整理：大月半
責(zé)編：王采荷
構(gòu)建進化樹的軟件很多隙赁，但是找到一款符合自己三觀和符合大眾審美的并不那么容易，而且需要操作起來比較人性化梆暖，就更屈指可數(shù)了伞访。如果你也想做做好看的進化樹圖，那么跟著我往下走吧轰驳。(備注：此次學(xué)習(xí)和總結(jié)是站在《宏基因組》公眾號這個巨人的肩膀上完成的厚掷，在此特別感謝)[1]
第一步：下載table2itol.R腳本
官方網(wǎng)站：https://github.com/mgoeker/table2itol
宏基因組公眾號給出的百度網(wǎng)盤良心鏈接:https://pan.baidu.com/s/1X1qf3RQ_ggH_eiXl4dL8CA 提取碼：68ci，可謂大牛一點撥级解，少走幾千步彎路冒黑。
我是下載了百度網(wǎng)盤鏈接的內(nèi)容，
table2itol.R腳本也在勤哗，也包括兩個示例文件抡爹，annotation.txt和otutab.txt以及一個tree文件otus.nwk
第二步：開啟Rstudio終端（Terminal）
下載好網(wǎng)盤提供的文件夾后芒划，新建一個Rproj冬竟，以項目的形式來運行某個階段的任務(wù)。我在table2itol.R腳本所在的文件下新建了table2itol.Rproj民逼。
LICENSE.baiduyun.downloading.cfg
README.md
table2itol.R # 為后面制備注釋文件用到的腳本
table2itol.Rproj # 為新建的R project項目
第三步：運行腳本生成個性化注釋文件
1 | 第一種形式
## 方案1. 外圈顏色泵殴、形狀分類和豐度方案
# annotation.txt OTU對應(yīng)物種注釋和在每一組的平均豐度和總豐度信息，
#-a 找不到輸入列將終止運行（默認不執(zhí)行）-c 將整數(shù)列轉(zhuǎn)換為factor或具有小數(shù)點的數(shù)字拼苍，-t 偏離提示標簽時轉(zhuǎn)換ID列笑诅，-w 顏色帶，區(qū)域?qū)挾鹊龋?-D輸出目錄，-i OTU列名吆你，-l OTU顯示名稱如種/屬/科名同蜻，
Rscript ./table2itol.R -a -c double -D style1 -i OTUID -l Genus -t %s -w 0.5 ../annot
ation.txt
# 生成注釋文件中每列為單獨一個文件
2 | 第二種形式
## 方案2. 生成豐度柱形圖注釋文件
Rscript ./table2itol.R -a -d -c none -D style2 -b Phylum -i OTUID -l Genus -t %s -w
0.5 ../annotation.txt
3 | 第三種形式
## 方案3. 生成熱圖注釋文件
Rscript ./table2itol.R -c keep -D style3 -i OTUID -t %s ../otutab.txt
第四步：iTol網(wǎng)站可視化
寫在前面：如果沒有iTOL網(wǎng)站賬號的話，需要先注冊登錄后方可以使用早处，反正免費的，為什么不注冊呢瘫析？
1 | 相關(guān)步驟
- 注冊網(wǎng)站
- 上傳tree文件
- 上傳后可視化（初步）
2 | 其它格式
除了只包含OTU分類信息和分組豐度之外砌梆，還有可以將每個OTU對應(yīng)的個體的豐度的條形圖，以及熱圖形式贬循，風(fēng)格多樣咸包。
關(guān)于前面制作的style2和style3注釋文件同上述步驟一樣，導(dǎo)入iTOL之后原始的進化樹圖的信息會變得更加豐富和飽滿杖虾，還等什么趕緊動起手來吧烂瘫。
