大多數(shù)醫(yī)學(xué)成像設(shè)備以復(fù)雜的 DICOM 格式(后綴 .dcm)的變體存儲(chǔ)圖像。許多科學(xué)工具希望醫(yī)學(xué)圖像以更簡(jiǎn)單的 NIfTI 格式（后綴 nii.gz）存儲(chǔ)。事實(shí)上坟乾，我們做深度學(xué)習(xí)基本都是使用的 nii.gz 格式或者 nii 格式损拢。
那么，如何將 dicom 格式轉(zhuǎn)換為 Nifti 格式溺蕉，是我們做研究的第一個(gè)難題。
本次推薦一個(gè)特別好用的轉(zhuǎn)換工具（dcm2niix）悼做，可以批量轉(zhuǎn)換你的 dicom 數(shù)據(jù)疯特。當(dāng)然，你要是不滿足一種方案肛走，直接拉到文章最后漓雅，查看轉(zhuǎn)換工具匯總，總有一個(gè)適合你
dcm2niix 簡(jiǎn)介
dcm2niix 是一款由 NTRC團(tuán)隊(duì)開發(fā)的醫(yī)學(xué)圖像轉(zhuǎn)換工具朽色，用于將數(shù)字成像與通信（DICOM）格式的醫(yī)學(xué)圖像轉(zhuǎn)換為更加通用的神經(jīng)影像學(xué)信息交換（NIfTI）格式邻吞。該軟件直接讀取磁共振成像（MRI）和計(jì)算機(jī)斷層掃描（CT）數(shù)據(jù)，并把它們轉(zhuǎn)換為 NIfTI 格式葫男。除此之外抱冷，dcm2niix 還能夠處理其他信息，例如醫(yī)院信息化系統(tǒng)（HIS）中的元數(shù)據(jù)梢褐、圖像方向和標(biāo)簽等旺遮。
NTRC 團(tuán)隊(duì)還開發(fā)了 MRICron 軟件赵讯，這是一款 NIfTI 格式的看圖軟件，而且它可以方便地調(diào)用 dcm2niix 進(jìn)行圖像轉(zhuǎn)換耿眉。dcm2niix 的出現(xiàn)使得神經(jīng)影像學(xué)數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)換和處理更加高效瘦癌、準(zhǔn)確和便捷。
dcm2niix 使用方法-簡(jiǎn)單版
為了讓各位看官對(duì) dcm2niix 跷敬。有個(gè)初步印象和了解讯私。在這里，先簡(jiǎn)單介紹一下如何使用西傀。后面再跟深入的講解安裝和使用細(xì)節(jié)~
簡(jiǎn)單講斤寇，使用分為 圖形界面版和命令版
圖形界面版
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圖形界面版需要先下載 MRICron。在上圖左邊設(shè)置好輸出文件的命名格式拥褂，輸出文件夾等參數(shù)娘锁，把dcm文件夾拖到右邊空白處即可完成轉(zhuǎn)換。
命令行版
[圖片上傳失敗...(image-3e1276-1687093397680)]
對(duì)于使用 shell 命令不太熟饺鹃，數(shù)據(jù)量少的朋友莫秆，可以使用圖形界面版，鼠標(biāo)點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)就可以了悔详。當(dāng)然計(jì)算機(jī)玩家還是推薦命令行版镊屎。
dcm2niix 圖形界面安裝和使用
圖形界面版的安裝
官方推薦下載 MRIcroGL 版本，是 MRICron 的升級(jí)版本茄螃。如下圖缝驳，選擇對(duì)應(yīng)的操作系統(tǒng)下載安裝即可
[圖片上傳失敗...(image-a90453-1687093397680)]
軟件打開界面如下圖??
