今天早上難得清閑吃既，學(xué)習(xí)了NCBI中一些數(shù)據(jù)庫的知識考榨，主要如下：
①refseq數(shù)據(jù)庫，其中所有的數(shù)據(jù)都是一個非冗余的鹦倚、提供參考標(biāo)準(zhǔn)的數(shù)據(jù)河质，包括染色體、基因組（細(xì)胞器震叙、病毒掀鹅、質(zhì)粒）、蛋白媒楼、RNA等乐尊，是經(jīng)過NCBI篩選過的數(shù)據(jù)庫，可信度很高划址。其ID通常表示為XX_123456扔嵌，XX代表不同含義，如XM代表蛋白編碼序列夺颤，NR代表非編碼蛋白的mRNA序列等痢缎。
②Entrez 指的是一個綜合性生物信息數(shù)據(jù)檢索引擎，他包含了核酸世澜、蛋白質(zhì)独旷、基因、基因組、GEO嵌洼、pubMed等數(shù)據(jù)庫案疲，通常所說的去NCBI檢索一下，這時的NCBI就是指Entrez.
其中Entrez ID指的是Entrez gene數(shù)據(jù)庫的編號系統(tǒng)麻养，各種Gene ID 可以相互轉(zhuǎn)換褐啡，常用工具有：DAVID等
③GEO數(shù)據(jù)庫，指的是NCBI中基因表達數(shù)據(jù)庫回溺，Gene Expression Omnibus,存儲著各種高通量功能基因組數(shù)據(jù)集春贸。
④Taxonomy數(shù)據(jù)庫，是一個分類數(shù)據(jù)庫遗遵，它只是努力整合各種各樣來源的系統(tǒng)發(fā)育和分類學(xué)的知識萍恕，包括發(fā)表的文獻、基于網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)庫车要、序列提交者的建議以及來自NCBI 外部的分類學(xué)專家允粤，通過它可以了解該物種在分類學(xué)上的地位，也可以在某一物種范圍內(nèi)對Entrez進行檢索
⑤SNP單核苷酸多態(tài)性翼岁，一般多由單個堿基的轉(zhuǎn)換（transition）或顛換（transversion）造成类垫，目前研究很熱，dbSNP數(shù)據(jù)庫琅坡，單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫悉患，一般采用featureID即rs/ss1234567
⑥PubMed數(shù)據(jù)庫，是一個提供生物醫(yī)學(xué)方面的論文搜尋以及摘要的數(shù)據(jù)庫榆俺，具有多種搜索方式售躁，還可以使用通配符進行檢索
⑦OMIM數(shù)據(jù)庫，關(guān)于人類基因和遺傳紊亂的數(shù)據(jù)庫茴晋，
⑧NR相當(dāng)于一個將核酸數(shù)據(jù)和蛋白數(shù)據(jù)聯(lián)系起來的交叉索引陪捷，GenBank是核苷酸數(shù)據(jù)庫，RefSeq是基因數(shù)據(jù)庫诺擅，UniProt是蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫
