當(dāng)然不是機(jī)器人總動(dòng)員中的伊娃~但是開(kāi)發(fā)作者卻巧妙的借用了其名湿酸，還給了伊娃的圖標(biāo)婿屹，作者是想開(kāi)發(fā)一個(gè)像伊娃一樣戰(zhàn)斗力爆表的工具嗎？

EVA推溃，EV細(xì)胞外囊泡簡(jiǎn)寫(xiě)昂利，A，Analysis的縮寫(xiě)，名字就是這么來(lái)的吧蜂奸？（不是犁苏，是我瞎猜的...）

image-20240116231645334.png

軟件地址：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVAtool/

軟件目的：An optimized reads assignment tool for extracellular vesicle small ncRNA quantification

軟件的工作流

支持sra、fastq扩所、gz三種格式的數(shù)據(jù)輸入围详，使用fastqc對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估，Bowtie2比對(duì)碌奉，比對(duì)過(guò)程中有一個(gè)ORAA算法短曾，主要是為了分配一個(gè)read比對(duì)到多個(gè)sRNA上時(shí)，分配給哪一種sRNA比較合理赐劣。接著進(jìn)行了定量和標(biāo)準(zhǔn)化嫉拐，最后是生成結(jié)果的可視化報(bào)告。

image-20240116232141727.png

安裝軟件

# 創(chuàng)建conda環(huán)境
conda create -y -n EVAtool python=3魁兼。7

# 安裝依賴(lài)環(huán)境
conda install -y samtools
conda install -y bowtie2
conda install -y fastq-dump
conda install -y trimmomatic-0.39.jar
conda install -y bedtools

# pip安裝
pip install evatool

## 查看是否安裝成功
evatool -h

usage: evatool [-h] -i INPUT -o OUTPUT [-c CONFIG] [-n [NCRNA ...]]

EVAtool could be used to estimate the quantification and abundence of small ncRNA from EV or other sources.

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i INPUT, --input INPUT
                        The path of the input file, the file type could be '.sra, .fastq.gz or .fastq'.
  -o OUTPUT, --output OUTPUT
                        The path of output file.
  -c CONFIG, --config CONFIG
                        The path of the Config file. User can download the config file from url, or define yourself.
  -n [NCRNA ...], --ncrna [NCRNA ...]
                        The list of small ncRNA types.  User can use default ncRNA list (miRNA, rRNA, tRNA, piRNA, snoRNA, snRNA, YRNA), or define yourself.

下載準(zhǔn)備數(shù)據(jù)

參考基因組

# 下載參考基因組 人的 和config文件
wget "http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVAtool/ref/refs.zip"

# 解壓
unzip refs.zip

# refs內(nèi)容如下：
├── four_elements.sort.bed
├── Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf
├── Homo_sapiens_v86
├── miRNA
├── piRNA
├── reference_config.json
├── rRNA
├── snoRNA
├── snRNA
├── sRNA.fa
├── tRNA
├── two_elements.sort.bed
└── YRNA

目前官網(wǎng)只放了人類(lèi)的婉徘，其他的物種可以參考這個(gè)表格去下載：

image-20240120205536156.png

下載示例fastq數(shù)據(jù)

# Download example data 
wget http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVAtool/example/example.fastq.gz

# fq內(nèi)容
@SRR8185773.1 1 length=36
NCTACAGTGCACGTGTCTCCAGAGATCGGAAGAGCA
+SRR8185773.1 1 length=36
#AAAAEEEEEEEEEEEEEEAEEAEEAEEEE6EEEEE
@SRR8185773.2 2 length=36
GGCTGGTCCGATGGTAGTGGGTTATCAGAACAGATC
+SRR8185773.2 2 length=36
AAAAAEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE
@SRR8185773.3 3 length=36
CCTGTCTGAGGGTCGGAGATCGGAAGAGCACACGTC
+SRR8185773.3 3 length=36
AAAAAEEEEAEE/E/EEEEEEEEEEE/EE/E/EEE<

運(yùn)行EVAtool

# Run EVAtool
evatool -i example.fastq.gz -o ./

更多詳細(xì)輸入?yún)?shù)可以如下選擇：

image-20240120203136096.png

輸出結(jié)果

輸出結(jié)果為一個(gè)html報(bào)告

fastq的read長(zhǎng)度分布

image-20240120204948134.png

image-20240120204959448.png

比對(duì)到不同sRNA上的read的比例

image-20240120205029106.png

image-20240120205047822.png

加上沒(méi)有比對(duì)上的reads

image-20240120205107517.png

定量結(jié)果，是一個(gè)tab鍵的表格

image-20240120205133456.png

每種sRNA表達(dá)top5的數(shù)據(jù)：

image-20240120205213828.png

不同sRNA的表達(dá)分布圖：

image-20240120205303422.png

鑒定到的sRNA數(shù)目：

image-20240120205335945.png

image-20240120205346691.png

結(jié)果還挺豐富的咐汞，可以去用用看~

ref：

Xie G Y, Liu C J, Guo A Y. EVAtool: an optimized reads assignment tool for small ncRNA quantification and its application in extracellular vesicle datasets[J]. Briefings in Bioinformatics, 2022. Link: https://doi.org/10.1093/bib/bbac310