1.5構(gòu)建支原體index并比對

blast確定轉(zhuǎn)錄組污染為Mycoplasma yeatsii GM274B
1.尋找基因組
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Mycoplasma+yeatsii

查詢結(jié)果

2.下載基因組和注釋


fna和gff

3.轉(zhuǎn)換gff為gtf
使用cufflinks里面gffread

gffread GCF_000875755.1_ASM87575v1_genomic.gff -T -o 274.gtf

4.構(gòu)建index

./hisat2-build -p 4 -f ../GM274B/274.fna ../GM274B/genome

GTF沒有用上...


生成index

5.比對

hisat2 -t -x ../GM274B/genome -1 ../../chem/12h/R19000256LR01-12h_combined_R1.fastq.gz -2 ../../chem/12h/R19000256LR01-12h_combined_R2.fastq.gz -S ../../../lins/aligned/12h274.sam
對比結(jié)果

果然36.21%的是支原體=智末。=

參考

GTF/GFF文件的差異及其相互轉(zhuǎn)換http://www.reibang.com/p/48b5a0972301

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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