發(fā)簡信
IP屬地：上海
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A4: 蛋白質(zhì)組搜庫--安裝空郊，建庫，搜庫裁僧，整合因篇，分析
搜庫前準備 搜庫前應(yīng)重裝系統(tǒng)辩尊，清空不必要的東西，可在服務(wù)器A4, A5重裝win7 PE版本（自帶U深度PE裝機工具）;安裝完后需要激活一下wi...
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Gfold安裝:Error while loading shared libraries: libgsl.so.0: cannot object file: No such fileopen s...
conda 下安裝gfold 解決： gfold 依賴于gsl庫磕仅，先確認好已安裝好gsl相關(guān)軟件家妆，which gsl查找一下鸵荠； 查找到已安裝過g...
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SRA各種下載
conda安裝aspera, 下載 在Linux下可以實現(xiàn)一鍵自動產(chǎn)生下載鏈接，輸入文件為sra.txt(里面僅放SRR號伤极，一行一個)， 給出命...
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gatk AnalyzeCovariates 報錯Error in readRDS(pfile)gatk4.2.5版本中g(shù)atk AnalyzeCovariates在使用時若報錯： 則代表姨伤，你的gatk沒有在有R的環(huán)境下運行哨坪， 解決 環(huán)境布...
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STAR 2-pass, picard 到gatk的使用
!!!對 RNA-seq 產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進行變異檢測分析，與常規(guī)重測序的主要區(qū)別就在序列比對這一步乍楚，因為 RNA-seq 的數(shù)據(jù)是來自轉(zhuǎn)錄本的当编，比對...
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snpEff注釋vcf前構(gòu)建庫的Error ：CDS check file cds.fa' not found. Protein check file not found. Database c...
conda activate java12 #進入還有java高版本的conda所屬環(huán)境snpEff #啟動 snpEff 構(gòu)建小鼠的數(shù)據(jù)庫 先...
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非root用戶在conda下安裝SnpEff(報錯：Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/...
snpeff可以用于snp 和indel 文件的拆分，也可以用于注釋這倆文件徒溪。 conda下載snpeff conda activate py...
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基因組版本轉(zhuǎn)換：Liftover
方法一：ENSEMBL 網(wǎng)頁版 輸出文件示例（前三列是猩猩基因組上的序列忿偷，最后一列是與之相對應(yīng)人的基因組序列）：.ENSEMBL 網(wǎng)頁版金顿，鏈接：...
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轉(zhuǎn)錄本預(yù)測編碼區(qū)：在transcript中找CDS區(qū)
RNA-Seq數(shù)據(jù)組裝得到的轉(zhuǎn)錄本具有編碼蛋白質(zhì)的能力。預(yù)測編碼區(qū)對于確定轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物在細胞中的分子作用至關(guān)重要!!! 通過Cufflinks或St...