最近這段時(shí)間一直在開(kāi)發(fā)small RNA的標(biāo)準(zhǔn)分析流程送巡，先Mark一下局齿，隨后填坑！
到了填坑的時(shí)候了：
Small RNA在測(cè)序分析的時(shí)候兩個(gè)關(guān)鍵點(diǎn)分別是：
- miRNA 的鑒定员辩；
- 目標(biāo)靶基因的預(yù)測(cè)
今天先討論 miRNA 的鑒定撞鹉，也分為兩種情況：1. 已知 miRNA的鑒定；2. 新miRNA的鑒定余黎。
miRNA由前體發(fā)育為成熟體其過(guò)程是經(jīng)過(guò) Dicer 酶剪切完成的重窟，酶切位點(diǎn)的特異性也使得 miRNA 成熟體序列首位對(duì)堿基 U (T) 有很強(qiáng)的偏好性。
另外其他的位點(diǎn)也有一些統(tǒng)計(jì)惧财，如：2~4 號(hào)位一般缺少 U巡扇，第 10 號(hào)位偏向于 A (第 10 號(hào)位一般是 miRNA 對(duì)其靶基因發(fā)生剪切作用時(shí)的剪切位點(diǎn))。
另外酶切位點(diǎn)以及其他一些因素影響下最終的 miRNA 成熟體序列一般兩端會(huì)有不同程度的堿基增添或者缺失可缚，這種現(xiàn)象在 3`端比較普遍些霎迫，因此在計(jì)算 miRNA 表達(dá)的策略上這些因素都應(yīng)該考慮。
miRNA 鑒定的整體思路是依靠與本物種 miRBase 數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)的結(jié)果來(lái)進(jìn)行分析的帘靡，綜合前體和成熟體兩方面比對(duì)情況得到該物種 miRNA 的表達(dá)情況知给。
我們?cè)O(shè)置的策略如下：
- 序列能夠以無(wú)錯(cuò)配的方式完全比對(duì)到前體序列；
- 在上述條件下的基礎(chǔ)上序列與成熟體比對(duì)允許錯(cuò)位描姚，但至少存在 16 個(gè)堿基的覆蓋涩赢，覆蓋部分（overlanp）無(wú)錯(cuò)配。
滿足這兩個(gè)條件的序列的表達(dá)量之和算作該 miRNA 的表達(dá)量轩勘，針對(duì)這部分序列會(huì)對(duì)其首位堿基偏好性做出統(tǒng)計(jì)學(xué)驗(yàn)證筒扒。
