BioAider V1.423新版來襲 + 基因突變棒棒糖圖

轉(zhuǎn)眼又臨近畢業(yè)季馋吗,離別是總會(huì)到來的焕盟,但也可以選擇留下點(diǎn)什么,如題宏粤。

考慮到大家都非常忙脚翘,有的甚至還在熬夜寫基金,為此我也長(zhǎng)話短說绍哎。

對(duì)于做序列分析的同學(xué)來說来农,每年這個(gè)時(shí)候總是忙得焦頭爛額。為了減輕我們的負(fù)擔(dān)崇堰,這段時(shí)間筆者趕出了一個(gè)基于GUI界面的小功能——基因突變棒棒糖圖(當(dāng)然沃于,會(huì)編程的同學(xué)可能不需要特別關(guān)注)。

一、 在正式介紹這個(gè)功能之前

偷偷告訴大家揽涮,新版BioAider又美化了界面抠藕,支持多種主題風(fēng)格(感謝前人的QSS美化輪子),可自由切換蒋困,總體原則是:“我的程序你做主”盾似,先上圖:

MacOS主題
Light Red主題

對(duì)于經(jīng)常熬夜的同學(xué)來說,來福利了雪标,這些主題零院,總有一款適合你:

總結(jié)就是,隨心情而定村刨,可自由切換:

當(dāng)然告抄,可能大家也發(fā)現(xiàn)了,新版本BioAider也保留了之前版本的界面風(fēng)格主題嵌牺,可以切換為“BioAider Nostalgic”(懷舊版)打洼。


二、BioAider快速畫基因突變棒棒糖圖

什么是基因突變棒棒糖圖逆粹,簡(jiǎn)單地說就是展示序列中突變位點(diǎn)和突變頻率的一種相對(duì)高效方式募疮,如下(來自幾分鐘前BioAider快速繪制,通過指定閾值僻弹,只顯示突變頻率大于10%的標(biāo)簽):

這部分功能對(duì)應(yīng)的軟件界面和參數(shù)如下:

截圖為基因突變-晴天超級(jí)棒棒糖畫圖功能阿浓,在Macos主題模式下


參數(shù)設(shè)置面板

這部分界面采用一種新的展示方式,在控件上的設(shè)定提示語(yǔ)為中文(以前是英文)蹋绽,方便大家使用芭毙。

更加重要的是,對(duì)于上面的那一堆參數(shù)卸耘,BioAider支持從數(shù)據(jù)中采集臨近值(通過輸入框旁邊的collect按鈕)退敦,這樣后期中需要對(duì)其中幾個(gè)參數(shù)微調(diào)就能很快出想要的圖(PDF格式,便于后期修改和美化)鹊奖。

當(dāng)然苛聘,演示的是多個(gè)基因,單基因也是可以(所有基因名稱一樣)忠聚,甚至你用來畫基因結(jié)構(gòu)(隨便設(shè)置突變信息)也許设哗。

準(zhǔn)備數(shù)據(jù)非常簡(jiǎn)單,有且只有6列两蟀,示例如下:

只要你不改表頭的名稱(列名)网梢,其他可自行DIY。? ?

然后復(fù)制上面的信息(有且只有6列)赂毯,粘貼到.txt里战虏,拖到BioAider里拣宰,先采集才參數(shù),然后微調(diào)烦感,即可很快出圖(如前所見)巡社。

請(qǐng)注意:在Type列標(biāo)記為Strat或者End的位點(diǎn),作圖時(shí)不會(huì)畫棒棒糖手趣,只會(huì)標(biāo)記位點(diǎn)晌该,可用來確定基因的起始位點(diǎn)。

又比如數(shù)據(jù)可以是氨基酸突變位點(diǎn)绿渣,然后在Type那列只填用來標(biāo)記基因起始和結(jié)束的Start及End朝群,突變類型的標(biāo)記只用一種(名稱隨意,但都相同)中符,這樣可以標(biāo)記氨基酸突變位點(diǎn)和頻率姜胖。

總之,提供了非常大的DIY空間淀散。

三右莱、其他

另外,基于幾個(gè)成熟的python包吧凉,順便做了個(gè)快速畫散點(diǎn)隧出,箱型和小提琴圖的GUI界面,當(dāng)然阀捅,能做這些事的GUI界面程序很多,所以不重點(diǎn)介紹针余,只放幾張圖:

這部分參數(shù)界面

散點(diǎn)圖饲鄙、箱線圖、小提琴圖


四圆雁、最后和最重要的

上圖說的最新版忍级,官網(wǎng)已經(jīng)更新(BioAider V1.423):https://github.com/ZhijianZhou01/BioAider/releases

精美界面和棒棒糖已經(jīng)為你準(zhǔn)備好,快來領(lǐng)取吧伪朽。

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