使用cafe軟件涛酗,和orthofinder聚類結(jié)果進(jìn)行基因家族擴(kuò)增與收縮分析铡原。
在這里我們已經(jīng)
cafe cafe.script
得到了四個結(jié)果文件
summary_pub.txt
out.summary_node.txt
out.summary_fams.txt
out.summary_anc.txt
進(jìn)行以下步驟操作:
1. 得到特定物種的擴(kuò)增基因家族ID
2. 比對orthofinder聚類結(jié)果里/Orthogroups/Orthogroups.tsv得到基因家族的具體基因信息
cut -f 1,2 Orthogroups.tsv | less -S > Achi.fam