矩陣名, 列名)#默認(rèn)從小到大排序
arrange(矩陣名, desc(列名))#用desc從大到小
（5）summarise() #匯總
格式 summarise(矩陣名, mean(列名), sd(列名))# 計算某列的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差
group_by(矩陣名, 列名) # 先按照矩陣名分組凳厢，計算每組矩陣名的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差
例summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
dplyr兩個實用技能
- 管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
-
count統(tǒng)計某列的unique值
count(矩陣名,列名)
dplyr處理關(guān)系數(shù)據(jù) (數(shù)據(jù)框編輯實用命令)
-
內(nèi)連inner_join,取交集
inner_join(表1,表2, by = "列名") -
左連left_join
left_join(表1, 表2, by = '列名')账胧， 新的表行數(shù)=左邊的表1，新列值來自于右邊表2先紫，只顯示存在的值治泥，沒有的值為NA。 -
全連full_join
格式為 full_join( 表1, 表2, by = 'x')
表1和表2通過x這一列連接起來 -
半連接
semi_join(x = 表1, y =表2, by = 'x')
返回能夠與y表匹配的x表所有記錄semi_join -
反連接
anti_join(x =表2, y =表1, by = 'x')
返回?zé)o法與y表匹配的x表的所記錄anti_join -
簡單合并
相當(dāng)于base包里的cbind()函數(shù)和rbind()函數(shù)
bind_rows()函數(shù)需要兩個表格列數(shù)相同泡孩，合并行需要有相同列數(shù)
bind_cols()函數(shù)則需要兩個數(shù)據(jù)框有相同的行數(shù)车摄，合并列需要有相同行數(shù)
