早先寫過(guò)，但是有不少朋友還是在后臺(tái)留言醒叁，無(wú)法完全重復(fù)。我仔細(xì)看了之后發(fā)現(xiàn)，的確是我在有些細(xì)節(jié)上寫的不夠詳細(xì)把沼。但是不想去完善了啊易。畢竟tbtools的實(shí)現(xiàn)邏輯已經(jīng)很簡(jiǎn)單了。
那就是IOS饮睬，即input租谈，output，start捆愁。
最近又有讀者在做物種間共線性割去，其實(shí)和物種內(nèi)也沒差。那今天就寫一下物種間的共線性circos作圖昼丑。
這篇推文不只是演示物種間的共線性呻逆，而是更進(jìn)一步讓大家體會(huì)使用tbtools時(shí)需要注意的問(wèn)題。以便指導(dǎo)大家下次使用tbtools其他功能時(shí)能夠具備自行解決和篩查可能出現(xiàn)的報(bào)錯(cuò)原因菩帝。
看到下圖即可知道需要準(zhǔn)備哪些文件咖城。（這一步不要急著操作，往下看呼奢，看完再說(shuō)）
第一步：準(zhǔn)備物種1和物種2基因組序列文件和注釋文件宜雀。
然后打開One?Step?MCScanX（這一步不要急著操作，往下看握础，看完再說(shuō)）
start之后辐董，通常會(huì)有黑框彈出。不用管弓候，繼續(xù)等待。
11:37開始運(yùn)行他匪。
中午電腦在運(yùn)行菇存，我就去吃飯了。晚上七點(diǎn)多過(guò)來(lái)一看卡死了邦蜜。突然想起來(lái)早上的上一步出了點(diǎn)小狀況依鸥。
好，及時(shí)糾正悼沈。突然想起來(lái)有個(gè)super fast的插件贱迟。打開One?Step?MCScanX-Super Fast，真的超快絮供，super fastＲ路汀！壤靶！
大約等待20min就finished缚俏。輸出文件如下：
下面出圖
然后，同樣需要高亮一些我們需要展示的基因，我這里就從頭取20個(gè)基因忧换，用以展示恬惯。
到這里，兩物種間的共線性就做好了亚茬。
下面我們接著看多物種間的共線性怎么做酪耳？
上面對(duì)擬南芥和小麥進(jìn)行了共線性。由于我電腦上之前下載過(guò)馬鈴薯的刹缝，而且馬鈴薯基因組相對(duì)小很多碗暗。操作起來(lái)會(huì)快一點(diǎn)，所以我們就對(duì)馬鈴薯和擬南芥進(jìn)行共線性赞草。
同樣讹堤。
如果彈出黑框，請(qǐng)忽略厨疙，基本不影響洲守。
21:22start
21:24finished
輸出文件如下：
下面我們來(lái)作圖
看到這個(gè)界面，就知道我們需要準(zhǔn)備哪幾個(gè)文件沾凄。
好梗醇，那就合并這幾個(gè)文件。然后出圖撒蟀。
顯然叙谨，肯定會(huì)報(bào)錯(cuò)。剛才兩兩比對(duì)的輸出文件肯定沒有錯(cuò)保屯。那問(wèn)題出在哪里呢手负？由于我們?cè)诓僮髦皼]有對(duì)3個(gè)物種的染色體ID進(jìn)行重命名。由于擬南芥和馬鈴薯的染色體都是以數(shù)字1姑尺、2竟终、3……進(jìn)行命名的，因此在后續(xù)分析和作圖過(guò)程中肯定會(huì)報(bào)錯(cuò)切蟋。
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【下面正式進(jìn)入多物種間共線性】
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第一步：數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
好，那就重新來(lái)過(guò)柄粹，對(duì)染色體ID進(jìn)行統(tǒng)一喘鸟。
然后準(zhǔn)備出圖，這里需要對(duì)兩次各自比對(duì)的文件進(jìn)行合并整理驻右。具體看個(gè)人了什黑，這里不進(jìn)行演示。有需要的后臺(tái)私信堪夭。
出圖如下:（這里只選取了前擬南芥前100個(gè)基因進(jìn)行高亮顯示）
大致就是如此兑凿。但仔細(xì)一看凯力，除了擬南芥染色體是按順序排列的，St和Ta的染色體是亂序的礼华。這就需要簡(jiǎn)單調(diào)整一下了咐鹤。
這樣看起來(lái)就好多了。
當(dāng)然對(duì)于這個(gè)圖還有很多地方可以調(diào)整圣絮。
