寫在前面
早前已經(jīng)推過《新手eggNOG-Mapper詳細(xì)教程》扬虚，但仍然有很多人遇到使用問題重罪。換句話樱哼，可能那個(gè)教程不能徹底解決大伙遇到的問題哀九。于是我決定寫一個(gè)完美的教程，徹底解決大伙的基因功能注釋問題搅幅。
eggNOG-mapper 大名鼎鼎阅束，是一款非常全面，高效茄唐，準(zhǔn)確息裸，且一直在更新的軟件，對應(yīng)的沪编，該團(tuán)隊(duì)提供了網(wǎng)頁接口呼盆，任何人可以提交蛋白序列文件，在極短的時(shí)間內(nèi)（一般幾分鐘）完成基因功能注釋漾抬，包括：
1.具體功能描述信息
2.Gene Onotoloy注釋信息
3.KEGG 注釋信息
4.PFAM 注釋信息
5.以及其他...
今天的這份教程宿亡，會讓任何人看過之后，就完全可以掌握注釋方法纳令，而且可以得到用于基因功能富集分析的輸入文件，如GO富集分析克胳、KEGG富集分析等平绩。這或許是不少 TBtools 用戶的煩惱。
回到主題漠另，教程分為兩個(gè)部分：
- 如何使用 eggNOG-mapper 進(jìn)行基因功能注釋
- 如果使用 TBtools 軟件一鍵整理基因功能注釋結(jié)果
eggNOG-mapper 注釋
首先捏雌，基因功能注釋質(zhì)量好壞取決于數(shù)據(jù)庫質(zhì)量高低，是否全面笆搓。于是性湿，本地化進(jìn)行基因功能注釋，需要收集盡可能多的數(shù)據(jù)庫（這個(gè)其實(shí)很不實(shí)際）满败，也需要有較好的計(jì)算資源肤频。通過使用網(wǎng)頁服務(wù)工具，可以克服這個(gè)問題算墨。我們可以一直使用最新最全的數(shù)據(jù)庫宵荒，同時(shí)不需要消耗本地計(jì)算資源。
在 eggNOG-mapper 上進(jìn)行基因功能注釋净嘀，非常簡單报咳。
第一步，打開 eggNOG-mapper 主頁
http://eggnog-mapper.embl.de/
看到下圖
參考上圖挖藏，其實(shí)需要做的事情非常簡單：
- 選擇輸入模式暑刃，一般是輸入蛋白序列
2.選擇本地輸入文件，即蛋白序列集合（這個(gè)完全可以基于基因組序列.fa和基因結(jié)構(gòu)注釋文件.gff3/.gtf用TBtools提饶っ摺）
3.給定一個(gè)郵箱地址（注意岩臣，這個(gè)非常重要溜嗜，需要進(jìn)入郵箱才能啟動任務(wù)）
4.點(diǎn)擊 Start
等待文件上傳，一般大概不到一分鐘婿脸，彈出頁面
隨后粱胜，檢查自己的郵箱，可以看到如下
打開收到的郵件狐树，其中有“Click to manage your job”焙压，點(diǎn)擊即可看到（如果點(diǎn)擊進(jìn)去，看不到任何東西抑钟，那么請復(fù)制該鏈接涯曲，使用 谷歌瀏覽器 、火狐瀏覽器在塔、edge瀏覽器 任意一個(gè)打開）
點(diǎn)擊 “Start job”即可幻件，然后可以去打球或者去休息，上個(gè)洗手間等等蛔溃。
任務(wù)完成時(shí)绰沥，會自動發(fā)送郵件到郵箱，當(dāng)然也可以選擇過幾分鐘來看看這個(gè)頁面
這是我昨天郵箱里的郵件贺待，也是此次的示例文件來源
進(jìn)入任務(wù)完成的郵件徽曲，可以看到
建議直接點(diǎn)擊第二個(gè)鏈接下載我們需要的文件，但是你也可以打開第一個(gè)文件麸塞，那么會看到
最后還是會進(jìn)入文件下載鏈接秃臣，看到如下
下載的是一個(gè)制表符分隔的文本文件，你可以用 Excel 打開哪工，結(jié)果如下
結(jié)果很全面奥此，只是還是不能滿足我們的需求，或者說雁比，這里開始可能才是不少 TBtools 用戶遇到的問題稚虎。那就是怎么整理這些信息，用于TBtools的 GO富集分析或者KEGG富集分析章贞？
eggNOG-mapper Helper
為了解決這個(gè)問題祥绞，我想來想去，還是謝了一個(gè)功能鸭限，就叫 eggNOG-mapper Helper蜕径，可以一鍵直接整理 eggNOG-mapper 的結(jié)果，輸出幾個(gè)文件败京，分別滿足不同下游分析需要兜喻。
功能如下，注意更新到 v1.9868 或更高版本
打開該功能赡麦，可見非常簡單的輸入界面
使用非常簡單朴皆，具體示例如下
輸出文件中帕识，大家可能最關(guān)注的有四個(gè)：
out.emapper.annotations.description.txt，對應(yīng)的功能文本描述
out.emapper.annotations.GO.txt遂铡，對應(yīng)的是GO注釋結(jié)果肮疗，可直接用于 TBtools GO富集分析，當(dāng)注釋背景文件
out.emapper.annotations.KEGG_Knum.txt扒接，對應(yīng)的是KEGG注釋結(jié)果伪货，可直接用于 TBtools KEGG富集分析，當(dāng)背景注釋文件
out.emapper.annotations.pfam.domain.txt钾怔，對應(yīng)的是PFAM結(jié)構(gòu)域注釋碱呼，注意，這個(gè)注釋結(jié)果是定性的宗侦，即有無某結(jié)構(gòu)域愚臀，如果一個(gè)序列有多個(gè)相同結(jié)構(gòu)域，只會顯示一個(gè)
四個(gè)文件的具體信息矾利，截圖可看
（注意姑裂，盡管我使用 Excel 打開，但這些文件仍然是制表符分隔的文本文件男旗，千萬不要保存為 Excel 格式炭分，以免有后續(xù)問題）
寫在最后
Emmm... 很久沒有寫教程了，不過我覺得這個(gè)教程應(yīng)該還是比較詳細(xì)剑肯，完全可以解決幾乎所有人的 GO 或者 KEGG 甚至是基因功能注釋的煩惱。
