桓玄掌握朝政大權(quán)后，劉敬宣、高雅之亿眠、司馬休之等人在廣陵也無法安身碎罚，他們于是又逃奔到洛陽，把自己的兒子兄弟送到后秦做人質(zhì)纳像，請求救助荆烈。后秦王姚興交給他們兵符印信，讓他們自己到關(guān)中一帶去招募兵丁竟趾，招到了幾千人后憔购，他們又回到彭城一帶以此為據(jù)點去駐守了。

桓玄離開都城建康岔帽，去到姑孰駐扎玫鸟，但朝廷中的大政方針，都還要去他那里請示犀勒，其他小事就由他的侄子桓謙和卞范之共同決定鞋邑。

自從晉安帝即位以來，東晉全國上下的百姓账蓉，對于接連不斷的天災(zāi)人禍、動亂戰(zhàn)爭逾一，已經(jīng)厭惡到了極點铸本。等到桓玄剛剛來到京師的時候，罷黜奸佞的小人遵堵，選拔賢明的才俊箱玷，建康的百姓非常高興，都以為能得到一點安定的生活環(huán)境陌宿。

好景不長锡足，桓玄很快便驕奢橫暴、放縱享樂的生活壳坪，他的政令變化無常舶得，朋黨奸雄紛紛出現(xiàn)，甚至對朝廷也大加欺凌侮辱爽蝴，并把皇家御用的車馬轎乘沐批、供奉的食品用具等，也都隨意裁減蝎亚，連晉安帝本人也幾乎要挨凍受餓九孩，因此，百姓的心中對他非常失望发框。

當(dāng)時的三吳地區(qū)又發(fā)生大災(zāi)荒躺彬，住戶人口都減少了將近一半左右。其中的會稽郡中，十人中減少了三四人宪拥，而臨海仿野、永嘉兩地的人口則幾乎全部死亡。即使是富貴人家江解，也都只能穿著綾羅綢緞设预，懷里抱著金玉，關(guān)起門來互相看著彼此活活餓死犁河。

桓玄雖然曾經(jīng)下令賑災(zāi)鳖枕，但是米糧不多，給予不足桨螺，后來會稽內(nèi)史王愉召還外出尋食的饑民回去領(lǐng)糧食宾符，還是有很多人在道旁餓死。

百姓民不聊生灭翔，桓玄還在暗示朝廷根據(jù)他平定司馬元顯的功勞魏烫，封他為豫章公，又根據(jù)他平定殷仲堪肝箱、楊佺期的功勞哄褒，而封他為桂陽公，他保持自己原來受封的南郡公煌张，把豫章公的封號給了兒子桓升呐赡，把桂陽公的封號給了侄子桓俊。

桓玄為了徹底吞并北府軍的勢力骏融，又殺了北府軍重要的高級將領(lǐng)高素链嘀、劉襲等人，劉襲的哥哥冀州刺史劉軌邀請司馬休之档玻、劉敬宣怀泊、高雅之等人一起占據(jù)山陽，打算發(fā)動軍隊進(jìn)攻桓玄误趴，結(jié)果失敗了霹琼，只得退走，將軍袁虔之凉当、劉壽等人也都趕到這里跟他們一起逃亡碧囊。

他們本打算投奔勢力正在上升的北魏，到了陳留以南的時候纤怒，聽說了北魏國主拓跋珪殺死崔逞的事件糯而，于是他們商議之后便分為兩路：劉軌、司馬休之泊窘、劉敬宣等人投奔南燕熄驼，袁虔之像寒、劉壽等人投奔了后秦。

不久瓜贾，桓玄派人到安城诺祸，將關(guān)押在那里的司馬道子毒殺了。

袁虔之等人到達(dá)長安后祭芦，得到后秦王姚興的接待筷笨，姚興饒有興趣地問：“桓玄的才能謀略和他的父親桓溫相比如何？”

袁虔之回答：“桓玄趁著晉室衰微動亂之機龟劲，竊取占據(jù)了可以操縱大局的宰相高位胃夏，他為人多疑猜忌、刻薄殘忍昌跌，刑罰賞賜又極為不公仰禀，根據(jù)我的觀察，他遠(yuǎn)不如其父蚕愤〈鸲瘢桓玄現(xiàn)在已經(jīng)掌握了朝中的大權(quán)，看他的趨勢是一定要篡位叛逆晉國的萍诱，這樣悬嗓，正可以為別的人起來驅(qū)逐鏟除他提供口實≡７唬”

