思維導圖
![]()
day7-測序知識.png
推薦學習視頻：陳巍學基因
測序的過程和原理
使用fastqc進行質(zhì)量分析
測序發(fā)展歷史
測序的類型
一代測序 sanger法
二代測序Illumina
邊合成邊測序（sequence by synthesis, SBS）：用不同顏色的熒光標記四種不同的dNTP，當DNA聚合酶合成互補鏈時次伶，每添加一種dNTP就會釋放出不同的熒光篙议，根據(jù)捕捉的熒光信號并經(jīng)過特定的計算機軟件處理览祖，從而獲得待測DNA的序列信息蜡感。
過程：DNA文庫構(gòu)建礁遣，簇的生成——橋式PCR了嚎，測序萎津，數(shù)據(jù)產(chǎn)出
三代測序：Pacific Biosciences公司的SMRT技術(shù)和Oxford Nanopore Technologies公司的納米孔單分子技術(shù)
單分子實時DNA測序。DNA測序時递宅，不需要經(jīng)過PCR擴增娘香，實現(xiàn)了對每一條DNA分子的單獨測序
測序數(shù)據(jù)的格式
Fastq格式：
一種基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其測序質(zhì)量信息的標準格式,一般都包含有4行办龄。
第一行：由‘@’開始烘绽，后面跟著序列ID和可選的描述，序列ID是唯一的俐填；
第二行：堿基序列安接；
第三行：由‘+’開始，后面是序列的描述信息英融；
第四行：第二行序列的質(zhì)量評價(quality value)盏檐。
Fasta格式：
1：以“>”為開頭，fasta格式標志驶悟。
2：序列ID號胡野，gi號，NCBI數(shù)據(jù)庫的標識符痕鳍，具有唯一性硫豆。
格式為：gi|gi號|來源標志|序列標志（接收號、名稱等）额获，若某項缺失可以留空够庙，“|”保留恭应。
3：序列描述抄邀。
4：堿基序列，序列中允許空格昼榛、換行境肾、空行剔难，一般一行60個。
一些名詞
1.基因組學（核酸序列分析）
（1）全基因組測序（WGS）
（2）全外顯子組測序（WES）
（3）簡化基因組測序（RRGS）
①RAD-Seq
②GBS
③2bRAD
④ddGBS（也就是ddRAD）
作用：
（1）基因組作圖（遺傳圖譜奥喻、物理圖譜偶宫、轉(zhuǎn)錄本圖譜）
（2）核苷酸序列分析
（3）基因定位
（4）基因功能分析
其它：
以全基因組測序為目標的結(jié)構(gòu)基因組學
以基因功能鑒定為目標的功能基因組學
2.轉(zhuǎn)錄組學（基因表達分析）
1）mRNA-Seq
（2）IncRNA-Seq（長鏈非編碼RNA）
（3）sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）
作用：
（1）獲得物種或者組織的轉(zhuǎn)錄本信息
（2）得到轉(zhuǎn)錄本上基因的相關(guān)信息，如基因結(jié)構(gòu)功能等
（3）發(fā)現(xiàn)新的基因
（4）基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化
（5）發(fā)現(xiàn)可變剪切
（6）發(fā)現(xiàn)基因融合
（7）基因表達差異分析
3.蛋白質(zhì)組學
（1）蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)處理环鲤、蛋白及其修飾鑒定
（2）構(gòu)建蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫纯趋、相關(guān)軟件的開發(fā)和應用
（3）蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能預測
（4）蛋白質(zhì)連鎖圖
4.代謝組學
（1）代謝物指紋分析
（2）代謝輪廓分析
