分析單細(xì)胞分析主流軟件R有seurat（降維聚類）媳谁，Python有scanpy
聚類后的自動注釋軟件主要是Scibet,SingleR
腫瘤細(xì)胞cnv分析包括inferCNV，copyKAT等
軟件安裝自然使用conda更簡單直接：
wget "https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh"
chmod 777 Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh
查看已經(jīng)安裝過的鏡像源
conda config --show
#刪除對應(yīng)源的鏡像地址
conda config --remove channels url地址
#設(shè)置搜索時顯示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
#確認(rèn)是否安裝鏡像源成功
conda config --show#找到對應(yīng)的channels代表安裝成功
#conda查看所有已經(jīng)創(chuàng)建的環(huán)境
conda info --envs
#創(chuàng)建r4-base的環(huán)境胆建，這個環(huán)境名可以隨意設(shè)置，R4.1.0也是可以的
conda create -n singlecell
#激活r4-base的環(huán)境肘交，每次打開之后如果要加載安裝的R都要激活一次環(huán)境
source activate singlecell
#安裝r-base
conda install -c conda-forge r-base
#退出當(dāng)前環(huán)境
conda deactivate
#conda安裝R軟件
conda install r-ggplot2
安裝seurat
Conda install -c conda-forge r-seurat
安裝scibet
#進(jìn)入R：
#安裝依賴包：
install.packages("Rcpp")
install.packages("RcppEigen")
install.packages("ggsci")
install.packages("viridis")
install.packages("tidyverse")
#安裝scibet:
if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("PaulingLiu/scibet")
#如果缺devtools包笆载，可以退出R，conda安裝
conda install r-devtools
或者安裝依賴包
conda install r-gert
conda install r-usethis
再進(jìn)行安裝：
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
install.packages("devtools")
library(devtools)
安裝ingleR
conda create -n singleR -c conda-forge r-base=4.1.2 -y
conda activate singleR
conda install -c conda-forge r-seurat=4.1.0 -y
conda install -c conda-forge r-irkernel=1.3 -y
conda install -c conda-forge r-biocmanager=1.30.16 -y
conda install -c conda-forge r-viridis=0.6.2 -y
conda install -c conda-forge r-pheatmap=1.0.12 -y
進(jìn)入R：
BiocManager::install("SingleR")
#安裝不成功可退出R，使用conda 安裝
conda install r-singler
BiocManager::install("celldex")
IRkernel::installspec(name='singleR', displayname='r-singleR')
安裝singleR的同時可直接加載或者下載其自帶的7個數(shù)據(jù)庫
BlueprintEncodeData Labels（人）
HumanPrimaryCellAtlasData Labels（人）
DatabaseImmuneCellExpressionData Labels（人）
NovershternHematopoieticData Labels（人）
MonacoImmuneData Labels（人）
ImmGenData Labels(鼠)
MouseRNAseqData Labels（鼠）
聯(lián)網(wǎng)下載不同數(shù)據(jù)庫文件的代碼是：
library(SingleR)
cg=BlueprintEncodeData()
cg=DatabaseImmuneCellExpressionData()
cg=NovershternHematopoieticData()
cg=MonacoImmuneData()
cg=ImmGenData()
cg=MouseRNAseqData()
cg=HumanPrimaryCellAtlasData()
#下載完成后的使用方法：
cg=celldex::MouseRNAseqData
其他R包安裝：
當(dāng)使用install.packages("devtools")報錯無包的時候都可以嘗試
BiocManager::install("scater")
安裝stringr包
install.packages("stringr", configure.args="--disable-pkg-config")
安裝的時候注意看提示：
···
package(s) not installed when version(s) same as or greater than current; use
force = TRUE to re-install: 'scater'
BiocManager::install("scater",force = TRUE)
···
BiocManager::install("scRNAseq",force = TRUE)
BiocManager::install("ensembldb",force = TRUE)
BiocManager::install("rtracklayer",force = TRUE,ask=F,update=F)
