CGenFF網(wǎng)站現(xiàn)已提供python3版本的charmm2gmx腳本洋措，下載鏈接如下：
——2019.10.16. 更新——
CGenFF程序可以直接生成Charmm力場的分子拓?fù)湮募褂幂^為復(fù)雜救恨，特此記錄一下缀匕。
使用流程
制作CGenFF專屬.str文件
制作.mol2格式的坐標(biāo)文件纳决，氫原子也包含在內(nèi)。不推薦使用MS軟件乡小，其產(chǎn)生的.mol2文件在程序中會出現(xiàn)警告阔加。GView產(chǎn)生的.mol2文件需刪除兩個(gè)空行，必要的話可以進(jìn)行sed -i 's/Ar/ar' *.mol2修改大小寫满钟。其他軟件詳見FAQ胜榔。
在CGenFF網(wǎng)站上傳.mol2文件，此處有三個(gè)復(fù)選框：
- Guess bond orders from connectivity
- Include parameters that are already in CGenFF
- Use CGenFF legacy v1.0
一般情況下都不用選湃番。選項(xiàng)意義如字面所言夭织。選項(xiàng)一重新判斷鍵價(jià)，有一定概率出錯(cuò)牵辣，如果時(shí)用于其他軟件的拓?fù)渌ぱⅲ挥眠x擇。選項(xiàng)二會將原力場中已包含的信息一并列出纬向，在后續(xù)格式轉(zhuǎn)換的過程中可能會出現(xiàn)重復(fù)择浊。
.str文件中會有一個(gè)penalty值，該值小于10表明結(jié)果較好逾条，在10到50之間則說明需要進(jìn)行一定的驗(yàn)證琢岩，大于50則需要更廣泛的驗(yàn)證。
轉(zhuǎn)換為Gromacs格式
格式轉(zhuǎn)換需要用到cgenff_charmm2gmx.py师脂，同時(shí)預(yù)先下載好Gromacs的Charmm力場文件担孔。
運(yùn)行改程序的命令為：
python cegnff_charmm2gmx.py RESNAME drug.mol2 drug.str charmm36.ff
python應(yīng)該使用2.*版本
RESNAME為殘基名稱江锨，在.str文件中見"XXX 0.000!"字段中的XXX
drug.mol2為.mol2文件
drug.str為.str文件
charmm36為力場文件夾的名稱，此處力場版本最好與CGenFF程序中的保持一致糕篇，常用為4.0版本
其他事項(xiàng)
.mol2文件基本格式
@<TRIPOS>MOLECULE
殘基名稱
原子個(gè)數(shù) 鍵數(shù) 殘基數(shù)
type: SMALL BIOPOLMER PROTEIN NULEIC_ACID SACCHARIDE
charges: NO_CHARGES MMFF94_CHARGES USER_CHARGES GSDTELIGER等
@<TRIPOS>ATOM
原子信息
@<TRIPOS>BOND
成鍵信息
...
常見錯(cuò)誤
Q：轉(zhuǎn)換格式時(shí)出現(xiàn)錯(cuò)誤："Error in atomgroup.py: read_mol2_coor_only: no. of atoms in mol2 (%d) and top (%d) are unequal"
A：通常由于.mol2文件與.str文件中的殘基名稱不一致導(dǎo)致啄育。
