問題一：各區(qū)域注釋之和大于變異總數(shù)？
snpEff的結(jié)果很簡單肌似，但常常遇到如下問題费就。
我的SNP總數(shù)：
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但是，注釋的exon川队、intron和intergenic之和2,278,570就已經(jīng)大于了總SNP數(shù)力细。
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我大概能知道是什么原因。一個snp會落在多個基因上固额，所以既有可能落在exon眠蚂，又有可能落在intron區(qū)，最后會大于總snp斗躏。同樣逝慧，一個gene有多個轉(zhuǎn)錄本也會出現(xiàn)這樣的情況。如果是Indel或者其他結(jié)構(gòu)變異，這種情況更加可能發(fā)生了笛臣。
關(guān)鍵是栅干，我看一些高水平文章的統(tǒng)計中，往往注釋各區(qū)域之和少于或等于總的snp數(shù)捐祠，如：
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他們是如何處理碱鳞，怎樣才能得到這樣的結(jié)果呢？snpEff結(jié)果文檔沒說踱蛀，網(wǎng)上也無解窿给。有人用最佳transcript，但還是會出現(xiàn)這種情況率拒。
number of functions is more than namber of variants in snpEff's output
問題二：注釋Region出現(xiàn)Gene和transcript等區(qū)域崩泡？
在一些注釋結(jié)果中，特別是大的結(jié)構(gòu)變異中猬膨，常常還會出現(xiàn)gene角撞、transcript之類的變異統(tǒng)計，有些則沒有勃痴。按說有exon谒所，應(yīng)該都會落在gene，為什么gene時有時無沛申。這如何理解劣领？
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同樣，該問題snpEff文檔中也沒有詳細解釋铁材。
希望有大佬指點一二尖淘。