[圖片上傳失敗...(image-e30590-1687093397680)]
這個(gè)界面我還沒(méi)研究透。還是用 MRICron 比較順手归苍。
使用方法
MRIcroGL包括一個(gè)簡(jiǎn)單的圖形用戶界面用狱，用于控制dcm2niix。啟動(dòng) MRIcroGL 后拼弃，選擇 Import/ConvertDICOMtoNIfTI菜單項(xiàng)夏伊。
界面如下圖所示。
[圖片上傳失敗...(image-2791e0-1687093397680)]
復(fù)選框設(shè)置輸出是壓縮(創(chuàng)建.nii.gz文件)還是不壓縮(創(chuàng)建.nii文件)吻氧。然后溺忧，您可以使用圖片中描述的格式指定所需的輸出文件名。
當(dāng)您調(diào)整所需的輸出名稱時(shí)医男，軟件將顯示一個(gè)示例砸狞，說(shuō)明您的文件將如何顯示捻勉。您還可以選擇是否要將輸出保存到特定的文件夾中镀梭，或者是否應(yīng)該在與輸入DICOM文件相同的文件夾中創(chuàng)建NIfTI圖像。
最后一步是拖放要轉(zhuǎn)換為應(yīng)用程序的文件夾踱启。注意报账，界面總是以交互方式顯示命令行研底，因此，當(dāng)您通過(guò)選擇復(fù)選框與界面交互時(shí)透罢，您正在創(chuàng)建一個(gè)文本命令榜晦，您可以將其復(fù)制并粘貼到您喜歡的腳本中。
注意：我在 mac 中使用 MRIcroGL 轉(zhuǎn) Nii 時(shí)羽圃，會(huì)提示沒(méi)有有效的DICOM文件乾胶，但是我換成 MRICron 就能成功。奇了怪了朽寞，搞不懂识窿，遇到同樣問(wèn)題的話，你就使用 MRICron脑融。
MRICron的下載鏈接,軟件示意圖??
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圖形界面版比較簡(jiǎn)單喻频，就介紹這么多
dcm2niix 命令行版
命令行版的安裝
有幾種方法可以安裝 dcm2niix
- 有 conda,
conda install -c conda-forge dcm2niixon Linux, MacOS or Windows. - 有 pip,
python -m pip install dcm2niixon Linux, MacOS or Windows.
這兩種方法安裝最簡(jiǎn)單，但不一定有效肘迎。比如甥温，我在 mac 上使用這兩種方法安裝后，轉(zhuǎn) nii 時(shí)妓布，總會(huì)提示下圖錯(cuò)誤
[圖片上傳失敗...(image-c9c086-1687093397680)]
但是在 linux 上這樣安裝是可用的姻蚓。
如果上述安裝方法不行，試試以下兩種方法匣沼，稍微復(fù)雜一些史简。
- 下載 Github Releases 版本，提供了最新的可編譯的執(zhí)行文件肛著。
[圖片上傳失敗...(image-b951b9-1687093397680)]
下載對(duì)應(yīng)的版本并解壓圆兵，把可執(zhí)行文件放入/Users/xxx/opt/anaconda3/bin/dcm2niix
為什么放在這個(gè)地方？計(jì)算機(jī)咱也不太懂枢贿，不過(guò)我們之前不是使用 conda 安裝過(guò) dcm2niix 嗎殉农，它就放在了這個(gè)位置。我想的是它自動(dòng)安裝的版本可能不太好用局荚，我就用最新版本替換掉它超凳，所以放在了此處，實(shí)際證明是可行的耀态。
[圖片上傳失敗...(image-3b9808-1687093397680)]
我們可以通過(guò)命令 which dcm2niix獲取地址轮傍，并使用剛下載的 dcm2niix 替換掉它
[圖片上傳失敗...(image-f51f68-1687093397680)]
- 運(yùn)行以下命令獲取Linux、Macintosh或Windows的最新版本
如果你不想從上述網(wǎng)站進(jìn)去下載首装，也可以直接使用如下命令下載
- curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_lnx.zip (linux版)
- curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/macos_dcm2niix.pkg （macos版）
- curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_win.zip （windows版）
如果是計(jì)算機(jī)玩家创夜，還可以 build from source((using make or cmake)). 詳細(xì)流程自行瀏覽 dcm2niix github
dcm2niix 命令行詳細(xì)使用說(shuō)明
dcm2niix 命令中唯一必填的參數(shù)是：需要轉(zhuǎn)換的 DICOM 文件夾的位置，該參數(shù)始終作為最后一個(gè)參數(shù)進(jìn)行提供仙逻。例如驰吓，dcm2niix ~/dicomdir 將會(huì)轉(zhuǎn)換文件夾 “dicomdir” 中的所有 DICOM 文件涧尿。但是，你可以指定一些可選參數(shù)來(lái)影響轉(zhuǎn)換結(jié)果檬贰。
因此姑廉，一個(gè)典型的轉(zhuǎn)換命令可能是 dcm2niix -o ~/niftidir -f %p_%s -g y ~/dicomdir。
在這個(gè)例子中翁涤，軟件會(huì)在 dicomdir 中查找 DICOM 圖像并將轉(zhuǎn)換后的 NIfTI 文件保存在 niftidir 中桥言，輸出文件將被壓縮，并包含協(xié)議名稱 (%p) 和序列號(hào) (%s) 作為文件名葵礼。
下面是詳細(xì)的參數(shù)列表（在終端直接輸入 dcm2niix 命令來(lái)查看所有命令的列表）限书。以下是各個(gè)參數(shù)的說(shuō)明：
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- -1..-9 壓縮級(jí)別（1為最快，9為最慢但會(huì)產(chǎn)生更小的文件章咧，默認(rèn)為6）倦西。
- -b: BIDS sidecar：（“-b y”或“-b n”, 默認(rèn)為 y）如果選擇“yes”，則軟件將生成與NIfTI圖像同名的一種Brain Imaging Data Structure文件赁严。該文件采用JSON文本格式扰柠，提供了有關(guān)掃描的附加信息，這些信息無(wú)法保存在NIfTI頭文件中
-baBIDS sidecar的匿名化：（“-ba y”或“-ba n”）如果選擇“no”疼约，則BIDS文件將包含編碼在DICOM文件中的參與者個(gè)人信息卤档。這些識(shí)別信息可能會(huì)危及參與者的隱私。此選項(xiàng)僅影響B(tài)IDS sidecar（見b）程剥。
[圖片上傳失敗...(image-eb00ab-1687093397680)] - -f 輸出文件名：（例如“-f myMR”, 默認(rèn) '%f_%p_%t_%s'）dcm2niix允許您指定轉(zhuǎn)換后的 NIfTI 文件的命名方式劝枣。該方法可能一開始看起來(lái)很復(fù)雜，但它提供了非常大的靈活性织鲸。
一個(gè)簡(jiǎn)單的文件名可能是“exp03subj09”舔腾。
在這種情況下，這個(gè)參與者的第一個(gè)序列將被命名為exp03subj09.nii搂擦，
接下來(lái)是exp03subj09a.nii稳诚，然后是exp03subj09b.nii等等。
但是
dcm2niix還允許您將相關(guān)信息的存在和位置標(biāo)注到文件名中瀑踢。
考慮您指定“exp03subj09%p%s”
在這種情況下扳还，協(xié)議的名稱和序列號(hào)（存儲(chǔ)在DICOM文件中）將成為文件名的一部分。
在這種情況下橱夭，輸出文件的名稱可能是exp03subj09fmri1.nii氨距、
exp03subj09t12.nii
