介紹
系統(tǒng)發(fā)育樹文件通常帶有支長和節(jié)點信息，如遺傳距離偏窝、位點數(shù)收恢、支持率、分化時間等等祭往，生成這樣的信息一般是通過軟件基于序列信息計算得到的派诬。而在某些情況，我們需要刪除這些信息链沼，將其還原成一個不帶有支長和節(jié)點信息的純粹拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)樹文件默赂。當(dāng)分支過多無法手動刪除時，可以使用以下腳本完成：
原樹文件：
cat TREE.tre
(AB3039501:0.1407725357,((((((((AY4585951:0.1852444343,((KT8787191:0.0766471312,NC_0394111:0.0629126169)71.8/76:0.0212697120,NC_0200441:0.0738918614)100/100:0.0885191625)100/100:0.0828170616,NC_0323171:0.3396258972)99.8/100:0.0417881180,((JX5648861:0.3478457331,(MG0207721:0.2975091274,MG0207811:0.1848243312)100/100:0.0550933889)97.8/62:0.0237904467,((MG0207651:0.5194304916,MZ7510421:0.7398126943)98.5/56:0.0542524672,(NC_0187711:0.7497611531,NC_0323481:0.3138779842)94.4/60:0.0488882269)50/40:0.0237393404)100/100:0.0456730453)100/100:0.0522125255,NC_0323471:0.2425934555)100/100:0.0725292382,KT2858021:0.2341185025)99.9/100:0.0401796690,(KF7981951:0.2419142919,MF4962411:0.2327977799)61.7/62:0.0262765906)100/100:0.0487023558,AY4585961:0.1934500376)100/100:0.0465872157,SL454:0.1630815831)100/100:0.0443615170,MF5387871:0.0939151778);c
cat TREE.tre |
sed 's/,/[,/g' |
sed 's/:/[:/g' |
sed 's/)/[)/g'|
awk -F, 'BEGIN{RS="["}{print }' |
grep -v ":" |
sed 's/)/)[/g' |
awk -F, 'BEGIN{FS="["}{print $1}' |
awk -F, 'BEGIN{ORS=" "}{print}' |
sed 's/ //g'
去除支長和節(jié)點信息后的樹文件：
(AB3039501,((((((((AY4585951,((KT8787191,NC_0394111),NC_0200441)),NC_0323171),((JX5648861,(MG0207721,MG0207811)),((MG0207651,MZ7510421),(NC_0187711,NC_0323481)))),NC_0323471),KT2858021),(KF7981951,MF4962411)),AY4585961),SL454),MF5387871)
注意：一般樹文件后會有分號（英文符號“;”）結(jié)尾括勺，跑完這個代碼后缆八，分號會丟失。分號在很多時候并非必要的疾捍，比如這個新的樹文件仍然可以用FigTree打開奈辰。不過如果用以后續(xù)分析時，要注意格式中是否需要開頭或結(jié)尾的符號乱豆，可以手動添加奖恰。
最終的樹形態(tài)：
clean_TREE.tre.jpg
無根樹
該樹形特點即所有樹的支長是相同的。這種樹屬于無根樹宛裕，該樹僅反應(yīng)系統(tǒng)發(fā)育樹中各個支系的拓?fù)潢P(guān)系瑟啃，但不表征相對遺傳距離，分歧時間以及共同祖先揩尸。作為系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的示意圖展示就可以使用不帶有支長信息的無根樹蛹屿，另外，一些軟件分析時也會要求提供只含有拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的先驗樹岩榆。
