有關(guān)MR方法的學(xué)習(xí)請(qǐng)參考：https://www.mubu.com/doc/5Ke3fGOVKrY
今日學(xué)習(xí)一篇2023年發(fā)表于BMC medicine上的文章影涉，題目是：Circulating levels of micronutrients and risk of infections: a Mendelian randomization study。
摘要：
背景：微量元素的缺失增加感染的易感性腥椒。目前有關(guān)微量元素和感染之間的觀察性研究及RCT很有限梧宫。
方法：Two-sample MR，數(shù)據(jù)來源為歐洲血統(tǒng)（European ancestry）的獨(dú)立隊(duì)列（independent cohorts）蛇尚。表型（危險(xiǎn)因素：3種感染）數(shù)據(jù)來源為UK Biobank and FinnGen芽唇。統(tǒng)計(jì)分析為：反方差加權(quán)法（IVW，Inverse variance-weighted MR）和一系列敏感性分析佣蓉。統(tǒng)計(jì)顯著性P設(shè)置為2.08E-3
結(jié)果：研究發(fā)現(xiàn)血液循環(huán)中的銅的水平和胃腸道感染明顯相關(guān)披摄。一個(gè)SD的增加與0.91的OR值相關(guān)。這些發(fā)現(xiàn)被后續(xù)的敏感性分析證實(shí)為穩(wěn)健的勇凭。
方法
1.報(bào)道按照STROBE-MR的方法疚膊。（Skrivankova VW, Richmond RC, Woolf BAR, Davies NM, Swanson SA, VanderWeele TJ, et al Strengthening the Reporting of Observational Studies in Epidemiology using Mendelian Randomisation (STROBE-MR): explanation and elaboration. BMJ. 2021;375:n2233.）
2.Flow chart:
3.數(shù)據(jù)：共14 GWASs數(shù)據(jù)集：8個(gè)暴露因素?cái)?shù)據(jù)集和6個(gè)結(jié)局?jǐn)?shù)據(jù)集。
為了減少人群分層的偏倚虾标，數(shù)據(jù)選擇了同為歐洲血統(tǒng)（European ancestry）的數(shù)據(jù)寓盗。
- 表型（危險(xiǎn)因素）GWAS數(shù)據(jù)的兩個(gè)搜索平臺(tái)：GWAS Catalog and PubMed
- 表型（危險(xiǎn)因素）GWAS數(shù)據(jù)的臨床顯著性確定：P ≤ 5E?08
- 結(jié)局（疾病）GWAS數(shù)據(jù)的兩個(gè)搜索平臺(tái)：UK Biobank 和 FinnGen Release 6璧函。
- 使用SAIGE對(duì)與遺傳相關(guān)的性別傀蚌、年齡及前4個(gè)（UK Biobank）或前10個(gè)主成分進(jìn)行調(diào)整（FinnGen）。
- 匯總統(tǒng)計(jì)（summary statistics）的meta分析采用METAL的隨機(jī)效應(yīng)模型（random-effects model）（Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: fast and efficient meta-analysis of
genomewide association scans. Bioinformatics. 2010;26(17):2190–1.）蘸吓。 - Cochran’s Q statistical test （included in METAL）用于評(píng)價(jià)兩個(gè)隊(duì)列結(jié)局研究的基因工具的異質(zhì)性善炫。
- 統(tǒng)計(jì)效能： F統(tǒng)計(jì)量（后續(xù)再添加）
- MR主分析方法：
11.1 計(jì)算每個(gè)SNP的Wald比（即SNP-結(jié)果關(guān)聯(lián)/SNP-暴露關(guān)聯(lián)）。若不同SNP對(duì)應(yīng)一個(gè)危險(xiǎn)因素（微量元素）库继，則選擇使用IVW（反向方差加權(quán)法）計(jì)算效應(yīng)量（Wald比）箩艺。
11.2 每個(gè)遺傳預(yù)測(cè)的SD增加一個(gè)單位， 報(bào)道的結(jié)局關(guān)聯(lián)增加1個(gè)OR宪萄。
11.3 MR分析針對(duì)UK Biobank艺谆、FinnGen Release 6及meta分析的匯總分別進(jìn)行。
11.4 名義上的P<0.05拜英。 多重檢驗(yàn)的矯正統(tǒng)計(jì)量p=0.05/(8 exposures*3 outcomes ) = 0.05/24 = 2.08E?03静汤。 - MR敏感性分析方法：
12.1 水平多效性檢測(cè)（Cochran’s Q statistical test）
12.2 評(píng)估基因工具的獨(dú)立性及排他性：PhenoScanner V2工具（http://www.phenoscanner.medschl.cam.ac.uk/ (accessed 30 October 2022).）
12.3 leave-one-out 分析 （>2 SNP）： 檢驗(yàn)IVW估計(jì)值的穩(wěn)健性。及是否存在特殊的SNP（促進(jìn)這種關(guān)聯(lián)居凶，也就是多效性）
12.4 Cu的潛在多效性分析 - 非嚴(yán)格標(biāo)準(zhǔn)的基因工具的二次分析
13.1 納入低標(biāo)準(zhǔn)的基因工具變量（r 2 < 0.01 and P ≤ 5E?06）：可能引入弱相關(guān)變量
13.2 MR-RAPS：糾正引入弱相關(guān)變量的偏倚虫给。 - Post hoc analyses （事后分析）
14.1 分析結(jié)果中Cu與胃腸道感染之間的關(guān)聯(lián)。
14.2 兩種事后分析：1.提取另外的腸道感染的GWAS數(shù)據(jù)侠碧，進(jìn)行獨(dú)立隊(duì)列的MR分析狰右。2. 分析反向因果。進(jìn)行遺傳預(yù)測(cè)的Cu血清水平和遺傳預(yù)測(cè)的腸道感染的風(fēng)險(xiǎn)之間的MR分析舆床。 - 數(shù)據(jù)分析工具：所有MR分析用的是R語言中的TwoSampleMR package棋蚌。METAL則應(yīng)用于對(duì)結(jié)局的Meta分析嫁佳。
