前言
ORCA 4.2是一款強大的計算工具螟蝙,能夠處理從分子能量計算到光譜模擬等多種任務(wù)葡秒。本指南將為您提供詳細的操作步驟斯入,幫助您快速上手ORCA 4.2肌索,確保計算任務(wù)的順利執(zhí)行蕉拢。
請確保您已準備好分子結(jié)構(gòu)文件,接下來诚亚,我們將一起探索如何高效使用ORCA 4.2程序晕换。
01ORCA 4.2概述
ORCA 4.2是一個先進的量子化學計算程序,它能夠執(zhí)行多種計算任務(wù)站宗,包括計算分子的單點能闸准、進行幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化、預測分子的振動頻率梢灭,以及模擬電子圓二色譜(ECD)和紫外光譜(UV)夷家、核磁共振(NMR)蒸其、紅外(IR)和拉曼光譜。
02操作步驟
2.1進入【量化計算(ORCA 4.2)】
2.2上傳分子結(jié)構(gòu)文件
上傳具有良好3D結(jié)構(gòu)的分子文件库快,支持mol摸袁、mol2、pdb义屏、sdf和sd格式靠汁。
2.3設(shè)置凈電荷、自旋多重度和選擇溶劑模型
在進行量子化學計算時闽铐,需要為所有分子統(tǒng)一設(shè)置凈電荷蝶怔、自旋多重度和溶劑模型這三個參數(shù),因為它們對所有分子都同樣適用兄墅。
上傳進行計算的分子結(jié)構(gòu)必須具有相同的電荷和自旋多重度踢星,如果分子的性質(zhì)不同,比如電荷或自旋狀態(tài)不同隙咸,或者需要考慮不同的溶劑效應(yīng)斩狱,那么應(yīng)該分別為這些分子建立獨立的計算任務(wù)。
自旋多重度等于單電子數(shù)加1扎瓶,對于大多數(shù)有機化合物來說所踊,由于它們通常是閉殼層結(jié)構(gòu),自旋多重度為1概荷,但在自由基秕岛、三線態(tài)氧和激發(fā)態(tài)等特殊情況下,自旋多重度會大于1误证。
溶劑模型是一個預設(shè)項继薛,只有當指定了具體的溶劑時,計算中才會考慮溶劑效應(yīng)
2.4設(shè)置計算步驟
添加計算步驟愈捅,并為每個步驟選擇相應(yīng)的作業(yè)類型遏考、理論水平和溶劑環(huán)境。
這些步驟將按照從上到下的順序依次執(zhí)行蓝谨,并且所有的計算結(jié)果會被保存在同一個文件中灌具,方便您進行查看和分析。
如果您在溶劑選項中留空譬巫,那么計算將在氣相環(huán)境中進行咖楣,即不考慮溶劑效應(yīng)。
2.5添加高級配置
對于某些特定的計算任務(wù)芦昔,如ECD/UV和Raman光譜計算诱贿,除了基本的凈電荷、自旋多重度和溶劑模型設(shè)置外,還需要進行額外的配置珠十。您可以通過點擊“高級配置”欄的【添加】按鈕料扰,在彈出的對話框中根據(jù)提示進行設(shè)置。
例如焙蹭,在進行ECD/UV計算時晒杈,需要選擇激發(fā)態(tài)的數(shù)目,這會影響圖譜覆蓋的波長范圍和計算所需的時間壳嚎,數(shù)目越多,覆蓋范圍越廣末早,計算量也越大烟馅,軟件默認設(shè)置為30個激發(fā)態(tài)。
同樣然磷,在進行Raman光譜計算時郑趁,需要指定入射光的波長,如532 nm姿搜,如果需要使用其他波長寡润,平臺提供了選擇或填寫的功能。
2.6點擊【確認】舅柜,提交任務(wù)
03關(guān)于付費
3.1當您的可用余額低于100元時梭纹,需要充值后才能提交任務(wù)
本計算服務(wù)采用后付費模式,即您在使用服務(wù)后致份,根據(jù)每個分子的實際計算時間來支付費用变抽,因此可先計算一個構(gòu)象分子的費用,并通過用戶中心的費用賬單查看實際費用氮块,以此估算需要計算的構(gòu)象分子總數(shù)和預計的總費用绍载。
3.2若充值后的余額大于實際費用,可在計算完成后滔蝉,通過用戶中心的提現(xiàn)管理退回余額
3.3若充值后的余額小于實際費用击儡,系統(tǒng)會發(fā)出欠費通知
為防止因欠費導致正在進行的計算任務(wù)被終止,請在欠費超出延停額度前及時充值蝠引。您可以通過用戶中心首頁查看當前的延停額度阳谍。及時充值不僅能避免任務(wù)中斷,還能確保計算過程的連續(xù)性螃概。
默認的通知方式是短信边坤,但您也可以通過消息提醒設(shè)置其他通知方式,以便及時收到余額預警和欠費通知谅年。