官方使用參考：http://mummer.sourceforge.net/manual
中文原理解釋+教程參考：http://www.reibang.com/p/2e184e5c15b7
安裝MUMmer
MUMmer的各版本可以從 https://sourceforge.net/projects/mummer/ 下載
我用的是3.23版的
wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/mummer/mummer/3.23/MUMmer3.23.tar.gz
tar -xvzf MUMmer3.0.tar.gz #解壓壓縮包。你可以輸入“rar --help”查看“-xzvf”分別代表什么意思
make check #確保makefile能夠識別程序色徘。如果沒有出現(xiàn)錯誤消息恭金，則診斷成功，可以繼續(xù)褂策。
#但是横腿，如果顯示錯誤消息，則無法通過系統(tǒng)路徑訪問所列出的程序辙培。如果需要蔑水，請安裝相關(guān)程序，將它們添加到您的系統(tǒng)PATH變量中扬蕊，然后輸入以下命令繼續(xù)安裝MUMmer：
make install #如果報錯了，可能是gcc出了問題丹擎。解決方法請看《官方使用參考》
使用MUMmer
注：請到 /MUMmer-version/ 目錄下使用尾抑，要不然就把bin目錄添加到環(huán)境變量里（我沒有找到bin目錄是哪個，所以我沒添加）
步驟一：nucmer用于比對
我用的是nucmer蒂培，因為它用于關(guān)系密切的多序列比對再愈。它先找到給定長度的最大精確匹配，然后將這些匹配聚類形成更大的不精確對齊區(qū)域护戳。最后翎冲，它將每個匹配的對齊向外擴展，將集群加入到一個單獨的高分成對對齊中媳荒。這使得NUCmer最適合定位和顯示高度保守的DNA序列區(qū)域抗悍。
很多時候驹饺，需要將兩個尚未完成的基因組或兩個基因組與多個染色體對齊。這可能會更復(fù)雜一些缴渊，因為必須為每個可能的序列配對生成單獨的比對赏壹。NUCmer和PROmer都能自動化這一過程，并接受多個fasta文件輸入衔沼，從而簡化了對齊兩組contigs蝌借、scaffold或染色體的過程。
- promer：是Perl寫的流程指蚁，它用以翻譯后的氨基酸序列 進行聯(lián)配菩佑，工作原理同nucmer；
- run-mummer1, run-mummer3： 兩者是基于cshell寫的流程凝化，用于兩個序列的常規(guī)聯(lián)配擎鸠，和promer，nucmer類似缘圈，只不過能夠自動識別序列類型劣光。它們擅長聯(lián)配相似度高的DNA序列，找到它們的不同糟把，也就是適合找SNP或者糾錯绢涡。前者用于1v1、無重排遣疯，后者1v多雄可、有重排。
nucmer用法：
nucmer [options] <reference file> <query file>
options參數(shù)解釋：
--minmatch/-l: 單個匹配最小長度
--forwoard/-f, --reverse/-r: 只匹配正鏈或只匹配負(fù)鏈缠犀。
--mincluster/-c: 用于聚類的匹配最低長度数苫，默認(rèn)65
--maxgap/-g: 兩個相鄰匹配間的最大gap長度，默認(rèn)90
--diagdiff/-D: 一個聚類中兩個鄰接匹配辨液，最大對角差分虐急，默認(rèn)5
--diagfactor/-d: 也是和對角差分相關(guān)參數(shù)，只不過和gap長度有關(guān)滔迈，默認(rèn)0.12
--breaklen/-b: 在對聯(lián)配兩端拓展式止吁，在終止后繼續(xù)延伸的程度，默認(rèn)200
--[no]extend：是否外延燎悍，默認(rèn)是
--[no]optimize：是否優(yōu)化敬惦，默認(rèn)是。即在聯(lián)配分?jǐn)?shù)較低時不會立刻終止谈山，而是回顧整條聯(lián)配俄删，看能否茍延殘喘一會。
--depend: 顯示依賴信息后退出
--coords: 調(diào)用show-coords輸出坐標(biāo)信息
--prefix/-p: 輸出文件的前綴
--[no]delta: 是否輸出delta文件，默認(rèn)是
--threads/-t: 多核心
---delta=PATH: 指定位置畴椰，而不是當(dāng)前
--sam-short=PATH：保存為SAM短格式
--sam-long=PATH： 保存為SAM長格式
--save=PREFIX：保存suffix array
--load=PREIFX：加載suffix array
步驟二：delta-filter用于過濾比對結(jié)果
用法：
delta-filter -i 90 -l 5000 -m jgc.delta > jgc_i90_m_delta.filter
參數(shù)解釋：
-i: 最小的相似度 [0,100], 默認(rèn)0
-l: 最小的匹配長度 默認(rèn)0.
-u: 最小的聯(lián)配唯一度 [0,100], 默認(rèn)0
-o: 最大重疊度臊诊，針對-r和-q設(shè)置。 [0,100], 默認(rèn)100
-g: 1對1全局匹配迅矛，不允許重排
-1: 1對1聯(lián)配妨猩，允許重排，是-r和-q的交集
-m: 多對對聯(lián)配秽褒，允許重排壶硅，是-r和-q的合集。
-q: 僅保留每個query在reference上的最佳位置,允許多條query在reference上重疊
-r: 僅保留每個reference在query上的最佳位置,允許多條reference在query上重疊
步驟三：用mummerplot畫共線性散點圖
用法：
mummerplot -p jgc jgc_i90_m_delta.filter --png --filter
參數(shù)介紹：
-b|breaklen：突出顯示斷點距離最近的序列末端比斷點核苷酸更遠(yuǎn)的排列
-f / --filter：只顯示對任意序列上任何特定點的“最佳”命中的.delta文件比對销斟，即引用子序列和查詢子序列的一對一映射
-h / --help：顯示幫助信息（說明書）
-p|prefix：設(shè)置文件前綴(默認(rèn)是 'out')
-t|terminal：設(shè)置輸出的是png格式還是postscript（PS格式的）還是X11
得出結(jié)果
sz jgc.png #下載文件
