最近，MapGene2Chrom web v2（http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/）偶有“歇菜”蛀缝，讓我們想簡單的畫畫基因的染色體位置圖都不方便囊咏。在這里入录，小編給 大家介紹一個比較早的軟件Mapchart，來幫助我們解決這一煩惱晒夹。
Mapchart是Windows系統(tǒng)下裆馒，進(jìn)行基因在染色體上定位圖片繪制的工具，主要是針對遺傳連鎖圖和QTL丐怯。區(qū)別于遺傳圖譜中遺傳距離喷好，我們這里直接可以得到基因在染色體上的物理位置信息，也可以利用Mapchart畫圖响逢。
軟件Mapchart
下載地址：
https://www.wur.nl/en/Research-Results/Research-Institutes/plant-research/Biometris-1/Software-Service/Download-MapChart.htm
目前最新版本的Mapchart 2.32绒窑，內(nèi)置6個mct格式案例數(shù)據(jù)。
下載時需進(jìn)行注冊舔亭，提交郵箱信息方便license file文件下載些膨，并將下載的MapChart.lic添加到安裝路徑蟀俊，以免影響軟件使用。
準(zhǔn)備數(shù)據(jù)
整理染色體的名稱订雾、長度信息肢预，以及染色體上需要標(biāo)注的基因的位置信息，只需要填寫基因的起始位置即可洼哎，例如：
注意：
1烫映、每一條染色體都是以“chrom”開始表示（以“group”表示linkage group，注意區(qū)別）噩峦，各成分之間以空格分開即可（不拘多少個空格锭沟，但是為了數(shù)據(jù)顯示美觀，最好保持一致）识补，每一個chrom下的基因都是屬于該對應(yīng)的染色體上的基因族淮；
2、基因之間有先后順序凭涂，嚴(yán)格按照在染色體上的先后順序排列祝辣；
3、各行之間可以有空行切油，如需注釋掉某行內(nèi)容蝙斜，行首輸入半角下的“;”，此行內(nèi)容將不會在圖片中顯示澎胡；
4孕荠、如需添加第二條染色體數(shù)據(jù)，可以直接在數(shù)據(jù)后面添加攻谁，格式同上岛琼。
基礎(chǔ)繪圖
軟件在正常安裝完成后，打開顯示的界面如下圖：
開始繪圖巢株，點擊File->New（下圖A），打開對應(yīng)的繪圖操作界面（下圖B）熙涤，在彈出的操作界面中包括了兩個頁面阁苞，其一是Data，其二為Chart祠挫。Data是進(jìn)行數(shù)據(jù)填寫那槽、調(diào)整修改的窗口、而Chart根據(jù)Data直接顯示圖片等舔。
譬如骚灸，將前面準(zhǔn)備的數(shù)據(jù)直接復(fù)制粘貼到Data中（下圖A），點擊Chart慌植，可以在此頁面查看到最原始的圖片（下圖B）甚牲。注意义郑，如繪制染色體較多，Chart頁面中的圖片可能會有多頁丈钙。
細(xì)節(jié)調(diào)整
在Data頁面中非驮，可以在每行基因信息的后方添加設(shè)置，包括字體類型雏赦、文字大小劫笙、顏色。譬如下圖A中在基因A 后添加的信息：
1星岗、 BIU填大，控制字體類型，B表示加粗俏橘，I表示斜體允华，U表示下劃線，這些可以任意組合敷矫；
2例获、 S30，S控制大小曹仗，30對應(yīng)30pt
3榨汤、 C3，C對應(yīng)顏色怎茫，C3具體是綠色收壕。
此外，還可以對整條染色體區(qū)域顏色進(jìn)行填充轨蛤，譬如在該chrom下填寫“segments”蜜宪， (另起一行)起始位置+顏色控制。各成分之間同樣是以空格分開(上圖A)祥山，之后可以在Chart中查看到染色體圖片細(xì)節(jié)的變化（上圖B)圃验。
同時，通過Tools->chart options等缝呕，設(shè)置圖片其他的一些屬性澳窑，包括整個圖片背景、圖片titile供常、位置等調(diào)整摊聋。
在完成圖片的設(shè)置之后，可以通過Chart ->print栈暇，選中Adobe PDF（需提前安裝此虛擬打印機）麻裁，選擇需要打印的page從而將文件保存成pdf。或者直接Char->copy page煎源，進(jìn)入Ai粘貼即可色迂。
其他
Mapchart的設(shè)置涉及的細(xì)節(jié)處理較多，這些具體設(shè)置方法可以通過軟件內(nèi)置的案例數(shù)據(jù)進(jìn)行學(xué)習(xí)薪夕。軟件內(nèi)置了六套數(shù)據(jù)（可在安裝路徑下Examples文件夾中找到）脚草，通過File->Open可以打開這些數(shù)據(jù)，之后借助每套數(shù)據(jù)的Data和Chart頁面來的理解設(shè)置和圖片顯示具體的對應(yīng)關(guān)系原献，從而去學(xué)習(xí)每一個設(shè)置的概念馏慨。
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