主營(yíng)業(yè)務(wù):
1怨酝,python相關(guān)的流程搭建或指導(dǎo)。
批處理數(shù)據(jù)那先,文本文件农猬,python處理Excel文件
fastq格式介紹,文件提取處理等售淡。
生信入門指導(dǎo)
2斤葱,腳本處理
拆分fastq慷垮,數(shù)據(jù)質(zhì)控,過濾揍堕,比對(duì)結(jié)果分析等料身。
3, R語(yǔ)言
R的安裝(有/無root權(quán)限)衩茸,R包的安裝芹血,死磕各種疑難雜癥
--ggplot2畫圖等
--bioconductor包等
--生物統(tǒng)計(jì)類分析(ANOV等)
4,linux系統(tǒng)相關(guān)的
最頭疼的生物信息學(xué)軟件安裝楞慈,數(shù)據(jù)庫(kù)下載等幔烛。
常用linux操作命令(awk,sed囊蓝,grep)使用方法及快捷方式
磁盤管理饿悬,網(wǎng)絡(luò),進(jìn)程慎颗,文件乡恕,系統(tǒng)配置,防火墻等操作俯萎。
熟悉docker 容器化技術(shù)傲宜,熟練鏡像的相關(guān)操作。
了解shell 腳本
系統(tǒng)重裝(windows夫啊,ubuntu函卒,centos),善于解決各種疑難雜癥撇眯。
搭建VPS等(遠(yuǎn)程訪問公司服務(wù)器)
系統(tǒng)的維護(hù)(等)
5报嵌,常用生信軟件介紹,
bwa熊榛,dropEst锚国,indrops,Mixcr玄坦,Bowtie2血筑,samtools,cellranger 等煎楣,詳見本人簡(jiǎn)書筆記豺总。
6,單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析
單細(xì)胞 RNA-Seq:10x Genomics 數(shù)據(jù)分析, 包括聚類cluster择懂,PCA降維喻喳,doublets檢測(cè),UMAP圖困曙,heatmap圖
單細(xì)胞 TCR-Seq:vdj cdr3重構(gòu)表伦。TCR pair 谦去,clonotype
7,常規(guī)的組學(xué)分析
外顯子組WES(GATK pipeline)蹦哼, 轉(zhuǎn)錄組Bulk-RNAseq哪轿,small RNAseq, 全基因組WGS翔怎,
8窃诉,還喜歡折騰軟路由(OpenWrt ),家庭組網(wǎng)等網(wǎng)絡(luò)設(shè)備赤套。
9飘痛,折騰網(wǎng)站開發(fā),采用python+Django+mysql+bootstrap為公司開發(fā)了一個(gè)小工具網(wǎng)容握,寫了好幾個(gè)小工具給實(shí)驗(yàn)同事用宣脉。
免費(fèi)的哦!
生物信息數(shù)據(jù)處理剔氏。
主要目的是熟悉業(yè)務(wù)塑猖,強(qiáng)化個(gè)人能力,促進(jìn)行業(yè)交流谈跛。
使用docker, WDL搭建分析流程等羊苟。
20220630更新:
PS: 雖然是免費(fèi)的,但是希望你也能帶給我一些我不懂的知識(shí)感憾,畢竟術(shù)業(yè)有專攻蜡励。
陸續(xù)有好多人加我,免費(fèi)給寫了好多腳本了阻桅,也感謝那些為知識(shí)付費(fèi)的同學(xué)凉倚。
還有人問有沒有一對(duì)一的入門培訓(xùn),正在設(shè)計(jì)一個(gè)一對(duì)一的生信入門課程嫂沉,給初學(xué)者專門長(zhǎng)期一對(duì)一解答問題稽寒。想?yún)⑴c體驗(yàn)的可以加我,都是免費(fèi)的趟章。
創(chuàng)建于20200801杏糙,后續(xù)完善。