【R>>e1071】tune.svm亞型預(yù)測

疾病亞型預(yù)測中常用NTP方法，今天發(fā)現(xiàn)一位大神用svm預(yù)測亞型豌注，并且在附件中還加入了代碼伤塌，下面就來圍觀下吧。


發(fā)表雜志：Frontiers in Oncology
PMID：34222009

在原文中作者這樣說：



接下來是附件中作者的代碼：（為便于學(xué)習(xí)轧铁，直接插入代碼塊吧）

library(e1071)
tObj = tune.svm(scale(t(TCGA.sigGenes.exp)),factor(TCGA.cluster),
                probability = TRUE,
                cost=c(0.001,0.01,0.1,1,5,10,100,1000), scale=F)
geo.cluster = predict(tObj$best.model,scale(t(GEO.sigGenes.exp)))

Supplemenatary files

參考鏈接：
Comprehensive Landscape of Ovarian Cancer Immune Microenvironment Based on Integrated Multi-Omics Analysis

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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