陳巍學(xué)基因視頻學(xué)習(xí)筆記--視頻9：small RNA-seq

前期筆記

陳巍學(xué)基因視頻學(xué)習(xí)筆記--視頻1：Illumina測(cè)序化學(xué)原理
陳巍學(xué)基因視頻學(xué)習(xí)筆記--視頻7：RNA-seq方法和應(yīng)用
陳巍學(xué)基因視頻學(xué)習(xí)筆記--視頻8：外顯子測(cè)序

第一部分：small RNA-seq建庫(kù)測(cè)序方法

1. small RNA

microRNA司蔬，tRNA塘雳，piRNA等席函，microRNA數(shù)量眾多磨德，表達(dá)量變化豐富彤路。

2. 建庫(kù)

image.png

small RNA的結(jié)構(gòu)上是5'有一個(gè)磷酸基團(tuán)谈宛，3'有一個(gè)羥基基團(tuán)昂芜。分別在兩端連接上相應(yīng)的接頭介褥，逆轉(zhuǎn)錄得到第一鏈cDNA已慢，PCR擴(kuò)增之后得到雙鏈cDNA文庫(kù)曲聂；電泳分離，切膠回收后得到small RNA文庫(kù)佑惠。
image.png

3. RIN值需要在8.5以上

1ug 總RNA可進(jìn)行一個(gè)反應(yīng)朋腋，要求總RNA的RIN值在8.5以上齐疙。

第二部分：small RNA-seq的數(shù)據(jù)分析

1. 過(guò)濾序列

過(guò)濾引物二聚體及N序列

2. 統(tǒng)計(jì)各種長(zhǎng)度的small RNA數(shù)量

image.png

3. 比對(duì)到參考基因組

4. 與已知的small數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)

5. small RNA的表達(dá)量：TPM

image.png

6. 表達(dá)差異等等

microRNA通過(guò)和mRNA結(jié)合，從而阻止翻譯成蛋白旭咽，從而抑制靶基因表達(dá)贞奋。

7. 發(fā)現(xiàn)新的microRNA

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
  • 人面猴
    序言：七十年代末，一起剝皮案震驚了整個(gè)濱河市穷绵，隨后出現(xiàn)的幾起案子轿塔，更是在濱河造成了極大的恐慌，老刑警劉巖仲墨，帶你破解...
    沈念sama閱讀 216,372評(píng)論 6贊 498
  • 死咒
    序言：濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件勾缭，死亡現(xiàn)場(chǎng)離奇詭異，居然都是意外死亡目养，警方通過(guò)查閱死者的電腦和手機(jī)俩由，發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 92,368評(píng)論 3贊 392
  • 救了他兩次的神仙讓他今天三更去死
    文/潘曉璐 我一進(jìn)店門(mén)，熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來(lái)癌蚁，“玉大人幻梯，你說(shuō)我怎么就攤上這事∨停” “怎么了碘梢？”我有些...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 162,415評(píng)論 0贊 353
  • 道士緝兇錄：失蹤的賣(mài)姜人
    文/不壞的土叔 我叫張陵，是天一觀的道長(zhǎng)伐蒂。 經(jīng)常有香客問(wèn)我煞躬，道長(zhǎng)，這世上最難降的妖魔是什么饿自？ 我笑而不...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 58,157評(píng)論 1贊 292
  • ?港島之戀（遺憾婚禮）
    正文 為了忘掉前任汰翠，我火速辦了婚禮，結(jié)果婚禮上昭雌，老公的妹妹穿的比我還像新娘。我一直安慰自己健田，他們只是感情好烛卧，可當(dāng)我...
    茶點(diǎn)故事閱讀 67,171評(píng)論 6贊 388
  • 惡毒庶女頂嫁案：這布局不是一般人想出來(lái)的
    文/花漫 我一把揭開(kāi)白布。 她就那樣靜靜地躺著妓局，像睡著了一般总放。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上好爬，一...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 51,125評(píng)論 1贊 297
  • 城市分裂傳說(shuō)
    那天局雄，我揣著相機(jī)與錄音，去河邊找鬼存炮。 笑死炬搭，一個(gè)胖子當(dāng)著我的面吹牛蜈漓，可吹牛的內(nèi)容都是我干的。 我是一名探鬼主播宫盔，決...
    沈念sama閱讀 40,028評(píng)論 3贊 417
  • 雙鴛鴦連環(huán)套：你想象不到人心有多黑
    文/蒼蘭香墨 我猛地睜開(kāi)眼融虽，長(zhǎng)吁一口氣：“原來(lái)是場(chǎng)噩夢(mèng)啊……” “哼！你這毒婦竟也來(lái)了灼芭？” 一聲冷哼從身側(cè)響起有额，我...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 38,887評(píng)論 0贊 274
  • 萬(wàn)榮殺人案實(shí)錄
    序言：老撾萬(wàn)榮一對(duì)情侶失蹤，失蹤者是張志新（化名）和其女友劉穎彼绷，沒(méi)想到半個(gè)月后巍佑，有當(dāng)?shù)厝嗽跇?shù)林里發(fā)現(xiàn)了一具尸體，經(jīng)...
    沈念sama閱讀 45,310評(píng)論 1贊 310
  • ?護(hù)林員之死
    正文 獨(dú)居荒郊野嶺守林人離奇死亡寄悯，尸身上長(zhǎng)有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點(diǎn)故事閱讀 37,533評(píng)論 2贊 332
  • ?白月光啟示錄
    正文 我和宋清朗相戀三年萤衰，在試婚紗的時(shí)候發(fā)現(xiàn)自己被綠了。 大學(xué)時(shí)的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片热某。...
    茶點(diǎn)故事閱讀 39,690評(píng)論 1贊 348
  • 活死人
    序言：一個(gè)原本活蹦亂跳的男人離奇死亡腻菇，死狀恐怖，靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出昔馋，到底是詐尸還是另有隱情筹吐，我是刑警寧澤，帶...
    沈念sama閱讀 35,411評(píng)論 5贊 343
  • ?日本核電站爆炸內(nèi)幕
    正文 年R本政府宣布秘遏，位于F島的核電站丘薛，受9級(jí)特大地震影響，放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏邦危。R本人自食惡果不足惜洋侨，卻給世界環(huán)境...
    茶點(diǎn)故事閱讀 41,004評(píng)論 3贊 325
  • 男人毒藥：我在死后第九天來(lái)索命
    文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望倦蚪。 院中可真熱鬧希坚，春花似錦、人聲如沸陵且。這莊子的主人今日做“春日...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 31,659評(píng)論 0贊 22
  • 一樁弒父案，背后竟有這般陰謀
    文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽(yáng)慕购。三九已至聊疲，卻和暖如春，著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間沪悲，已是汗流浹背获洲。 一陣腳步聲響...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 32,812評(píng)論 1贊 268
  • 情欲美人皮
    我被黑心中介騙來(lái)泰國(guó)打工， 沒(méi)想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留殿如，地道東北人贡珊。 一個(gè)月前我還...
    沈念sama閱讀 47,693評(píng)論 2贊 368
  • 代替公主和親
    正文 我出身青樓最爬，卻偏偏與公主長(zhǎng)得像，于是被迫代替她去往敵國(guó)和親飞崖。 傳聞我的和親對(duì)象是個(gè)殘疾皇子烂叔，可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點(diǎn)故事閱讀 44,577評(píng)論 2贊 353

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容