幫助文檔
https://bioinf.shenwei.me/seqkit/
安裝我直接使用conda安裝了
conda install seqkit
統(tǒng)計fastq文件的信息
seqkit stats SRR6236885.sra.fastq -a
選取部分fastq
按比例
seqkit sample SRR6236885.sra.fastq -p 0.01 -o sample.fastq
按數(shù)量
seqkit sample SRR6236885.sra.fastq -n 100 -o sample-1.fastq
但是這里不是精確的輸入你自己指定的數(shù)字，這個幫助文檔也提到了
image.png
image.png
不去看具體原因了先
fastq 轉(zhuǎn)換fasta
seqkit fq2fa sample-1.fastq -o sample-1.fasta
根據(jù)id 提取序列 fasta
fastq好像也可以
seqkit grep sample-1.fasta -f id.list
id只是一部分好像也可以
比如我這里fasta文件 的完整id是 SRR6236885.sra.9047 3a19e708-9d65-4f29-a332-d2e9a2b39234_Basecall_Alignment length=2375
id.list文件里的id是SRR6236885.sra.9047
這樣也可以的
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小明的數(shù)據(jù)分析筆記本
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