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IP屬地：北京
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R語言|轉(zhuǎn)錄組樣本的PCA和PCoA介紹 通過同一組轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)磨总，做PCA和PCoA看政，看看分組情況更米。在此之前欺栗，我通常使用PCA對(duì)樣本進(jìn)行檢測以剔除離群樣本。但并不確定PCA和PCoA...
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差異基因|火山圖介紹 關(guān)于ggvolcano包和ggplot2包繪制火山圖征峦，以及加標(biāo)簽迟几、修改配色等。獲得差異基因列表后栏笆，用以進(jìn)行差異基因分析的數(shù)據(jù)通常包括包括G...
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BEAST | 內(nèi)存不足報(bào)錯(cuò)序列整理 BEAUti BEAST TreeAnnotator 軟件報(bào)錯(cuò) 內(nèi)存不足報(bào)錯(cuò) 在運(yùn)行BEAST時(shí)數(shù)據(jù)集過大类腮，或運(yùn)行TreeAnnota...
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差異基因|Limma安裝和使用
介紹 常用的差異基因分析軟件主要有DESeq2、edgeR以及Limma蛉加。其中蚜枢，DESeq2適合有重復(fù)的樣本(官方推薦4個(gè)以上)，edgeR可以...
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多物種無參Trinity組裝 | awk樣本列表
組裝策略 適用于設(shè)計(jì)多樣本多物種的組裝针饥。例如100個(gè)樣本厂抽，10個(gè)物種。這里如果想直接完成10個(gè)de nove組裝丁眼，需要將所有樣本數(shù)據(jù)放到一起后筷凤，...
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Trinity | 報(bào)錯(cuò)died with ret 256 at Trinity line 2183.
一直運(yùn)行很正常的Trinity苞七，突然出現(xiàn)了從未有過的報(bào)錯(cuò)藐守，并且是挪丢，有的樣本報(bào)錯(cuò)無法運(yùn)行，另一些樣本可以正常運(yùn)行卢厂。完整報(bào)錯(cuò)信息如下： 乍一看吃靠，信息...
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linux腳本 | 去除系統(tǒng)發(fā)育樹的支長和節(jié)點(diǎn)信息介紹 系統(tǒng)發(fā)育樹文件通常帶有支長和節(jié)點(diǎn)信息足淆，如遺傳距離、位點(diǎn)數(shù)巧号、支持率族奢、分化時(shí)間等等，生成這樣的信息一般是通過軟件基于序列信息計(jì)算得到的丹鸿。而在某...
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R語言 | 隨機(jī)生成模擬數(shù)據(jù)
當(dāng)你需要一組簡單的示例數(shù)據(jù)用以模擬分析時(shí)越走，除了使用R種自帶的數(shù)據(jù)集，也可以自己通過隨機(jī)數(shù)產(chǎn)生靠欢。下列文件展示了一組基于已有數(shù)據(jù)額外拓展生成兩組額外...