分享一篇2022年3月發(fā)表在《Oxidative Medicine and Cellular Longevity》上的研究文章挂疆。
題目：The Prognostic Value and Immunological Role of STEAP1 in Pan-Cancer: A Result of Data-Based Analysis
第一作者：趙晨、熊可為
通訊作者：李祥攀
發(fā)文單位:
1.武漢大學(xué)人民醫(yī)院腫瘤科
2.華中師范大學(xué)數(shù)學(xué)與統(tǒng)計(jì)學(xué)學(xué)院
3.山東大學(xué)齊魯醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生學(xué)院
DOI：10.1155/2022/8297011
這是一篇主要基于TCGA的單基因泛癌純生信文章醋安，探討了STEAP1在泛癌中的表達(dá)差異刁憋、預(yù)后差異滥嘴、臨床病理相關(guān)性、突變特征至耻、免疫浸潤(rùn)相關(guān)性若皱、分子共表達(dá)與生物功能以及藥物關(guān)聯(lián)性（下面只展示部分結(jié)果）。
圖1. 分析框架
臨床病理和預(yù)后特征
作者首先對(duì)STEAP1在癌旁和腫瘤組織中的表達(dá)進(jìn)行了差異分析尘颓，結(jié)果顯示STEAP1在乳腺癌走触、食管癌、頭頸部鱗癌疤苹、腎嫌色細(xì)胞癌互广、腎透明細(xì)胞癌、非小細(xì)胞肺癌等多種癌癥中具有統(tǒng)計(jì)顯著性（圖2）卧土。
圖2. 表達(dá)差異分析
圖3. 預(yù)后分析
遺傳與分子特征
利用cBioPortal數(shù)據(jù)庫(kù)統(tǒng)計(jì)了STEAP1在泛癌中的突變頻率和突變類(lèi)型逸吵，結(jié)果表明在食管腺癌中的突變頻率最高凶硅，并且以擴(kuò)增為主(圖4)。
圖4. 突變特征
利用TISIDB數(shù)據(jù)庫(kù)分析了STEAP1在不同癌癥分子表型的表達(dá)差異（Kruskal-Wallis檢驗(yàn)）扫皱。
共表達(dá)及功能富集分析
作者利用Harmonizome數(shù)據(jù)庫(kù)篩選了與STEAP1共表達(dá)的top-100基因足绅，并在TCGA隊(duì)列中進(jìn)行了驗(yàn)證，同時(shí)基于這些基因利用“clusterProfiler”包進(jìn)行了GO和KEGG功能富集分析韩脑，結(jié)果顯示基因主要富集在Hippo氢妈、PI3K/Akt、EGFR等明星通路（圖5）段多。
圖5.功能富集分析
腫瘤免疫微環(huán)境分析
作者利用了TIMER和TISIDB兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)分析了STEAP1與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)程度首量、HLA、趨化因子和受體的相關(guān)性进苍；基于ESTIMATE算法評(píng)估了STEAP1與腫瘤純度的相關(guān)性加缘，另外還分析了腫瘤突變負(fù)荷(TMB)、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)和干細(xì)胞指數(shù)(mRNAss觉啊、DNAss)的相關(guān)性（圖6-7）拣宏。
圖6.STEAP1與免疫得分相關(guān)性
圖7. 腫瘤標(biāo)志物相關(guān)性
藥物相關(guān)性分析
利用了CellMiner數(shù)據(jù)庫(kù)分析了藥物敏感性(IC50)和STEAP1的表達(dá)相關(guān)性，結(jié)果顯示STEAP1與MEK杠人、MET勋乾、ERK、RTK和RAF等抑制劑呈顯著正相關(guān)嗡善，同時(shí)利用了DGIdb文庫(kù)分析了STEAP1與多種藥物的得分關(guān)聯(lián)性（圖8）辑莫。
圖8. 藥物相關(guān)性分析
總結(jié)
STEAP1在泛癌中具有異常表達(dá)，這種變化主要與腎上腺皮質(zhì)癌罩引、乳腺癌摆昧、膠質(zhì)瘤、腎細(xì)胞癌蜒程、肺癌绅你、前列腺癌、甲狀腺癌和子宮內(nèi)膜癌的臨床病理特征和預(yù)后緊密相關(guān)昭躺。此外忌锯，DNA甲基化、TME领炫、TMB偶垮、MSI和腫瘤干細(xì)胞對(duì)STEAP1在腫瘤中的異常表達(dá)有影響。總的來(lái)說(shuō)似舵，STEAP1可作為多種癌癥的預(yù)后因子和免疫靶向治療的潛在靶標(biāo)脚猾。
