Blast本地化快速上手教程

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NCBI使用指南


步驟01:下載庫文件

????使用BLAST+自帶的update_blastdb.pl腳本下載nr和nt等庫文件尊剔,直接運(yùn)行下列命令即可自動(dòng)下載喉镰,或者fasta手動(dòng)格式化數(shù)據(jù)庫株灸。


步驟02:格式化數(shù)據(jù)庫

? ? ? ? 示例:makeblastdb -in demo.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname

????????參數(shù)說明:

????????-in:待格式化的序列文件

????????-dbtype:數(shù)據(jù)庫類型拢操,prot或nucl

????????-out:數(shù)據(jù)庫名

步驟03:序列比對(duì)

????????蛋白序列比對(duì)蛋白數(shù)據(jù)庫(blastp)

????????blastp -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

????????參數(shù)說明:

????????-query: 輸入文件路徑及文件名

????????-out:輸出文件路徑及文件名

????????-db:格式化了的數(shù)據(jù)庫路徑及數(shù)據(jù)庫名

????????-outfmt:輸出文件格式臭家,總共有12種格式

????????-evalue:設(shè)置輸出結(jié)果的e-value值

????????-num_descriptions:tabular格式輸出結(jié)果的條數(shù)

????????-num_threads:線程數(shù)

????????核酸序列比對(duì)核酸數(shù)據(jù)庫(blastn纫普、blastx)

????????blastn -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

????????blastx -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

????????參數(shù)說明:

????????-query: 輸入文件路徑及文件名

????????-out:輸出文件路徑及文件名

????????-db:格式化了的數(shù)據(jù)庫路徑及數(shù)據(jù)庫名

????????-outfmt:輸出文件格式禽最,總共有12種格式

????????-evalue:設(shè)置輸出結(jié)果的e-value值

????????-num_descriptions:tabular格式輸出結(jié)果的條數(shù)

????????-num_threads:線程數(shù)

步驟04:參考資料

1.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/

2.http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

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