2020.11.19第四次更新，本次更新增加了一個新的scanpy依賴包annoy的安裝方法胧卤。
本教程適用于在新安裝的Linux系統(tǒng)上安裝Scanpy軟件壕鹉。
第一節(jié)：安裝Linux系統(tǒng)
這里使用了WINDOWS10 子系統(tǒng) Ubuntu-18.04 LTS (安裝方法鏈接)
第二節(jié)：安裝Anaconda環(huán)境
第一步：下載Anaconda安裝包 Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64
百度網(wǎng)盤鏈接：https://pan.baidu.com/s/1DjY79SFXXfSvCZrq2X4YwA
提取碼：056x
第二步：cd到Anaconda安裝包的所在目錄（本文是 /mnt/f/Linux），安裝并指定安裝目錄
- 進(jìn)入Linux系統(tǒng)脐供，此時當(dāng)前目錄為/home/wangyue凫佛，注意子系統(tǒng)在盤之間切換需要用cd /mnt/ 命令讲坎， pwd 查看當(dāng)前路徑.
wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ pwd
/home/wangyue
wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ cd /mnt/f
wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:/mnt/f$ cd Linux/
- ls 查看想安裝的當(dāng)前目錄下已下載好的Anaconda.sh文件；
wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:/mnt/f/Linux$ ls
Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh
- 第三步安裝的命令分為5部分：/you/want/to/install是指用戶準(zhǔn)備安裝的絕對路徑
wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:/mnt/f/Linux$ sudo bash Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh -p /you/want/to/install -u
- 在安裝即將完成時愧薛，會有提示詢問是否選擇初始化晨炕，選擇yes，會修改 ~ /.bashrc文件毫炉，并創(chuàng)建conda命令瓮栗。
Do you wish the installer to initialize Anaconda3 by running conda init [yes|no]
>>> yes
全部完成后，提示了 For changes to take effect, close and re-open your current shell.（需要重新打開一個新的終端瞄勾，才會生效）费奸。因此退出終端重新進(jìn)入。
第三節(jié)：配置基于python的單細(xì)胞分析環(huán)境
第一步：建立一個名為scanpy的conda虛擬環(huán)境并進(jìn)入環(huán)境
(base) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda create -n scanpy python=3.6
(base) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda activate scanpy
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$
第二步：添加國內(nèi)鏡像源
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/main
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/free
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/mro
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/msys2
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/pro
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/r
第二步：安裝scanpy的必要依賴包
- numba
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda install -c conda-forge numba
- python-igraph leidenalg
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda install -c conda-forge python-igraph leidenalg
第三步：用pip安裝scanpy
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ pip install scanpy
第四步：安裝scanpy部分?jǐn)U展功能的依賴包
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda install cython
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda install -c conda-forge gcc_impl_linux-64
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda install -c conda-forge python-annoy
至此进陡，scanpy安裝完成愿阐，在之后的分析過程中（比如處理批次效應(yīng)和計算擬時序的時候），可以根據(jù)需求進(jìn)一步安裝其他附加功能的包趾疚。
