doi： 10.1186 / s13046-019-1254-4
背景
發(fā)現(xiàn)部分上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化（p-EMT）在人頭頸部鱗狀細(xì)胞癌（HNSCC）轉(zhuǎn)移的初始階段起潛在作用焰络。據(jù)報(bào)道，一些長(zhǎng)的非編碼RNA（lncRNA）可以作為癌癥轉(zhuǎn)移的啟動(dòng)子或抑制劑。這項(xiàng)研究旨在鑒定HNSCC中與p-EMT相關(guān)的lncRNA决左。
方法
使用“ edgeR”軟件包构捡，篩選出獲自癌癥基因組圖譜（TCGA）的HNSCC中差異表達(dá)的lncRNA（DE-lncRNA）和mRNA（DEG）。使用“ limma”軟件包篩選了口腔鱗狀細(xì)胞癌（OSCC）lncRNA微陣列數(shù)據(jù)集GSE84805中的DE-lncRNA 她我。通過(guò)Pearson相關(guān)分析（Searson相關(guān)系數(shù)|≥0.4，p?<0.01）（基于TCGA）迫横。使用“生存”軟件包對(duì)重疊的DE-lncRNA進(jìn)行生存分析番舆。GO和KEGG）途徑富集分析用于預(yù)測(cè)MYOSLID的潛在功能。RT-qPCR和原位雜交（ISH）用于探討MYOSLID在HNSCC標(biāo)本中的表達(dá)及其臨床意義矾踱。免疫組織化學(xué)染色恨狈，siRNA，傷口愈合測(cè)定呛讲，transwell測(cè)定和western印跡用于探索生物學(xué)功能和潛在的分子機(jī)制禾怠。
結(jié)果
MYOSLID被鑒定為Slug相關(guān)的lncRNA，在9個(gè)重疊的DE-lncRNA中具有預(yù)后價(jià)值贝搁。GO和KEGG分析表明吗氏，MYOSLID與調(diào)節(jié)癌癥轉(zhuǎn)移的重要生物學(xué)過(guò)程和途徑密切相關(guān)±啄妫基于TCGA和HNSCC組織微陣列數(shù)據(jù)的單因素和多因素Cox回歸分析結(jié)果表明弦讽，MYOSLID是獨(dú)立的預(yù)后因素。HNSCC中的MYOSLID表達(dá)與Slug膀哲，PDPN和LAMB3密切相關(guān)往产。與對(duì)照細(xì)胞相比，在OSCC細(xì)胞系中MYOSLID的敲低顯著抑制了細(xì)胞的遷移和侵襲等太。另外捂齐，敲低MYOSLID顯著降低了Slug，PDPN和LAMB3表達(dá)水平缩抡。但是奠宜，敲低MYOSLID對(duì)EMT生物標(biāo)志物E-cadherin和Vimentin的表達(dá)水平?jīng)]有影響。
結(jié)論
我們的研究表明瞻想，MYOSLID表達(dá)與HNSCC中的p-EMT程序密切相關(guān)压真，它可能是侵襲性HNSCC的新預(yù)測(cè)生物標(biāo)志物。
利用TCGA和GEO數(shù)據(jù)庫(kù)整合的數(shù)據(jù)分析差異表達(dá)的lncRNA
通過(guò)生物信息學(xué)分析進(jìn)行MYOSLID篩選和目標(biāo)基因預(yù)測(cè)蘑险。TCGA的HNSCC中DE-lncRNA和DEG的火山圖滴肿。b來(lái)自GEO的HNSCC中DE-lncRNA和DEG的火山圖。c TCGA佃迄，GEO和與Slug相關(guān)的DE-lncRNA共有的DE-lncRNA和DEG的維恩圖泼差。d根據(jù)TCGA數(shù)據(jù)對(duì)MYOSLID進(jìn)行預(yù)后分析贵少。通過(guò)基于TCGA數(shù)據(jù)計(jì)算Pearson相關(guān)系數(shù)來(lái)執(zhí)行e - g目標(biāo)基因預(yù)測(cè)
GO和KEGG分析
基于TCGA數(shù)據(jù)的MYOSLID相關(guān)mRNA的GO和KEGG途徑富集分析。a和b富集的GO項(xiàng)圖MYOSLID相關(guān)mRNA的富集分析堆缘。Y軸表示豐富的GO項(xiàng)滔灶；X軸（a）代表以GO術(shù)語(yǔ)富集的MYOSLID相關(guān)mRNA的量；X軸（b）代表以GO術(shù)語(yǔ)富集的MYOSLID相關(guān)mRNA的比例吼肥。b录平，c和d KEGG途徑的圖KEGG途徑對(duì)MYOSLID相關(guān)mRNA的富集分析。Y軸代表路徑缀皱；X軸（c）代表KEGG途徑中豐富的MYOSLID相關(guān)mRNA的量斗这；X軸（d）代表在KEGG途徑中富集的MYOSLID相關(guān)mRNA的比例。每個(gè)氣泡的顏色和大小分別表示富集意義和GO術(shù)語(yǔ)或途徑中富集的MYOSLID相關(guān)mRNA的數(shù)量啤斗。p ?<0.05用作選擇GO和KEGG項(xiàng)的閾值表箭。GO，基因本體論争占；KEGG燃逻，《京都基因與基因組百科全書》
