在測(cè)定基因表達(dá)量的過程中份氧，如何設(shè)計(jì)合理的引物是需要解決的重要問題土童。當(dāng)要對(duì)大量序列設(shè)計(jì)引物時(shí)（例如诗茎，對(duì)家族成員進(jìn)行引物設(shè)計(jì)或者對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行驗(yàn)證），該過程將變得非常繁瑣且耗時(shí)献汗。那么該如何進(jìn)行批量的引物設(shè)計(jì)呢敢订？在SPDE的genes模塊，設(shè)計(jì)了相應(yīng)功能完成該過程罢吃。
首先楚午，需要將要設(shè)計(jì)的引物整理成fasta格式，如下所示：
基本格式是大于號(hào)尿招，基因ID一行矾柜，下一行是序列【兔眨考慮到有些同學(xué)的fasta文件可能一個(gè)基因的序列在不同行上怪蔑，例如：
這個(gè)時(shí)候，需要對(duì)文件進(jìn)行一個(gè)格式化的處理丧荐。該功能安排在：
這里①饮睬，僅僅只是將不在同一行的序列歸到一行；②篮奄，除了將不在同一行的序列歸到一行以外，還對(duì)基因ID進(jìn)行處理割去，處理的結(jié)果是把一些額外的窟却、并不需要的信息給它去除掉，如下：
③夸赫，將已經(jīng)準(zhǔn)備好的fasta文件轉(zhuǎn)變成需要進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的格式。所以咖城，如果需要批量引物設(shè)計(jì)茬腿，①和②擇其一呼奢，③必選。
將文件格式化后握础，來到genes模塊：
其中，①是PCR產(chǎn)物的長(zhǎng)度悴品，需要是一個(gè)范圍（例如150-300）禀综。然后是放入格式化好的fasta文件，設(shè)置保存控制文件的路徑及名稱（為什么要有控制文件苔严，可參見前一章節(jié)定枷，GENE模塊），設(shè)置生成結(jié)果的保存路徑及名稱届氢。這些設(shè)置完成后欠窒，分別點(diǎn)擊右側(cè)面板的①和②，即可完成批量引物設(shè)計(jì)：
會(huì)同時(shí)產(chǎn)生兩個(gè)類型的文件退子，其一是你所命名的文件岖妄，內(nèi)容如下：
每條序列除最上面的推薦引物外，還為用戶提供了另外四對(duì)備選引物絮供。其二是只含有推薦引物的文件衣吠，該文件的名字含有“-only_primers”字樣，內(nèi)容如下：
當(dāng)然壤靶，一般情況下大家只需要關(guān)注只含有推薦引物的這個(gè)文件就好缚俏。同時(shí)，F(xiàn)和R已經(jīng)為大家標(biāo)明贮乳，如果這個(gè)文件每一對(duì)引物都是特異的忧换，那么，可以將該結(jié)果直接復(fù)制到引物合成單中向拆，對(duì)引物進(jìn)行合成亚茬。如果，這個(gè)文件有些基因的引物與其他基因引物相同（這種情況比較常見于家族分析以及同一基因的不同轉(zhuǎn)錄本浓恳，因?yàn)樯卜欤瑫?huì)有一些序列很相似的基因存在），那么大家就只能到GENE模塊對(duì)序列相似的基因進(jìn)行單獨(dú)設(shè)計(jì)了（因?yàn)镚ENE模塊中的引物設(shè)計(jì)可以指定引物產(chǎn)生的區(qū)域颈将，也可以考慮利用GENE模塊提取UTR區(qū)來設(shè)計(jì)引物）梢夯。當(dāng)然，還有另外一種情況是設(shè)計(jì)引物的結(jié)果沒有給出任何引物晴圾，這種情況的原因是你所放入的序列都不適合產(chǎn)生合理的引物颂砸，這個(gè)時(shí)候可能要考慮是否更換序列以及其他一些方式。與前一模塊引物設(shè)計(jì)類似，該模塊的引物設(shè)計(jì)功能也已經(jīng)經(jīng)過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證人乓。
除引物的批量設(shè)計(jì)外勤篮，該模塊還安排了其他的批量功能，例如：
①從fasta文件中批量提取基因ID色罚；②根據(jù)ID從fasta文件中提取相應(yīng)序列（注意碰缔，一個(gè)ID一行）；③根據(jù)基因ID從gff類文件中提取與其相關(guān)的信息保屯；④批量翻譯手负；⑤批量去除終止子。最后的兩個(gè)功能則是檢測(cè)所放入的ID是否在fasta文件或者gff類文件中姑尺。應(yīng)用規(guī)律是竟终，應(yīng)保證所輸入的fasta文件是如上所述經(jīng)過格式化的，大家只需要按照功能后的數(shù)字切蟋，找到相應(yīng)的框统捶，填入需要的文件即可，比如①功能的后面標(biāo)注的是1和7柄粹，那么需要填入信息的是第一個(gè)框和第七個(gè)框喘鸟，所以：
當(dāng)然，除了這些功能外驻右，還可以將fastq文件轉(zhuǎn)為fasta文件什黑。
總體來說，基本功能就是這樣堪夭。但愕把，能夠?qū)⑦@些功能組合到什么程度，這個(gè)以個(gè)人的智慧以及對(duì)SPDE熟練程度而定位~
