BAM文件中flag的釋義一直很含糊，看了很多官方文檔和博客都解釋得似懂非懂，今天就詳細地了解了一下，首先：
samtools view *.bam | head -10
# 查看bam文件祟峦，每一行代表一條記錄
圖中有兩條記錄，其中第二列即為flag值徙鱼。
這個值是由多個“基本的”flag值相加得來的宅楞，不同的“基本”flag值代表比對的不同性質(zhì)。
基本flag的賦值為2的n次方袱吆，即1厌衙，2，4绞绒，8...等等等婶希，其它任意數(shù)值的flag值都可以由不同且唯一的基本flag值組合得到。如99只能由1+2+32+64得到蓬衡，則flag99的含義則囊括了1喻杈，2，32狰晚，64這四個“基本”flag的含義筒饰。
基本flag的值和對應(yīng)的含義見下表（https://www.samformat.info/sam-format-flag）：
英文的描述過于簡短，我初看也是似懂非懂壁晒，后面會放目前我在苦苦檢索后找到的瓷们，最有助于理解的一些前人總結(jié)。
下面是根據(jù)一個真實的bam文件統(tǒng)計的flag值和該值的總計數(shù)秒咐。統(tǒng)計的代碼為：
samtools view *.bam | awk '{print $2}' | sort | uniq -c
由于基本flag排列組合后得到的flag很多谬晕，這里展示有代表性的一部分，可以發(fā)現(xiàn)83携取，163攒钳，99，147出現(xiàn)的頻次遠多于其他falg值雷滋，事實上不撑，這4個flag值占該bam文件所有記錄的99.2%，可以說是最應(yīng)該熟知的flag值惊豺。
下面是干貨：
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bam文件結(jié)構(gòu)概覽
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不僅告訴你flag值燎孟，還告訴你flag是如何相加的禽作，比短短幾個英文字母的解釋要清楚許多
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個人總結(jié)
