之前小編已經(jīng)給大家推薦過幾個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫：PanglaoDB、CancerSEA...
這次阿弃，一次性推薦兩大單細(xì)胞經(jīng)典數(shù)據(jù)庫：scRNASeqDB和SCPortalen诊霹。
scRNASeqDB：第一個(gè)人類單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫
這個(gè)數(shù)據(jù)庫是由美國的研究人員開發(fā)的，包含了目前幾乎所有可用的人類單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集（n=38）渣淳，覆蓋200個(gè)人類細(xì)胞系或細(xì)胞類型和13440個(gè)樣本畅哑。
scRNASeqDB能做什么？
用戶可根據(jù)基因或細(xì)胞類型搜索基因表達(dá)的信息水由，同時(shí)scRNASeqDB還提供可查詢和可視化工具，包括基因赛蔫、細(xì)胞類型或群體間差異表達(dá)基因的注釋信息砂客，另外用戶還可以通過Dataset View功能瀏覽數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)信息。
按基因名稱搜索
用基因名稱或ID搜索呵恢，得到目標(biāo)基因在各數(shù)據(jù)集中的表達(dá)情況鞠值，點(diǎn)擊gene view按鈕，即可查看基因的一般信息渗钉、表達(dá)的熱圖/盒形圖及列表彤恶、與目標(biāo)基因最相關(guān)的100個(gè)基因的功能注釋。
按細(xì)胞類型搜索
用細(xì)胞類型搜索鳄橘，得到細(xì)胞類型相關(guān)的數(shù)據(jù)集列表声离，點(diǎn)擊細(xì)胞類型名稱進(jìn)入Cell view，用戶可以查看查詢的Cell類型中排序的基因以及該特定Cell類型中兩個(gè)基因之間的關(guān)系瘫怜。
Browse
用戶可使用Browse功能通過Dataset View查詢數(shù)據(jù)集的全面描述信息术徊，通過歸因和降維聚類的方法用于基于數(shù)據(jù)集構(gòu)建細(xì)胞簇。同時(shí)鲸湃，顯示數(shù)據(jù)集中兩個(gè)細(xì)胞類型之間差異表達(dá)基因的列表以及差異表達(dá)基因的GO和KEGG注釋赠涮。
SCPortalen：以人類和小鼠為中心的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫
這個(gè)數(shù)據(jù)庫是由日本的研究人員開發(fā)的，涵蓋了人類和小鼠單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)全面的元數(shù)據(jù)和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)以及細(xì)胞圖像信息暗挑。
SCPortalen能做什么笋除？
通過SCPortalen的web界面，用戶可以輕松地搜索炸裆、瀏覽和下載感興趣的單細(xì)胞數(shù)據(jù)集垃它。
SCPortalen數(shù)據(jù)庫功能示例
用戶可通過細(xì)胞圖像數(shù)據(jù)集和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集兩個(gè)模式使用SCPortalen數(shù)據(jù)庫，以轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集模式為例，點(diǎn)擊進(jìn)入轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集頁面嗤瞎，可以了解數(shù)據(jù)集的基本信息墙歪，數(shù)據(jù)保存地址，下載PCA贝奇，t-SNE等圖片信息虹菲，還可以搜索某個(gè)基因表達(dá)的FPKM值。
以上兩大數(shù)據(jù)庫中收錄了目前已發(fā)表的單細(xì)胞數(shù)據(jù)信息掉瞳，大家可以下載這些數(shù)據(jù)自行分析毕源，或利用數(shù)據(jù)庫自帶的工具查詢驗(yàn)證自己的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。??
scRNASeqDB訪問地址：https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/.
SCPortalen訪問地址：http://single-cell.clst.riken.jp/.
首發(fā)公號：國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺(tái)
參考文獻(xiàn)
[1] Cao Y, Zhu J, Jia P, et al. scRNASeqDB: a database for RNA-Seq based gene expression profiles in human single cells[J]. Genes, 2017, 8(12): 368.
[2]?Abugessaisa I, Noguchi S, B?ttcher M, et al. SCPortalen: human and mouse single-cell centric database[J]. Nucleic acids research, 2018, 46(D1): D781-D787.
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