子宮肉瘤基因檢測

?前言

子宮肉瘤是一類惡性間葉組織源性腫瘤挚币,約占所有女性生殖道惡性腫瘤的1%枉昏,占子宮體惡性腫瘤的3%~7%[1]。子宮肉瘤常缺乏特異性的臨床表現(xiàn)闻书,其病因也尚不明確,總體預(yù)后較差脑慧,I-II期的5年生存率為45~50%魄眉,晚期則驟降至0~15%[2]。子宮肉瘤組織類型復(fù)雜闷袒,子宮平滑肌肉瘤(uLMS)最為常見(40%~50%)坑律,其次為低級別子宮內(nèi)膜間質(zhì)肉瘤(LGESS)[1],其他罕見亞型亦有十多種囊骤。隨著分子病理學(xué)的研究進(jìn)展晃择,基因檢測方法也被應(yīng)用于子宮肉瘤的評估[1],在診斷也物、預(yù)后和治療中宫屠,具有重要的意義。

子宮肉瘤的診斷和分類

子宮肉瘤常缺乏特異性的臨床表現(xiàn)滑蚯,患者主要表現(xiàn)異常陰道出血浪蹂、盆腔腫塊抵栈、盆腔疼痛等,其病因也尚不明確坤次。影像學(xué)無論是B超古劲、CT、MRI或PET/CT缰猴,都難于在術(shù)前區(qū)分腫瘤的良惡性产艾,許多患者就診時常被診斷為子宮良性疾病,在術(shù)后病理學(xué)檢查時才得以確診為子宮肉瘤滑绒。診斷性刮宮或子宮內(nèi)膜活檢有助于診斷部分子宮內(nèi)膜間質(zhì)肉瘤(ESS)闷堡,但敏感性較差,需要病理學(xué)診斷(形態(tài)學(xué)蹬挤、免疫組織化學(xué)和分子診斷)的輔助[1]缚窿。

WHO子宮肉瘤分類[3]

子宮肉瘤的分子機(jī)制

uLMS是最常見的子宮肉瘤亞型棘幸,占子宮肉瘤的40%~50%焰扳,占所有子宮體惡性腫瘤的1%~2%∥笮患者的癥狀和體征常與子宮平滑肌瘤相似吨悍,術(shù)前難于區(qū)分[1]。子宮平滑肌瘤與uLMS的比例約為800:1[1]蹋嵌,僅組織學(xué)診斷缺乏可靠的預(yù)后育瓜,對于不典型的病例,應(yīng)提倡分子檢測技術(shù)[4]栽烂。uLMS中最常見的為普通型(梭形細(xì)胞型)LMS躏仇,其次為上皮樣LMS,黏液型LMS最為罕見腺办;三者主要通過形態(tài)學(xué)特征和核分裂象數(shù)量進(jìn)行區(qū)分[1]焰手。

前瞻性研究(NCT01775072)納入107例子宮肉瘤患者,包括80例uLMS怀喉、22例高級別非平滑肌肉瘤(HG non-LMS)书妻、4例LGESS和2例惡性潛能未定的平滑肌腫瘤(SMTUMP)。對腫瘤樣本和匹配血液樣本進(jìn)行MSK-IMPACT和MSK-Fusion檢測躬拢。發(fā)現(xiàn)uLMS常見TP53(56%)躲履、RB1(51%)和ATRX(35%)的功能缺失性突變。有5%的患者存在BRCA2純合缺失聊闯,與其他癌癥相比頻率較高工猜,并且僅限于uLMS。PTEN變異在轉(zhuǎn)移性樣本中比在原發(fā)樣本中更為常見(p=0.046)[5]菱蔬。

子宮肉瘤突變圖譜[5]

