甲基化測(cè)序技術(shù)：對(duì)基因組上CpG島或CpG甲基化較密集的區(qū)域進(jìn)行靶向測(cè)序。DNA甲基化會(huì)顯著影響基因的表達(dá)調(diào)控敛纲，它一方面通過自身的甲基化影響蛋白的結(jié)合和另一方面與甲基化結(jié)合結(jié)構(gòu)域蛋白（MBD）結(jié)合掠兄，通過MBD招募染色質(zhì)重塑蛋白和組蛋白去乙跸裨疲化酶，形成更為致密的染色質(zhì)（異染色質(zhì)）蚂夕。甲基化測(cè)序技術(shù)主要是量化DNA甲基化水平迅诬，反映基因組特定區(qū)域的活性。2014年研究表明基因啟動(dòng)子區(qū)域的DNA甲基化程度和基因表達(dá)呈現(xiàn)負(fù)相關(guān)婿牍，且這種負(fù)相關(guān)強(qiáng)度隨著胚胎的發(fā)育逐漸增強(qiáng)侈贷。此外人的精子細(xì)胞在全基因組范圍呈現(xiàn)高甲基化水平，卵細(xì)胞相對(duì)較低等脂，一旦受精之后俏蛮，DNA甲基化水平迅速降低撑蚌，到囊胚階段降到最低，而在胚胎著床之后全基因組又呈現(xiàn)非常高的DNA甲基化水平搏屑。2017年檢測(cè)早期胚胎發(fā)育過程中不同譜系染色質(zhì)的高級(jí)結(jié)構(gòu)争涌，發(fā)現(xiàn)著床前胚胎父本基因組去甲基化及著床后胚外組織甲基化重建模式均與染色體高級(jí)結(jié)構(gòu)區(qū)間（compartment）高度相關(guān)。
ChIP-seq 染色質(zhì)免疫共沉淀是一項(xiàng)利用抗體-抗原識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子或組蛋白在DNA的結(jié)合情況的一項(xiàng)技術(shù)辣恋。它主要原理是抗原抗體的特異性結(jié)合亮垫，當(dāng)將細(xì)胞進(jìn)行超聲碎片化時(shí)，抗體能特異性富集攜帶特定蛋白的片段抑党，從而鑒定蛋白結(jié)合的位點(diǎn)包警。
ChIP能精確定位特定蛋白在DNA上的富集情況，主要用于特定功能元件的識(shí)別和鑒定(如 promoter enhancer)底靠。
ATAC測(cè)序技術(shù)：利用轉(zhuǎn)座酶探究可接近性染色質(zhì)高通量測(cè)序技術(shù)害晦。ATAC的優(yōu)勢(shì)在于其識(shí)別的開放區(qū)域是單堿基水平，可以利用序列特征識(shí)別出特定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合到特定的區(qū)域暑中。比如在2016年發(fā)表cell 上針對(duì)原發(fā)性和肝轉(zhuǎn)移性的小細(xì)胞肺癌的研究中發(fā)現(xiàn)在相對(duì)于原發(fā)灶壹瘟，在轉(zhuǎn)移瘤中，24%的開放區(qū)域開放程度大于2倍鳄逾。此外稻轨，ATAC還主要用于轉(zhuǎn)錄因子的預(yù)測(cè)，比如在不同的胚胎發(fā)育時(shí)期雕凹，分別是不同的轉(zhuǎn)錄因子起著關(guān)鍵的作用殴俱。
3C技術(shù)：染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)，其利用近距離連接原理枚抵，識(shí)別一個(gè)位點(diǎn)和另一個(gè)潛在調(diào)控位點(diǎn)是否存在調(diào)控的技術(shù)线欲。3C技術(shù)常用于鑒定位點(diǎn)與位點(diǎn)間的互作。