和exp03subj09fmri3.nii。
您可以按任意順序組合盡可能多的修飾符棘劣。
以下是特殊修飾符的列表：
%a：插入天線（線圈）編號(hào)俏让。例如，“myName％a”的輸出文件名將生成“myName1”，“myName2”等舆驶，每個(gè)線圈一個(gè)橱健。請(qǐng)注意而钞，大多數(shù)掃描都會(huì)將所有線圈的數(shù)據(jù)組合在一起沙廉，在這些情況下，該選項(xiàng)將被忽略臼节。例如撬陵，大多數(shù)將所有線圈的數(shù)據(jù)組合在一起的掃描通常只稱為“myName”。
%d：插入系列描述（0008,103E）网缝。例如巨税，使用“myName％d”轉(zhuǎn)換的回波平面圖像會(huì)產(chǎn)生“myNameEPI”
%e：插入回波數(shù)。例如粉臊，具有兩個(gè)回波時(shí)間的序列使用輸出文件名“myName％e”進(jìn)行轉(zhuǎn)換草添，將產(chǎn)生“myName1”和“myName2”。請(qǐng)注意扼仲，大多數(shù)MRI序列僅使用單個(gè)回波時(shí)間远寸，在這種情況下，您只會(huì)得到“myName1”屠凶。
%f：插入輸入文件夾名驰后。例如，使用輸入文件夾“/usr/Subj22”和輸出文件名“myName％f”將導(dǎo)致輸出文件命名為“myNameSubj22.nii”矗愧。
%i：插入病人ID（DICOM標(biāo)簽0010,0020）灶芝。例如，“myName％i”的輸出文件名將把病人ID命名為“ID123”的圖像轉(zhuǎn)換為“myNameID123.nii”
%m：制造商名稱唉韭。 例如夜涕，“myName％m”的輸出文件名將把來(lái)自GE掃描儀的圖像轉(zhuǎn)換為“myNameGE.nii”，而來(lái)自Philips的圖像將變?yōu)椤癿yNamePh.nii”属愤，而Siemens將變?yōu)椤癿yNameSi.nii”钠乏，否則制造商不可用（“myNameNA.nii”）。 （需要2015年或之后的dcm2nii版本）春塌。
%n：插入受試者姓名（DICOM標(biāo)簽0010,0010）晓避。例如，“myName％n”的輸出文件名將把來(lái)自John Doe的圖像轉(zhuǎn)換為“myNameJohnDoe.nii”只壳。如果您的參與者名稱僅使用英文字母俏拱，則此選項(xiàng)最有效。對(duì)于其他歐洲語(yǔ)言吼句，您可能會(huì)發(fā)現(xiàn)它進(jìn)行一些基本轉(zhuǎn)換（“Müller”將變成“Muller”）锅必。對(duì)于非歐洲語(yǔ)言，您會(huì)發(fā)現(xiàn)此選項(xiàng)不滿意。也許以后的版本可以支持DICOM標(biāo)簽0008,0005搞隐。
%p：插入?yún)f(xié)議名稱（DICOM標(biāo)簽0018,1030）驹愚。例如，“myName％p”的輸出文件名將把協(xié)議命名為T1的圖像轉(zhuǎn)換為“myNameT1.nii”
%q：插入序列名稱（DICOM標(biāo)簽0018,1020）劣纲。例如逢捺，使用輸出文件名“myName％q”將旋轉(zhuǎn)回波序列轉(zhuǎn)換為“myNameSE.nii”（新功能，在2015年8月30日版本中）癞季。
%s：插入系列（DICOM標(biāo)簽0020,0011）劫瞳。例如，使用輸出文件名“myName％s”將第二個(gè)序列轉(zhuǎn)換為“myName2.nii”绷柒。如果您想將系列號(hào)補(bǔ)零志于，請(qǐng)插入所需的數(shù)字?jǐn)?shù)（0..9）。例如废睦，在轉(zhuǎn)換11個(gè)序列時(shí)應(yīng)用過(guò)濾器“m％s”將創(chuàng)建文件伺绽，這些文件將導(dǎo)致簡(jiǎn)單的按字母排序出現(xiàn)問(wèn)題，例如“m1.nii嗜湃，m11.nii奈应，m2.nii...m9.nii”的區(qū)別在于指定“m％3s”將有助于排序（例如“m001.nii，m002.nii...m011.nii”）净蚤。
