單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的普及题诵，為生命科學(xué)的研究提供了全新的手段渣淳。基于高通量單細胞轉(zhuǎn)錄組測序肥印，既能發(fā)現(xiàn)特定組織中可能的細胞類型识椰，也能了解不同細胞組成上的差別，更能通過基因表達圖譜深碱，剖析不同細胞的基因特征腹鹉，為理解細胞的功能提供了數(shù)據(jù)支持。但是敷硅，單細胞研究并沒有想象中的那么簡單功咒，從細胞解離，數(shù)據(jù)分析绞蹦，到數(shù)據(jù)解讀力奋，只有把每一步都做好了，才有可能有好的成果產(chǎn)出幽七。
在這個過程中景殷，最最重要的是，單細胞數(shù)據(jù)中到底能識別到哪些細胞類型澡屡？這是整個單細胞數(shù)據(jù)挖掘的起點猿挚，也是決定整個單細胞故事的關(guān)鍵，怎么能把這個過程做好呢挪蹭？
首先亭饵，我們要大概知道做的單細胞測序的樣本，可能存在哪些細胞類型梁厉，如腫瘤里可能有惡性細胞辜羊，上皮細胞踏兜，免疫細胞等。其次八秃，這些可能在數(shù)據(jù)里出現(xiàn)的細胞類型碱妆，有哪些標準的、業(yè)界公認的marker呢昔驱？
01 整理收集實驗室前期的研究基礎(chǔ)
相信各位研究某個具體領(lǐng)域的老師們疹尾，自己對該單細胞實驗的樣本還是比較了解的。作為課題組研究方向的實驗材料骤肛，經(jīng)過多年的研究和積累纳本，該組織中可能存在哪類主要類型的細胞，它們的標志性marker有幾個腋颠，是哪幾個繁成，還是爛熟于心。因此淑玫，只需把這些細胞類型和對應(yīng)的marker整理出來巾腕，結(jié)合單細胞分群數(shù)據(jù)的marker表進行匹配，就能知道自己做的樣本中存在哪些類型絮蒿。當(dāng)然尊搬，這個過程中可能會出現(xiàn)一種情況：用已知的marker進行匹配后，大部分的細胞類型都找到了土涝，但是有些細胞類型佛寿，無論用哪種marker，都匹配不上回铛。這時狗准，大家無需焦慮和擔(dān)心，應(yīng)該高興茵肃。因為您有可能發(fā)現(xiàn)了一種新的細胞亞型，一類之前大家從來沒發(fā)現(xiàn)過的袭祟，可能具有重要生物學(xué)功能的細胞類型验残。
02 查閱文獻整理相關(guān)細胞類型marker
文獻是所有科學(xué)研究成果的最終展示形式。因此巾乳，調(diào)研本研究領(lǐng)域最新的研究進展您没，特別是單細胞測序相關(guān)最新的文章。在這些文章中有哪些細胞類型胆绊？哪些細胞是用哪些基因進行分類的氨鹏？這個過程中，可能也會遇到一些問題压状，比如：同樣的組織的單細胞文章仆抵，同一個細胞類型跟继，不同文章會用到不同的marker。這種情況下镣丑，建議把這些marker都收集下來舔糖。同時，也要多研究下莺匠，該文章為什么用這個金吗？參考來源是什么？
03?通過相關(guān)數(shù)據(jù)庫找到特定細胞類型的marker
由于單細胞技術(shù)的發(fā)展趣竣，科學(xué)家們已經(jīng)對大部分的組織類型進行了研究摇庙。因此，很多專門的數(shù)據(jù)庫對不同的組織類型遥缕，細胞類型卫袒，對應(yīng)發(fā)現(xiàn)的marker進行整理，常見的marker數(shù)據(jù)庫如下：
Cellmarker：http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/
HCA：https://www.humancellatlas.org/
CancerSEA：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/
通過以上幾種方式通砍，基本可以拿到常規(guī)的組織樣本中的細胞marker信息玛臂，基于此對自己的單細胞數(shù)據(jù)進行匹配分析，我們就能知道自己的組織中有哪些具體的細胞類型封孙，各自占比多少迹冤。進一步通過更加深入的亞群分析，組間比較和功能挖掘虎忌，一篇不錯的單細胞文章就出來了泡徙。
