GFF3格式
發(fā)表于<time class="entry-date" datetime="2013-05-22T22:22:12+00:00">2013 年 5 月 22 日</time>
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GFF3的官方介紹：Generic Feature Format Version 3 （GFF3）
1. GFF3文件格式描述
GFF3格式文件為文本文件，分為9列线得，以TAB分開∧伎瘢控制符使用 RFC 3986 Percent-Encoding 編碼办素。比如：%20 代表著ASCII的空格性穿。
9列文件依次是：
1. seqid：參考序列的id雷滚。該id的取名不能以’>’開頭，不能包含空格祈远。
2. source ：注釋的來源。如果未知桑嘶，則用點（.）代替。一般指明產(chǎn)生此gff3文件的軟件或方法逃顶。
3. type ：屬性的類型充甚。建議使用符合SO慣例的名稱（sequence ontology，參看[[Sequence Ontology Project]]) ,如gene伴找，repeat_region，exon抖誉，CDS等衰倦。
4. start position ：屬性對應(yīng)片段的起點。從1開始計數(shù)樊零。
5. end position ：屬性對應(yīng)片段的終點。一般比起點的數(shù)值要大夺艰。
6. score ：得分，對于一些可以量化的屬性郁副，可以在此設(shè)置一個數(shù)值以表示程度的不同厢蒜。如果為空烹植，用點（.）代替愕贡。
7. strand ：“＋”表示正鏈，“－”表示負鏈墩虹，“.”表示不需要指定正負鏈。
8. phase ：步進诫钓。對于編碼蛋白質(zhì)的CDS來說篙螟，本列指定下一個密碼子開始的位置”槁裕可以是0，1或2下愈，表示到達下一個密碼子需要跳過的堿基個數(shù)。
對于其它屬性势似，則用點（.）代替僧著。
9. attributes ：屬性
一個包含眾多屬性的列表。格式為“標(biāo)簽＝值”（tag=value）搓逾。不同屬性之間以分號相隔。可以存在空格世蔗，不過若有“,=;”則用URL轉(zhuǎn)義（URL escaping rule），同時TAB也需要轉(zhuǎn)換為“%09”表示污淋。所有以大寫字幕開頭的標(biāo)簽被保留，用于大眾認可的用途礁鲁，而以小寫字母開頭的標(biāo)簽則根據(jù)自己安排隨意應(yīng)用。
常用的標(biāo)簽有：
ID
Feature的標(biāo)識仅醇。該ID具有唯一性。
Name
Feature的展示名稱析二。Name的值在可視化的時候得到展示。因此属韧，Name可以根據(jù)自己展示的需要隨意取值。
Alias
Feature的第2個Name宵喂。
Parent
指明feature所從屬的上一級ID会傲。用于將exons聚集成transcript，將transripts聚集成gene唆铐。
Target
指明比對的目標(biāo)區(qū)域，一般用于表明序列的比對結(jié)果顺少。格式為”target_id start end [strand]”,其中strand是可選的(“+”或”-“), target_id中如果包含空格王浴，則要轉(zhuǎn)換成’%20’。
Gap
比對結(jié)果的gap信息氓辣，和Target一起，用于表明序列的比對結(jié)果几蜻。
Note
文本描述
Is_circular
表明featrue是否為環(huán)化的。用于環(huán)狀基因組序列梭稚。
同一個tag如果有多個值絮吵，則多個值之間使用逗號隔開，比如：
Parent=AF2312,AB2812,abc-3
Alias=M19211,gna-12,GAMMA-GLOBULIN
能夠使用多個值的tag有：Parent, Alias, Note, Dbxref and Ontology_term暇昂。
2. GFF3文件檢測
檢驗GFF3格式文件： GFF3 Validator