%t：插入會(huì)話日期和時(shí)間（DICOM標(biāo)簽0008,0021和0008,0030）钥组。例如，“myName％t”的輸出文件名將把會(huì)話開始于2014年1月13日下午1:23的圖像轉(zhuǎn)換為“myName20140113132322.nii”
%z：插入序列名稱（0018,0024）今瀑，因此使用“myName％z”轉(zhuǎn)換的T1掃描可能會(huì)產(chǎn)生“myNameT1”程梦。
- -h 顯示幫助屏幕
- -m: 合并2D切片：（n/y or 0/1/2, default 2) [no, yes, auto]）如果選擇，同一系列的圖像將堆疊到單個(gè)NIfTI圖像中. 默認(rèn)就好了橘荠，3維數(shù)據(jù)直接在同一個(gè) nii 里面屿附。
- -o: 輸出文件夾（不給，就會(huì)直接放在input folder）
- -z: 是否壓縮哥童，(y/o/i/n/3, default n) [y=pigz, o=optimal pigz, i=internal:zlib, n=no, 3=no,3D] 一般會(huì)選擇壓縮（-z y）
參數(shù)很多挺份，但常用的轉(zhuǎn)換命令如下（至少滿足我的需求）
dcm2niix -z y -f %i_%d_%s -o niftidir dcmdir
表示將 dcmdir 的所有圖像轉(zhuǎn)換到 niftidir 并壓縮圖像，重命名為 %i_%d_%s
dcm2niix 我已經(jīng)用了 2年以上了贮懈，團(tuán)隊(duì)里面轉(zhuǎn)換都是用這個(gè)匀泊，轉(zhuǎn)換快，需要的操作少朵你。
但是朋友們剛開始接觸需要花一點(diǎn)時(shí)間了解各聘，我都做到這份上了，學(xué)習(xí)起來(lái)應(yīng)該很容易吧抡医。
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你要是覺(jué)得這個(gè)工具不ok, 別急走!!!我還能在推薦10個(gè)
- dinifti: dinifti 下載鏈接, 用C語(yǔ)言編寫的躲因，專注于Siemens數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)換
- dicm2nii: 用Matlab編寫的。Matlab語(yǔ)言使得這個(gè)工具非常易于腳本化。它試圖保留擴(kuò)散梯度信息大脉。dicm2nii 下載鏈接
[圖片上傳失敗...(image-cfc5f7-1687093397680)] - dicom2nifti: 看起來(lái)很有前途：可使用命令行搞监，也可以在python中調(diào)用 dicom2nifti 下載鏈接。
[圖片上傳失敗...(image-383748-1687093397680)] - dcmstack: Python編寫的镰矿。它具有一個(gè)巧妙的功能琐驴，可以讓你在NIfTI文件中存儲(chǔ)/查看DICOM元頭數(shù)據(jù)。dcmstack下載鏈接
[圖片上傳失敗...(image-e99b08-1687093397680)] - mrconvert: MRtrix工具mrconvert是一個(gè)有用的通用圖像轉(zhuǎn)換器衡怀，并能夠良好地處理DTI數(shù)據(jù)
- mri_convert: mri_convert下載鏈接是流行的FreeSurfer軟件包的一部分棍矛。根據(jù)我的有限經(jīng)驗(yàn)安疗，這個(gè)工具適用于GE和Siemens數(shù)據(jù)抛杨，但在Philips 4D數(shù)據(jù)集上失敗。
以下是不同工具處理數(shù)據(jù)所需花費(fèi)的時(shí)間荐类。dcm2niix為對(duì)照組怖现，表里的時(shí)間是相對(duì)dcm2niix而言的
[圖片上傳失敗...(image-a39f76-1687093397680)]
這么多工具，總有一個(gè)適合你吧玉罐。