耶魯大學(xué)牽頭的一項研究納入83個uLMS樣本篷帅,研究提示TP53、MED12、PTEN基因存在熱點(diǎn)突變犹褒,最常見的體細(xì)胞突變基因包括TP53抵窒、ATRX、PTEN和MEN1叠骑。TP53和ATRX突變與生存降低有關(guān)李皇。檢測出多種融合形式,ACTG2-ALK融合具有潛在的靶向性宙枷〉舴浚拷貝數(shù)變異(CNV)分析確定了18.2%(12/66)的樣本存在MYC擴(kuò)增,另有7個拷貝數(shù)擴(kuò)增和29個拷貝數(shù)丟失慰丛。25%(12/48)的新鮮冷凍uLMS具有同源重組修復(fù)缺陷(HRD)特征[6]卓囚。另一項研究通過高通量測序(NGS)分析了509例患者的525個樣本,同源重組DNA損傷修復(fù)(HR-DDR)基因在28.2%的樣本中發(fā)生了突變诅病,最常見的突變基因是ATRX(18.2%)哪亿、BRCA2(4%)和RAD51B(2.6%),在uLMS中的突變頻率最高(35.4%)贤笆,在LGESS中的頻率最低(2.9%)[7]蝇棉。

TP53(左圖)和ATRX(右圖)突變與總生存率(OS)降低有關(guān)[6]

ESS較少見,包括以下兩種類型:LGESS發(fā)病率不足整個子宮惡性腫瘤的1%芥永,是第二常見的子宮間葉源性惡性腫瘤篡殷,僅次于uLMS;高級別子宮內(nèi)膜間質(zhì)肉瘤(HGESS)是極為罕見的高度惡性腫瘤[1]埋涧。約2/3的LGESS出現(xiàn)多個基因的融合板辽,JAZF1-SUZ12融合最常見(>50%),其次是JAZF1-PHF1棘催,EPC1-PHF1劲弦、MEAF6-PHF1融合,MBTD1-CXorf67巧鸭、BRD8-PHF1瓶您、EPC2-PHF1和EPC1-SUZ12也有報道。LGESS相關(guān)融合的熒光原位雜交(FISH)或RNA靶向測序可以用于確診纲仍。HGESS中最為常見的是YWHAE?NUTM2 A/B基因融合呀袱,較為少見的是ZC3H7B-BCOR融合或BCOR 內(nèi)部串聯(lián)重復(fù)(ITD)[8]。

子宮肉瘤各亞型的常見變異[8]

子宮肉瘤的靶向治療

除輔助分型郑叠、預(yù)后之外夜赵,NCCN指南推薦全面的基因組檢測可用于轉(zhuǎn)移性患者尋找泛癌種靶向治療的機(jī)會。針對復(fù)發(fā)乡革、轉(zhuǎn)移寇僧、不可手術(shù)患者摊腋,NTRK基因融合陽性腫瘤可使用TRK抑制劑,ALK易位的IMT可使用ALK抑制劑嘁傀,BRCA(主要為BRCA2)突變的LMS可使用PARP抑制劑等[8]兴蒸。

在前瞻性研究(NCT01775072)中,48例患者(45%)發(fā)現(xiàn)了潛在的可操作突變细办,其中8例(17%)接受了匹配治療橙凳,2例達(dá)到了臨床反應(yīng)。一例患者檢出LBH-ALK融合笑撞,該患者接受了ALK抑制劑克唑替尼治療岛啸,并在30個月以上影像學(xué)病情穩(wěn)定。在具有體細(xì)胞?BRCA2?變異的uLMS患者中茴肥,含PARP抑制劑的治療觀察到持續(xù)的部分緩解[5]坚踩。

子宮肉瘤潛在療效標(biāo)志物[5]

耶魯大學(xué)的研究發(fā)現(xiàn)Copanlisib(PI3K抑制劑)、奧拉帕利(PARP抑制劑)和GS-626510(C-MYC/BET抑制劑)在體內(nèi)抑制 uLMS人源腫瘤組織異種移植模型(PDX)中的細(xì)胞增殖[6]瓤狐。目前瞬铸,奧拉帕利聯(lián)合替莫唑胺治療晚期uLMS的II 期臨床研究(NCT03880019)正在進(jìn)行中,初步數(shù)據(jù)表明芬首,開始治療后六個月內(nèi)的客觀緩解率(ORR)為22.7%[9-10]赴捞。亦有一些個例報道BRCA2基因體系突變的轉(zhuǎn)移性uLMS患者,使用奧拉帕利治療后疾病穩(wěn)定[9][11]郁稍。

