目的是重復上圖懒鉴。
背景知識
氟尿嘧啶：5-氟尿嘧啶在體內(nèi)轉(zhuǎn)化成氟脫氧尿嘧啶（ FdUMP ）是dUMP的類似物临谱，與胸苷酸合酶發(fā)生不可逆的結合悉默，抑制其活性。另外5-FU還可以轉(zhuǎn)化成5-氟尿嘧啶核苷整合進RNA或者DNA，阻礙蛋白質(zhì)的合成或者RNA發(fā)揮作用剖膳。
MSI （microsatellite instability）是微衛(wèi)星不穩(wěn)定
MMR（mismatch repair）是指基因錯配修復功能
人類錯配修復基因（MMR基因）經(jīng)轉(zhuǎn)錄翻譯后可表達相應的錯配修復蛋白，如果任一MMR蛋白表達缺失可造成細胞的錯配修復功能缺陷沦童，則對DNA復制過程中的堿基錯配喪失修復功能而造成累積，導致微衛(wèi)星不穩(wěn)定（MSI）的發(fā)生驼壶，約15% 的結直腸癌是經(jīng)由MSI途徑引發(fā)的热凹。MSI分為高度不穩(wěn)定（MSI-H）泪电、低度不穩(wěn)定（MSI-L）和穩(wěn)定（MS-S）相速；MMR分為錯配修復功能缺陷（dMMR）和錯配修復功能完整（pMMR）苫拍。dMMR等同于微衛(wèi)星高度不穩(wěn)定（MSI-H）攒霹， pMMR則等同于微衛(wèi)星低度不穩(wěn)定（MSI-L）或微衛(wèi)星穩(wěn)定（MSS）催束。
step1 下載數(shù)據(jù)
進入GDSC數(shù)據(jù)庫（鏈接)，進入下載界面塔淤，下載所需文件：
- Annotated list of Cell lines 所有的細胞系注釋信息 文件名：Cell_Lines_Details
- log(IC50) and AUC values 所有細胞系和藥物組合的IC50和AUC值（Natural log half maximal inhibitory concentration (IC50) and Area under the dose-response curve (AUCs) values）文件名：v17.3_fitted_dose_response
- RMA normalised expression data for Cell lines 細胞系的基因表達數(shù)據(jù)（基因ID是ENSMBL) 壓縮包
step2 整理數(shù)據(jù)
根據(jù)細胞系注釋信息在EXCEL中篩選出CRC細胞系，并將其分開成MSS和MSI
根據(jù)細胞系與藥物的數(shù)據(jù)篩選出5-FU處理的細胞系
根據(jù)細胞系基因表達數(shù)據(jù)整理出目標基因的表達數(shù)據(jù)
每個數(shù)據(jù)都有帶identifier便于后續(xù)數(shù)據(jù)間的合并
step3 合并數(shù)據(jù)（R語言）
setwd("D:\\GDSC")
crc=read.table("CRC.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
fu=read.table("celllines-5-fu.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
total=merge(crc,fu,by='CELL_LINE_NAME')
write.table( t, file="t.txt",sep="\t",quote=F,row.names=F)
t=read.table("t.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
MSS=read.table("MSS.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
MSI=read.table("MSI.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
exp=read.table("exp.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
TET2=read.table("TET2.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
MSITET2=merge(MSI,TET2,by='identifier')
write.table( MSITET2, file="MSITET2.txt",sep="\t",quote=F,row.names=F)
MSSTET2=merge(MSS,TET2,by='identifier')
write.table( MSSTET2, file="MSSTET2.txt",sep="\t",quote=F,row.names=F)
step4 作圖（Graphpad)
利用graphpad繪制基因與IC50的散點圖罕容，并做線性擬合备恤，計算相關系數(shù)（pearson）
參考文獻：
Ou J, Peng Y, Yang W, et al. ABHD5 blunts the sensitivity of colorectal cancer to fluorouracil via promoting autophagic uracil yield[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 1078.
