生物體內(nèi)的大多數(shù)反應(yīng)都需要酶的參與，酶在生命活動(dòng)中發(fā)揮了重要作用胸墙。IUBMB/UPAC 國際標(biāo)準(zhǔn)化命名委員會(huì)對(duì)已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的酶都提供了標(biāo)準(zhǔn)化的的命名方式寡润，叫做EC number。
KEGG ENZYME 整合了ExplorEnz 數(shù)據(jù)庫中酶的信息舅柜，處理基本的Ec number 和name 等屬性外梭纹，還提供了對(duì)應(yīng)的序列信息。
來看下每條記錄的信息
| Entry | 酶編號(hào)致份，EC number |
|---|---|
| Name | 酶的名稱 |
| Class | 所屬的分類 |
| Sysname | 其他名稱 |
| Reaction | 酶催化的反應(yīng) |
| Substrate | 底物 |
| Product | 產(chǎn)物 |
| Comment | 注釋 |
| History | 修訂記錄 |
| Pathway | 參與的通路 |
| Orthology | 對(duì)應(yīng)的KO 信息 |
| Genes | 在各種物種中對(duì)應(yīng)的基因 |
| Reference | 參考文獻(xiàn) |
| Other DBs | 其他數(shù)據(jù)庫的鏈接 |
酶催化生物反應(yīng)的進(jìn)行变抽，所以會(huì)與 pathway, raction，compound 數(shù)據(jù)庫產(chǎn)生聯(lián)系氮块。在Enzyme 與其他數(shù)據(jù)庫的聯(lián)系中绍载，我們需要重點(diǎn)理解與KO的對(duì)應(yīng)關(guān)系。
在1995 年滔蝉，KEGG 數(shù)據(jù)庫剛開始創(chuàng)建的時(shí)候击儡，EC number 主要用來繪制代謝通路圖；直到1999 年蝠引，提出了Orthology ID的概念阳谍，用來取代EC number, 繪制通路圖；到2002年螃概，Orthology ID 變成了KO, EC number 就作為KO的屬性出現(xiàn)了矫夯。那么EC number和 KO之間存在怎樣的對(duì)應(yīng)關(guān)系呢？
酶是基因的產(chǎn)物吊洼，而基因有對(duì)應(yīng)的KO注釋训貌。通過基因，以基因?yàn)闃蛄好扒希梢愿玫睦斫饷负蚄O之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系递沪。
雖然有實(shí)驗(yàn)證據(jù)表明這種酶的存在，但是缺乏對(duì)應(yīng)的基因信息超燃，也就沒有對(duì)應(yīng)的KO 注釋区拳， 比如
1.1.1.46, 就沒有對(duì)應(yīng)的KO信息;-
這種酶在多個(gè)物種中都存在，也就有對(duì)應(yīng)的多個(gè)基因意乓，這些基因分屬不同的KO(當(dāng)然這些KO的功能描述還是很接近的)樱调， 此時(shí)會(huì)出現(xiàn)1個(gè)EC Number 對(duì)應(yīng)多個(gè)KO的情況， 比如
1.1.1.376
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這種酶對(duì)應(yīng)的多個(gè)基因?qū)儆谕粋€(gè)KO, 比如
1.1.1.388
image -
多個(gè)酶對(duì)應(yīng)同一個(gè)KO, 多個(gè)酶對(duì)應(yīng)的基因被歸類到了同一個(gè)KO下届良，比如
1.1.1.49和1.1.1.363笆凌。
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總結(jié)
Enzyme 數(shù)據(jù)庫存儲(chǔ)了酶的相關(guān)信息，每種酶用EC number 唯一標(biāo)識(shí)士葫；
Ec number 與KO的對(duì)應(yīng)關(guān)系比較復(fù)雜乞而，可以通過基因來理解它們之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系；