MYOSLID在新鮮OSCC組織標(biāo)本和OSCC細(xì)胞系中的表達(dá)
在OSCC標(biāo)本和細(xì)胞系中MYOSLID表達(dá)的驗(yàn)證序目。一個(gè)MYOSLID表達(dá)在15個(gè)成對(duì)OSCC組織和相鄰的正常粘膜RT-qPCR的驗(yàn)證; 使用簡(jiǎn)單的t檢驗(yàn)來(lái)檢驗(yàn)兩組之間差異的顯著性臂痕，p ?<0.05。b在HNSCC基因芯片檢測(cè)中MYOSLID表達(dá)的生存分析猿涨，p ?<0.05握童。c MYOSLID在4個(gè)OSCC細(xì)胞系中的表達(dá)。d靶向MYOSLID序列的siRNA序列叛赚。e沉默MYOSLID對(duì)p-EMT相關(guān)標(biāo)志物mRNA表達(dá)水平的影響澡绩。?F -摹4種OSCC細(xì)胞系中的經(jīng)典EMT標(biāo)記物和p-EMT標(biāo)記物蛋白水平。siRNA-1指MYOSLID-homo-96俺附，而siRNA-2指MYOSLID-homo-323
評(píng)價(jià)人類HNSCC組織微陣列中MYOSLID表達(dá)的臨床意義
MYOSLID和p-EMT調(diào)節(jié)劑在人HNSCC組織微陣列中的表達(dá)及其臨床意義肥卡。ah OSCC和DYS組織中MYOSLID ISH和Slug，PDPN事镣，LAMB3 IHC的代表性圖像（上圖：放大倍數(shù)×100步鉴，下圖：放大倍數(shù)×400）。IL MYOSLID璃哟，蛞蝓氛琢，PDPN的Histoscore和在OSCC組織LAMB3和DYS基。進(jìn)行t檢驗(yàn)以發(fā)現(xiàn)顯著差異随闪。P ?<0.05被認(rèn)為是顯著的阳似。?OSCC組的?MYOSLID（t = 3.271 ，p <0.0014）和PDPN（t = 4.866铐伴，p <0.0001）的表達(dá)明顯高于DYS組撮奏。mp進(jìn)行單向方差分析以確定在不同階段MYOSLID俏讹，Slug，PDPN和LAMB3表達(dá)的差異畜吊。結(jié)果表明藐石，MYOSLID表達(dá)與臨床晚期有關(guān)（F = 6.701，p ?= 0.002）定拟。qs計(jì)算皮爾遜相關(guān)系數(shù)以確定MYOSLID于微，Slug，PDPN和LAMB3之間的相關(guān)性青自。p ?<0.05被認(rèn)為是顯著的
MYOSLID對(duì)OSCC細(xì)胞系侵襲和轉(zhuǎn)移的影響株依。
一個(gè)MYOSLID對(duì)Cal27的細(xì)胞遷移，如通過(guò)傷口愈合測(cè)定法來(lái)確定延窜。在0恋腕、24、48小時(shí)分別放大2個(gè)siRNA組和陰性對(duì)照組的傷口愈合檢測(cè)圖像（放大倍數(shù)逆瑞，×10）荠藤。條形圖表示每組3次實(shí)驗(yàn)重復(fù)的平均治愈率。b通過(guò)transwell分析確定MYOSLID對(duì)細(xì)胞侵襲的影響获高。siRNA組和陰性對(duì)照組的代表圖像在48小時(shí)后拍攝（放大倍數(shù)哈肖，×20）。條形圖表示通過(guò)涂有Matrigel涂層的過(guò)濾器的平均細(xì)胞數(shù)念秧。每組進(jìn)行三個(gè)重復(fù)的實(shí)驗(yàn)淤井。C蛋白質(zhì)印跡結(jié)果表明，敲低Cal27細(xì)胞系中的MYOSLID會(huì)導(dǎo)致p-EMT相關(guān)標(biāo)記Slug摊趾，PDPN和LAMB3蛋白水平顯著下調(diào)币狠，但經(jīng)典EMT相關(guān)標(biāo)記E-鈣粘蛋白和波形蛋白的蛋白水平保持不變±悖“ *”表示有兩個(gè)樣本的t檢驗(yàn)表明具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義漩绵。p ?<0.05被認(rèn)為具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。結(jié)果表示為平均值±SEM（n ?= 3）肛炮。siRNA-1指MYOSLID-homo-96止吐，而siRNA-2指MYOSLID-homo-323