姚興覺得這番話很有見地包竹，任命袁虔之為廣州刺史。

不久太尉桓玄又被任命為大將軍碍庵，他沒有停下消滅北府舊將的步伐，接著又殺死了冀州刺史孫無終悟狱，以圖消滅劉牢之率領(lǐng)之下的所有北府軍勢力静浴，至此，號稱中國古代十大最強軍隊的北府軍徹底被瓦解挤渐。后來苹享，劉裕在京口重組北府兵，但那已經(jīng)不是北府兵的重建浴麻，而是一個新王朝的軍隊了得问。

身為大將軍的桓玄，作為責(zé)任软免，自然要上表請求北伐平定關(guān)宫纬、洛地區(qū)，隨后又暗示朝廷不批準(zhǔn)膏萧，他就做出尊重詔命的姿態(tài)停止行動漓骚。

桓玄此人喜歡裝飾和書畫蝌衔，他命令建造輕便的船裝載他的書畫、服飾蝌蹂、玩器等噩斟，有人問他是什么緣故，他竟然回答說：“現(xiàn)在兵荒馬亂的孤个，敵人又很兇殘剃允，萬一有什么意外，這些輕便的東西容易運送齐鲤〕夥希”眾人聽后都在背后笑他。

何無忌暗中去看望劉裕佳遂，勸劉裕在山陰起兵征討桓玄营袜。劉裕向本地的豪杰孔靖求教，孔靖說：“山陰離都城的道路太遙遠(yuǎn)了丑罪，起兵很難成功荚板，而且桓玄還沒有篡位，時機未到吩屹，不如等到他篡位后跪另，在京口討伐他∶核眩”

桓玄的親信殷仲文免绿、卞范之當(dāng)時都勸大將軍桓玄早一點接受禪位，暗中將九錫文和冊命都準(zhǔn)備好了擦盾。不久嘲驾，桓謙、王謐迹卢、桓修紛紛被加封辽故，桓玄更是被冊封為相國，封十郡腐碱，為楚王誊垢，加封九錫，楚國設(shè)置丞相以下的官吏症见。

桓謙私下里詢問劉裕喂走，想看他的態(tài)度，就問道：“楚王的功勛德業(yè)都很大谋作，大家都說應(yīng)該禪位給他芋肠，你怎么看這件事呢？”

劉裕說：“楚王是宣武桓溫之子遵蚜，功勛蓋世业栅，晉室衰弱秒咐，人們早就想變換了，趁著時運禪讓給他碘裕，又有什么不可以呢携取！”桓謙高興地說：“你能這樣想那就可以了！”

桓玄上表請求回到藩國帮孔，又自己代表朝廷下詔挽留雷滋，然后再次請求歸藩，又要晉安帝下手詔挽留自己文兢，因為桓玄喜歡炫耀這些詔書晤斩，就常常做這些自編自導(dǎo)的上表和下詔事件。另外桓玄命人報告各種祥瑞事件的出現(xiàn)姆坚，讓百官齊賀澳泵，做為自己接受天命的征召。

桓玄并沒有管理朝政的才能兼呵，對于政令兔辅，一會兒想廢除錢幣，用稻谷击喂、絲帛做為通貨维苔，一會又要恢復(fù)肉刑，制度很混亂懂昂，沒有統(tǒng)一介时，來回反復(fù)變化，結(jié)果都沒有實行凌彬。他的性情又很貪婪鄙吝沸柔，別人有好的字、好的畫以及好的花園宅子铲敛，他一定會想法設(shè)法據(jù)為己有褐澎，士人百姓叫苦不迭。

公元403年十一月原探，卞范之寫好禪讓的詔書乱凿，命臨川王司馬寶去逼迫晉安帝抄寫顽素。二十一日咽弦，由王謐奉上玉璽和綬帶，將晉安帝的帝位禪讓給桓玄胁出。二十三日型型，晉安帝遷至永安宮，百官到姑孰勸桓玄登基全蝶，桓玄又假意辭讓闹蒜，官員又堅持勸請寺枉，于是桓玄筑壇告天，正式登基為帝绷落，改封晉安帝為平固王姥闪，不久又將他遷到尋陽去居住。

桓玄登基的冊文中有看不起晉朝王室的意思砌烁，有人加以勸諫筐喳，桓玄說：“冊文中如果用謙虛的話，那是對著普通老百姓說說而已的函喉，對于上天怎么可以欺騙呢避归？必須實話實說！”

桓玄進(jìn)入建康宮管呵，登上皇帝的寶座接受百官朝拜梳毙，而龍座突然下陷，群臣臉色都變了捐下，殷仲文最是機警账锹，連忙說：“這大約是圣王您的道德太過深厚，連大地都承受不起了蔑担！”知識分子拍馬屁牌废，就是有板有眼，恰到好處啤握，桓玄聽后非常高興鸟缕，大宴群臣。