(*圖片來自NCBI官網(wǎng))https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
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NCBI使用指南
步驟01:下載庫文件
????使用BLAST+自帶的update_blastdb.pl腳本下載nr和nt等庫文件尊剔,直接運(yùn)行下列命令即可自動(dòng)下載喉镰,或者fasta手動(dòng)格式化數(shù)據(jù)庫株灸。
步驟02:格式化數(shù)據(jù)庫
? ? ? ? 示例:makeblastdb -in demo.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
????????參數(shù)說明:
????????-in:待格式化的序列文件
????????-dbtype:數(shù)據(jù)庫類型拢操,prot或nucl
????????-out:數(shù)據(jù)庫名
步驟03:序列比對(duì)
????????蛋白序列比對(duì)蛋白數(shù)據(jù)庫(blastp)
????????blastp -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
????????參數(shù)說明:
????????-query: 輸入文件路徑及文件名
????????-out:輸出文件路徑及文件名
????????-db:格式化了的數(shù)據(jù)庫路徑及數(shù)據(jù)庫名
????????-outfmt:輸出文件格式臭家,總共有12種格式
????????-evalue:設(shè)置輸出結(jié)果的e-value值
????????-num_descriptions:tabular格式輸出結(jié)果的條數(shù)
????????-num_threads:線程數(shù)
????????核酸序列比對(duì)核酸數(shù)據(jù)庫(blastn纫普、blastx)
????????blastn -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
????????blastx -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
????????參數(shù)說明:
????????-query: 輸入文件路徑及文件名
????????-out:輸出文件路徑及文件名
????????-db:格式化了的數(shù)據(jù)庫路徑及數(shù)據(jù)庫名
????????-outfmt:輸出文件格式禽最,總共有12種格式
????????-evalue:設(shè)置輸出結(jié)果的e-value值
????????-num_descriptions:tabular格式輸出結(jié)果的條數(shù)
????????-num_threads:線程數(shù)
步驟04:參考資料
1.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/
2.http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
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