除了GWAS Catalog温兼,還可以用CAUSALdb數(shù)據(jù)庫做GWAS

要查詢以往的 GWAS 研究結(jié)果,可以使用 GWAS Catalog武契。GWAS Catalog 包含的信息非常多募判,不過有時(shí)可能滿足不了需要。介紹一個(gè)叫 CAUSALdb 的數(shù)據(jù)庫(made in China)咒唆!

CAUSALdb(http://mulinlab.tmu.edu.cn/causaldb/index.html)是一個(gè)整合了大量人類 GWAS 摘要統(tǒng)計(jì)信息届垫,并通過統(tǒng)一處理進(jìn)行 fine-mapping 識(shí)別因果變異的數(shù)據(jù)庫。

CAUSALdb 包含 3,000多個(gè) GWAS 公共數(shù)據(jù)全释,并且該數(shù)量也在不斷更新中装处。

它使用了PAINTOR、CAVIARBF 和 FINEMAP 三個(gè)最新的fine-mapping工具浸船,估算 GWAS 候選位點(diǎn)中所有遺傳變異的因果概率妄迁。這些結(jié)果,可以在交互式網(wǎng)頁中查看李命。

網(wǎng)站的查詢非常方便登淘,可以輸入 SNP 的 rs編號(hào)、基因名字封字、表型或者位置信息黔州。


圖1?CAUSALdb數(shù)據(jù)庫的界面

比如,輸入 CEBPB基因進(jìn)行查詢阔籽,可以看到以往 GWAS 文獻(xiàn)報(bào)道過與這個(gè)基因有關(guān)的表型和相關(guān) SNP 的 causal probability:


圖2 CEBPB基因的查詢結(jié)果

繼續(xù)下拉點(diǎn)擊其中一個(gè)表型的研究流妻,可以看到更多信息,包括 QQ Plot笆制、Manhattan Plot合冀、LD Block Plot、Table of causal variants项贺、Annotation:



這個(gè)數(shù)據(jù)庫使用起來非常方便君躺,數(shù)據(jù)也可以下載。如果需要挑選 causal SNPs开缎,不妨試試這個(gè)數(shù)據(jù)庫棕叫,看看其他研究的結(jié)果,說不定會(huì)有意外發(fā)現(xiàn)奕删。







參考:https://www.cnblogs.com/shiyanhe/p/13261866.html


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