本文講述了做生信分析時(shí)一種簡單易行的軟件安裝方式医窿，對于剛接觸生信分析的小小白非常友好仰担。第一部分主要講conda安裝、環(huán)境配置玷氏、使用過程中的基本步驟和方式堵未。第二部分主要講用conda安裝軟件，以ChIP-seq分析（以及cut&run數(shù)據(jù)分析）所需軟件為例盏触，做RNA-seq渗蟹，ATAC-seq等也是適用的。末尾推薦幾篇很實(shí)用的好文赞辩。
”conda“有點(diǎn)兒像windows下的”Microsoft Store“雌芽，手機(jī)中的”應(yīng)用市場“。Linux下安裝軟件往往很麻煩辨嗽，且經(jīng)常遇到bug幾天解決不了膘怕，不適合我們這些小小白們。有了conda召庞，一切都解決了岛心。只要是conda有個(gè)軟件資源庫，里面的軟件都可以安裝篮灼，并且自動(dòng)并你把依賴的包一起解決了忘古。當(dāng)然，現(xiàn)在很多牛人也開始使用這種簡單的方式安裝軟件了诅诱。
安裝conda
安裝conda的流程
打開終端 -> 下載軟件包 -> 安裝髓堪，指定安裝位置 -> 配置鏡像 -> 創(chuàng)建小環(huán)境
- 打開終端：
連接終端的方式挺多的，linux下的bash終端可以直接打開娘荡，windowns的Linux子系統(tǒng)可以通過power shell中輸入”bash“打開干旁，遠(yuǎn)程連接服務(wù)器可以通過各種ssh方法。（關(guān)于這部分配置還挺有意思的炮沐，我會(huì)單獨(dú)寫篇文件介紹）
- 下載軟件包
conda的安裝包的下載鏈接可以從清華大學(xué)開源軟件鏡像站的miniconda區(qū)網(wǎng)頁中找到争群，比如Linux 64位系統(tǒng)，就復(fù)制Linux-x86_64.sh 結(jié)尾的conda包鏈接大年。也可以直接用“l(fā)atest”代替最新的版本號换薄。
打開Linux終端，用系統(tǒng)自帶的wget命令下載miniconda翔试。
mkdir ~/software && cd ~/software/
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
每次打開終端轻要，默認(rèn)所在的位置是當(dāng)前用戶的home目錄，如果要下載到其他目錄垦缅，需要cd那個(gè)文件夾冲泥。(小小白們這時(shí)候要知道什么是~, /home/, cd, ls, wget, *.sh, 那就問問度娘吧)
- 安裝，指定安裝位置
安裝下載好的conda軟件包:
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一路回車，yes下去吧凡恍。如果想把conda安裝到指定目錄幸冻，當(dāng)系統(tǒng)問你想把conda安裝到哪個(gè)時(shí)，直接輸入路徑即可咳焚。
press ENTER ENTER ENTER ... and "yes"
press ENTER to install conda at __[/home/x/miniconda3] __
Do you wish the installer to initialize Miniconda3 by running conda init? [yes|no] ---> yes
測試一下conda是否安裝好，激活conda庞溜，調(diào)出conda 幫助信息：
source ~/.bashrc
conda --help
- 配置鏡像
因?yàn)樵趪鴥?nèi)革半，從conda默認(rèn)的軟件源下載速度簡直是蝸牛。所以需要把國內(nèi)的軟件資源加到conda的配置中流码。一般就用清華的鏡像（其實(shí)就是把鏈接地址寫到某個(gè)指定的文本中的過程）又官。之前從網(wǎng)上找到過很多條鏡像地址，但是都已經(jīng)失效了漫试，不用求多六敬，這三條足夠用了。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
- 創(chuàng)建小環(huán)境
conda裝好了驾荣，必須創(chuàng)建小環(huán)境才能用外构。小環(huán)境是什么？打個(gè)比喻吧：我有個(gè)書桌（conda）播掷，我在上面放了個(gè)盒子（小環(huán)境）审编，里面放的是常用文具（小環(huán)境中安裝的軟件）；我又放了個(gè)盒子（另一個(gè)小環(huán)境）歧匈，專門放畫畫用的筆和顏料（另一個(gè)小環(huán)境中的軟件）垒酬。 其實(shí)，對于我這種新手一個(gè)小環(huán)境就夠用了件炉。
除非特殊需求勘究，本著喜新厭舊的原則，直接上python3環(huán)境斟冕】诟猓“y”確認(rèn)創(chuàng)建。
conda create -n seqpy3 python=3
