標(biāo)題：Bioinformatic Analysis of Immune Significance of RYR2 Mutation in Breast Cancer
研究背景
目前，免疫治療廣泛應(yīng)用于乳腺癌（BC）患者郎哭，腫瘤突變負(fù)荷（TMB）被認(rèn)為是一個有價值的獨立預(yù)測免疫治療反應(yīng)的指標(biāo)已旧。然而崇裁，特異性基因突變及其與TMB和BC中腫瘤浸潤性免疫細(xì)胞的關(guān)系尚不完全清楚孤里。
方法
利用來自癌癥基因組圖譜（TCGA）和國際癌癥基因組聯(lián)盟（ICGC）數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)進(jìn)行全面的生物信息學(xué)分析姻政。生存曲線通過Kaplan-Meier分析進(jìn)行分析傲霸。預(yù)后分析采用單因素和多因素Cox回歸分析免猾∈窃基因集富集分析（GSEA）用于探索調(diào)控機制和功能。CIBERSORT算法用于計算腫瘤浸潤性免疫細(xì)胞組分猎提。
后果
我們分析了來自TCGA和ICGC數(shù)據(jù)集的BC體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)获三，發(fā)現(xiàn)兩個隊列中報告了19個頻繁突變的基因，即SPTA1、TTN石窑、MUC17、MAP3K1蚓炬、CDH1松逊、FAT3、SYNE1肯夏、FLG经宏、HMCN1、RYR2（ryanodine受體2）驯击、GATA3烁兰、MUC4、PIK3CA徊都、KMT2C沪斟、TP53、PTEN暇矫、ZFHX4主之、MUC16和USH2A。其中李根，我們觀察到RYR2突變與更高的TMB和更好的臨床預(yù)后顯著相關(guān)槽奕。此外，GSEA顯示RYR2突變富集的信號通路與免疫相關(guān)通路有關(guān)房轿。此外粤攒，基于CIBERSORT算法，我們發(fā)現(xiàn)RYR2突變通過富集CD8+T細(xì)胞囱持、激活記憶性CD4+T細(xì)胞和M1巨噬細(xì)胞增強了抗腫瘤免疫反應(yīng)夯接。
結(jié)論
RYR2在BC中經(jīng)常發(fā)生突變，其突變與TMB增加有關(guān)纷妆，并促進(jìn)抗腫瘤免疫钻蹬；因此，RYR2可以作為一種有價值的生物標(biāo)志物來預(yù)測免疫反應(yīng)凭需。
結(jié)果
BC中頻繁突變基因的概述问欠。（a） 瀑布圖顯示TCGA BC隊列中前30位突變基因。左面板：突變頻率粒蜈；右面板：不同的突變類型顺献。（b） 瀑布圖顯示ICGC BC隊列中前30位突變基因。左面板：突變頻率枯怖；右面板：不同的突變類型注整。
基因突變與TMB相關(guān)。（a） TCGA和ICGC隊列中相同頻繁突變基因的維恩圖。（b） 突變基因與較高的TMB相關(guān)肿轨。?p<0.05寿冕；??p<0.01；???p<0.001椒袍；ns：沒有意義
預(yù)后分析
單變量與多變量回歸分析
GSEA分析
腫瘤浸潤性免疫細(xì)胞在BC樣本中的分布驼唱。堆疊條形圖顯示每個樣本中22個免疫細(xì)胞的分布。
RYR2突變和腫瘤免疫浸潤細(xì)胞的相關(guān)性分析驹暑。
