下載安裝：
wget https://software.bioinformatics.unibe.ch/pgdspider/PGDSpider_3.0.0.0.zip
unzip?PGDSpider_3.0.0.0.zip
使用：
-h????顯示幫助文本拒课，列出所有可用選項和說明畦韭。
-inFile????（必選）指定需要轉(zhuǎn)換的輸入文件间校÷笛纾可以輸入一個或多個文件，文件名之間用逗號分隔籍滴。
-inFormat????指定輸入文件的格式酪夷。支持的輸入文件格式包括：PGD, ARLEQUIN, BAM, BAPS, BATWING, BCF, CONVERT, EIGENSOFT, FASTA, FASTQ, FSTAT, GDA, GENELAND, GENEPOP, GENETIX, HGDP, HGDP_CEPH, IMMANC, IM, IMA2, MAF, MEGA, MIGRATE, MSA, NEWHYBRIDS, NEXUS, ONESAMP, PED, PHYLIP, SAM, STRUCTURE, VCF, XMFA。
-outFile????指定轉(zhuǎn)換后的輸出文件孽惰。如果指定的輸出文件少于輸入文件晚岭，則使用第一個輸出文件名作為基礎(chǔ)，并將輸入文件名添加到輸出文件名中灰瞻。支持的輸出文件格式包括：PGD, ARLEQUIN, BAM, BAMOVA, BAPS, BATWING, BAYENV, BCF, EIGENSOFT, FASTA, FASTQ, FDIST2, FSTAT, GDA, GENELAND, GENEPOP, GENETIX, GESTE_BAYE_SCAN, IMMANC, IM, IMA2, KML, MEGA, MIGRATE, MSA, MSVAR, NEWHYBRIDS, NEXUS, ONESAMP, PED, PHYLIP, SAM, STRUCTURAMA, STRUCTURE, VCF, XMFA腥例。
-outFormat????（必選）指定輸出文件的格式辅甥。
-spid????（必選）指定 SPID 文件酝润，該文件包含已回答的轉(zhuǎn)換問題（即格式轉(zhuǎn)換的配置）。如果未提供 SPID 文件璃弄，程序會自動生成一個模板 SPID 文件要销，用戶可以根據(jù)需要修改并回答模板中的問題。
使用案例：
##?將 STRUCTURE 文件轉(zhuǎn)換為 Arlequin 文件
PGDSpider3-cli -inFile examples\example_Structure.txt \
-inFormat STRUCTURE \
-outFile examples\output_Arlequin.arp \
-outFormat ARLEQUIN \
-spid examples\Structure_Arlequin.spid
## 或者使用 JAR 文件直接運行并轉(zhuǎn)換文件夏块，同 PGDSpider3-cli
java -Xmx1024m -Xms512m -jar PGDSpider3-cli.jar \
-inFile examples\example_Structure.txt \
-inFormat STRUCTURE \
-outFile examples\output_Arlequin.arp \
-outFormat ARLEQUIN \
-spid examples\Structure_Arlequin.spid
如果沒有 spid 文件疏咐，可以先不加運行一次，會生成?spid 示例文件脐供，而后對示例文件進行修改即可浑塞。并不是每一個問題都要回答的，基礎(chǔ)的為僅回答有選項的即可政己。
比如 VCF 文件的格式轉(zhuǎn)換：
詳見說明書：https://software.bioinformatics.unibe.ch/pgdspider/PGDSpiderManual_v3-0-0-0.pdf
