今天找計(jì)算測(cè)序覆蓋度的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了這個(gè)工具荐捻，github 主頁是https://github.com/bioconvert/bioconvert；幫助文檔的鏈接是 https://bioconvert.readthedocs.io/en/master/
關(guān)于各種各樣的文件格式 可以參考下圖
看幫助文檔的時(shí)候還發(fā)現(xiàn)他可以直接下載測(cè)序數(shù)據(jù)
下面我們嘗試一下
內(nèi)容主要來自 https://bioconvert.readthedocs.io/en/master/tutorial.html
首先是安裝
使用conda 先新建一個(gè)虛擬環(huán)境
conda create -n bioconvert
啟動(dòng)環(huán)境
conda activate bioconvert
安裝
conda install python==3.6
pip install bioconvert
這里遇到了報(bào)錯(cuò)，忘記截圖了，我是把pandas安裝了一下
conda install pandas
然后運(yùn)行pip命令
pip install bioconvert==0.4.3 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
這邊應(yīng)該是安裝成功了
查看幫助文檔bioconvert --help
報(bào)錯(cuò)
查了一下是python版本需要大于3.6潮孽，我剛好安裝的是3.6
重新安裝一下python
將整個(gè)虛擬環(huán)境刪除然后重新安裝
conda remove -n bioconvert --all
重新安裝
conda create -n bioconvert python=3.7
conda activate bioconvert
pip install pandas -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
pip install bioconvert==0.4.3 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
這下沒有報(bào)錯(cuò)顶燕，但是遇到了很多警告信息，暫時(shí)不管了
試一下烦感，NCBI下載了一個(gè)genbank文件逝变，線板fasta格式的序列提取出來 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FN433596
bioconvert genbank2fasta staphylococcus_aureus.gb
使用命令的時(shí)候會(huì)跳出來很多警告信息
接下來又嘗試了 from sources 的安裝方法
這套命令運(yùn)行下來 依然有一個(gè)警告信息基茵，但是比之前少了很多
幫助文檔里還提到了使用conda直接安裝，但是我這邊就一直沒有成功壳影，暫時(shí)不知道什么原因
最后再試一下gb文件中提取fasta文件
bioconvert genbank2fasta sequence.gb output.fasta
這次成功了 輸出的HHH是哈哈哈哈的意思嗎 哈哈哈哈
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