基因是控制植物性狀的關(guān)鍵因子，重測序技術(shù)是將基因和性狀關(guān)聯(lián)的有效方法疏唾，通過構(gòu)建目標物種基因組，利用重測序方法分析性狀關(guān)聯(lián)位點函似，可以將多個種群間的復雜性狀基因調(diào)控梳理清晰槐脏，解決生產(chǎn)相關(guān)的科學問題撇寞《偬欤科學問題的解決最終要落實到生產(chǎn)之中重抖，幫助人類進步和發(fā)展露氮。分子育種技術(shù)可以利用基因組钟沛、重測序等方法得到的數(shù)據(jù)和結(jié)果畔规，對種質(zhì)資源進行鑒定恨统、分類和管理叁扫，對不同基因的遺傳力和不同個體的育種值進行評估畜埋，輔助種業(yè)生產(chǎn)和優(yōu)良品種培育莫绣，讓理論切實落地悠鞍，助力種質(zhì)資源的保護與開發(fā)对室。
1.如何從基因入手對未知品種的樣本進行品種鑒定咖祭？
可以通過將已知品種和未知品種進行測序，獲得大量的SNP位點么翰，通過PCA和隨機森林方法篩選SNP牺汤，并利用交差驗證分析等方法對品種鑒定結(jié)果的準確性進行評估，最終實現(xiàn)高準確率的品種鑒定浩嫌。同時可利用這些數(shù)據(jù)進行群體進化分析补胚。
2.通過GWAS分析得到的位點可以應用于分子育種工作嗎？
GWAS分析可以得到大量的性狀關(guān)聯(lián)位點追迟，這些位點可以直接用來進行育種值估計溶其，輔助育種怔匣，無需重新分析握联。甚至可以直接利用這些位點進行液相芯片的設計每瞒，用于后續(xù)樣本的基因分型。
3.待測品種較多的情況下纯露，如何降低資金投入剿骨？
高深度的重測序方法雖然數(shù)據(jù)產(chǎn)出高、結(jié)果可靠浓利，但對于大量樣本的分子育種工作來說過于昂貴〕伲可以選擇液相芯片技術(shù)和低深度重測序技術(shù)進行基因分型贷掖，可以大幅降低大量樣本的基因分型成本渴语。
4.如果待測品種特別多苹威，如何得到盡可能少的核心位點驾凶？
可以利用CoreHunter方法結(jié)合不同品種的遺傳多樣性牙甫，篩選盡可能包涵全部遺傳信息的核心種質(zhì)调违，再使用這些核心種質(zhì)去篩選核心SNP位點窟哺。
5.若要完成品種鑒定分析需要多少個樣本技肩？
群體個數(shù) 3個及以上且轨，樣本個數(shù) 30 ± /群體（訓練集即已知品種樣本虚婿，跟測試集即未知品種樣本旋奢，比例 8:2）雳锋，其他群體可酌情減少黄绩。
6.如何獲得可以區(qū)分品種的分子標記或者每個品種的“身份證”玷过？
可以對重測序獲得的大量SNP位點進行篩選爽丹，得到可以區(qū)分品種的核心SNP位點，之后可以利用這些SNP位點構(gòu)建每個品種獨有的二維碼粤蝎，可以放到數(shù)據(jù)庫或者報告中真仲，作為區(qū)分不同品種的分子“身份證”。
7.基于重測序技術(shù)進行育種分子標記開發(fā)和品種鑒定需要多少測序深度初澎？
測序深度一般推薦10X，10X深度下可以擁有較高的基因組覆蓋度和位點產(chǎn)出碑宴，如果是超大基因組物種软啼，可以適當降低測序深度來降低成本，可以降低至8X甚至5X延柠，具體深度需要具體評估。
分子育種是種質(zhì)資源保護與利用贞间、BT與IT相結(jié)合的新方法贿条，通過培育新的優(yōu)良品種，保障糧食安全整以、種質(zhì)安全。未來峻仇，諾禾致源將繼續(xù)挖掘新技術(shù)公黑、新方法，幫助育種家創(chuàng)造高質(zhì)量的農(nóng)業(yè)“芯片”帆调，為中國種業(yè)振興貢獻力量！