“seqpy3”是我給新建的小環(huán)境的命名磕蛇，可以隨意寫喜歡的名字走净。
使用conda 安裝分析軟件的流程
激活小環(huán)境 -> 安裝需要的軟件 -> 退出小環(huán)境
打開盒子（小環(huán)境），往里面裝東西(軟件）吧孤里， 以ChIP-seq為例伏伯，裝幾個(gè)必須的分析軟件（本文第二部分詳解）
- 激活小環(huán)境
這個(gè)命令使用頻率相當(dāng)高，每次安裝和使用軟件時(shí)都要用到·
source activate seqpy3
- 安裝需要的軟件
conda list # 列出安裝了的軟件
conda search 軟件名 # 搜索資源中的軟件
conda install 軟件名 # 安裝軟件
- 退出小環(huán)境
source deactivate
使用分析軟件的流程
激活小環(huán)境 -> 使用分析軟件
每次使用分析軟件之前捌袜，必須先激活小環(huán)境才能用其中安裝過的軟件说搅。
使用conda安裝生信分析軟件
常用分析軟件通用安裝
source activate seqpy3 # 先激活小環(huán)境
conda install fastqc multiqc trim-galore bowtie2 samtools macs2 deeptools picard sra-tools -y
conda install sra-tools -y
conda install bwa -y
conda install gatk -y
"fastqc"， "multiqc“虏等，”trim-galore"等等都是軟件名弄唧，中間以空格隔開适肠，就可以一次安裝好幾個(gè)軟件。如果安裝時(shí)出現(xiàn)錯(cuò)誤候引，或者不知道庫中是否有這個(gè)軟件侯养，請使用conda list 軟件名來確認(rèn)名字是否寫對了。
-y 可有可無澄干，代表“yes”逛揩。安裝過程中系統(tǒng)會(huì)多次向你確認(rèn)是否安裝這個(gè)軟件及相關(guān)依賴的包。小白當(dāng)然是選”yes”麸俘，這樣就不用一直守在屏幕前了辩稽。
其他軟件安裝
-
bigWigToWig
cd ~/software wget ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigToWig chmod 777 bigWigToWig
bigWigToWig像是Windows下的一款免安裝軟件，下載下來就可以直接用了从媚，所以我直接把它wget下載到“~/software”這個(gè)文件夾下逞泄，以后直接調(diào)用就行了。切記拜效！記住下載的位置喷众。
chmod不知道為什么，這個(gè)軟件必須改了權(quán)限才能用紧憾∥旮梗“777”指所有者，用戶組用戶稻励，其他組用戶都可以對此進(jìn)行讀父阻、寫、執(zhí)行望抽。
-
GATK4
GATK4, not GATK3加矛。run as
gatk, not gatk4conda install gatk4 -y -
homer
defult install at ~/.conda/envs/seqpy3/bin/homerconda install homer -yhomer的運(yùn)行需要其本身的參考數(shù)據(jù)庫支持，并且會(huì)保存到默認(rèn)目錄煤篙，比如：
~/.conda/envs/seqpy3/share/homer-4.9.1-5/下載后的數(shù)據(jù)保存至默認(rèn)目錄的子目錄下:
~/.conda/envs/seqpy3/share/homer-4.9.1-5/data/genomes/hg19/舉個(gè)例子：
perl ~/.conda/envs/seqpy3/share/homer-4.9.1-5/configureHomer.pl -install hg19 perl ~/.conda/envs/seqpy3/share/homer-4.9.1-5/configureHomer.pl -install hg38
安裝工具
axel加速器
axel是一款多線程的下載器斟览，相比wget單線程的方式，更快辑奈。prefetch不工作時(shí)苛茂，我會(huì)拿axel來代替。
apt-get install axel
相關(guān)參考
清華鏡像幫助文檔：清華大學(xué)開源軟件
跟著視頻學(xué)軟件安裝是個(gè)非常好的方式：【生信技能樹】生信人應(yīng)該這樣安裝軟件
這兩篇講得很詳細(xì)：conda管理生信軟件一文就夠
萬一哪天放棄了鸠窗，請參考卸載部分：linux安裝或卸載miniconda
如果你不知道傳統(tǒng)安裝和conda安裝的區(qū)別妓羊，可以看看這篇軟件安裝的部分：生信軟件 | bowtie2（測序序列與參考序列比對）
