用snpEff注釋snp艰山,第一步建庫問題

步驟 一(自己先安裝snpeff軟件,這里不講)

## 編輯config文件 到snpEff文件夾

echo "# my own genome, version xxxx(es2024拷邢,這個是我的版本)

es2024.genome : es2024

" >> snpEff.config

步驟 二? 準(zhǔn)備建庫的數(shù)據(jù)文件? ?基因組fa 注釋gtf

這里跟其他人分享的差不多漂洋,自己去查


步驟 三每界,建庫

xxxxx@xxxxx:~/miniconda3/pkgs/snpeff-5.2-hdfd78af_1/share/snpeff-5.2-1$ java -jar snpEff.jar build -gtf22 -v es2024(數(shù)據(jù)文件沒問題的前提捷泞,運行這個肯定或報錯)

重新運行下面這個声搁。這就解決了黑竞。

xxxxx@xxxxx:~/miniconda3/pkgs/snpeff-5.2-hdfd78af_1/share/snpeff-5.2-1$?java -jar snpEff.jar build -gtf22 -v es2024?-noCheckCds -noCheckProtein

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