子宮肉瘤的檢測方法

由于子宮肉瘤組織類型復(fù)雜,不同類型子宮肉瘤的免疫組織化學(xué)標(biāo)志物之間有交叉表達(dá)胜宇,子宮肉瘤病理診斷規(guī)范指出對于有條件的單位建議開展分子檢測耀怜,F(xiàn)ISH、NGS為主要檢測方法桐愉。對于既往一些未能分類的子宮肉瘤或者新出現(xiàn)的亞型分類财破,需要分子檢測結(jié)果的支持才能診斷[12]。

基于連接依賴性逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)和靶向NGS法(LD-RT-PCR-NGS)从诲,在158個樣本中檢測137個基因的致癌融合轉(zhuǎn)錄本左痢,研究包括1例HGESS、8例LGESS系洛、2例PEComa俊性。與FISH和RT-PCR相比,RNA-seq的一致率達(dá)到98.1%描扯。盡管FISH檢測簡單而穩(wěn)健定页,但一次只能檢測一個融合基因。RT-PCR可以在一次檢測中同時篩選多個融合基因绽诚,但其多重檢測能力仍然受到限制典徊。肉瘤的融合變異多樣杭煎,因此需要進(jìn)行多基因的聯(lián)檢,以便于協(xié)助臨床對患者進(jìn)行預(yù)后評估卒落,并指導(dǎo)臨床治療方案[13]羡铲。

另一項回顧性研究入組42例形態(tài)學(xué)診斷為ESS,但通過FISH檢測儡毕,JAZF1重排陰性(n=22)犀勒,YWHAE重排陰性(n=11)或兩者均陰性(n=9)的患者。使用RNA-seq在31例(74%)FISH陰性樣本中發(fā)現(xiàn)了染色體融合妥曲。RNA-seq對12個病例(29%)重新分類贾费,7例LGESS重分類為HGESS(n=2)、惡性上皮樣腫瘤伴GLI1重排(n=2)檐盟、NCOA融合陽性子宮腫瘤(n=2)或子宮肌瘤(n=1)褂萧,2例HGESS重分類為未分化子宮肉瘤(UUS),3例UUS重分類為HGESS葵萎、NTRK重排的子宮肉瘤和SDUS导犹。RNA-seq可以對子宮肉瘤進(jìn)行重新分類,并指導(dǎo)治療策略[14]羡忘。

表達(dá)譜聚類分析和生存分析[14]

總結(jié)

子宮肉瘤組織類型和分子機(jī)制均較為復(fù)雜谎痢,NGS是主要檢測方法之一。由于子宮肉瘤同時存在復(fù)雜的基因突變卷雕、CNV和基因融合节猿,DNA和RNA水平共檢成為剛需。子宮肉瘤融合基因檢測的難點(diǎn)為未知融合的檢測漫雕,已知融合基因可能位于5’端或3’端滨嘱,融合伴侶眾多,每種融合可能存在多種斷點(diǎn)浸间。采用單側(cè)引物反轉(zhuǎn)錄的方式太雨,在RNA水平上檢測基因融合,可檢未知融合且無需設(shè)計多對引物魁蒜。

飛朔生物的子宮肉瘤基因檢測項目DNA檢測37個基因囊扳,含6個基因的CNV;RNA檢測28個基因共129個常見斷點(diǎn)的已知和未知的融合類型兜看。飛朔致力于為腫瘤個體化精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)檢測提供最具創(chuàng)新性的產(chǎn)品和服務(wù)锥咸,并持續(xù)更新現(xiàn)有產(chǎn)品。


參考文獻(xiàn)

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[12] 子宮肉瘤病理診斷規(guī)范

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[14] Cancers (Basel). 2020 Sep 11;12(9):2604.


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